PDB-3zgp: NMR structure of the catalytic domain from E. faecium L,D- transp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3zgp

タイトル

NMR structure of the catalytic domain from E. faecium L,D- transpeptidase acylated by ertapenem

要素

ERFK/YBIS/YCFS/YNHG

キーワード

TRANSFERASE / TRANSPEPTIDATION / PEPTIDOGLYCAN BIOSYNTHESIS / ANTIBIOTIC RESISTANCE

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidoglycan-protein cross-linking / peptidoglycan L,D-transpeptidase activity / cell wall organization / regulation of cell shape / transferase activity / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

ENTEROCOCCUS FAECIUM (バクテリア)

手法

溶液NMR / ARIA2.3

データ登録者

Lecoq, L. / Triboulet, S. / Dubee, V. / Bougault, C. / Hugonnet, J.E. / Arthur, M. / Simorre, J.P.

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2013
タイトル: The Structure of Enterococcus Faecium L,D---Transpeptidase Acylated by Ertapenem Provides Insight Into the Inactivation Mechanism.
著者: Lecoq, L. / Triboulet, S. / Dubee, V. / Bougault, C. / Hugonnet, J.E. / Arthur, M. / Simorre, J.P.

履歴

登録	2012年12月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年4月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年8月28日	Group: Database references
改定 1.2	2014年2月12日	Group: Atomic model / Derived calculations ...Atomic model / Derived calculations / Non-polymer description / Other
改定 1.3	2018年1月24日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_nmr_spectrometer Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _pdbx_nmr_spectrometer.manufacturer / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 2.0	2023年6月14日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: atom_site / database_2 ...atom_site / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_conn / struct_site Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3zgp.cif.gz	856.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3zgp.ent.gz	725.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3zgp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3zgp_validation.pdf.gz	649 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3zgp_full_validation.pdf.gz	5.7 MB	表示
XML形式データ	3zgp_validation.xml.gz	673.8 KB	表示
CIF形式データ	3zgp_validation.cif.gz	666.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zg/3zgp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zg/3zgp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3zg4C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6jk5-d 1mgw-d 1y9t-d 2vuv-d 1sps-1 1ijr-d 6vcu-3 4j9a-4 5amj-1 2re2-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 18911

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ERFK/YBIS/YCFS/YNHG

ヘテロ分子

15 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 1700	TOTAL ENERGY
代表モデル	モデル #1

#1: タンパク質	ERFK/YBIS/YCFS/YNHG / LDTFM-ERTAPENEM 分子量: 14572.148 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 341-466 / 由来タイプ: 組換発現詳細: ERTAPENEM ANTIBIOTIC IS COVALENTLY LINKED TO THE CYSTEINE OF THE ENZYME. 由来: (組換発現) ENTEROCOCCUS FAECIUM (バクテリア) プラスミド: PETTEV / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q3Y185, EC: 2.3.2.12
#2: 化合物	ChemComp-1RG / (4R,5S)-3-({(3S,5S)-5-[(3-carboxyphenyl)carbamoyl]pyrrolidin-3-yl}sulfanyl)-5-[(1S,2R)-1-formyl-2-hydroxypropyl]-4-methyl-4,5-dihydro-1H-pyrrole-2-carboxylic acid / ERTAPENEM, bound form PRE-ISOMERIZED 分子量: 477.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₂₇N₃O₇S / コメント: 薬剤, 抗生剤*YM

#1: タンパク質

ERFK/YBIS/YCFS/YNHG / LDTFM-ERTAPENEM

分子量: 14572.148 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 341-466 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: ERTAPENEM ANTIBIOTIC IS COVALENTLY LINKED TO THE CYSTEINE OF THE ENZYME.
由来: (組換発現)

ENTEROCOCCUS FAECIUM (バクテリア)
プラスミド: PETTEV / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q3Y185, EC: 2.3.2.12

#2: 化合物

ChemComp-1RG / (4R,5S)-3-({(3S,5S)-5-[(3-carboxyphenyl)carbamoyl]pyrrolidin-3-yl}sulfanyl)-5-[(1S,2R)-1-formyl-2-hydroxypropyl]-4-methyl-4,5-dihydro-1H-pyrrole-2-carboxylic acid / ERTAPENEM, bound form PRE-ISOMERIZED

分子量: 477.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₂₇N₃O₇S / コメント: 薬剤, 抗生剤*YM

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実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	1H-15N-HSQC
1	2	1	1H-13C-HSQC CENTERED ON ALIPHATICS
1	3	1	1H-15N-HMQC DETECTING 2J
1	4	1	3J COUPLINGS IN HISTIDINES IMIDAZOLE RING
1	5	1	HSQC DETECTING 1J COUPLING IN HISTIDINES IMIDAZOLE RING
1	6	1	HN(CA)CB
1	7	1	HNCO
1	8	1	3D-15N-NOESY-HSQC
1	9	1	3D-13C-NOESY-HSQC CENTERED ON ALIPHATICS
1	10	1	1H-13C- HSQC CENTERED ON AROMATICS
1	11	1	3D-13C-NOESY-HSQC CENTERED ON AROMATICS
1	12	1	13C-15N-FILTERED NOESY

NMR実験の詳細

Text: THE 20 NMR STRUCTURES WERE DETERMINED USING TRIPLE- RESONANCE NMR SPECTROSCOPY ON A 13C, 15N-LABELED LDTFM SAMPLE INCUBATED WITH 1 EQUIVALENT OF ERTAPENEM ANTIBIOTIC. THESE STRUCTURES WERE ...

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容
1	10% WATER/90% D2O
2	100% D2O

試料状態

イオン強度: 300 mM / pH: 6.4 / 圧: 1.0 atm / 温度: 298.0 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Agilent Direct Drive	Agilent	Direct Drive	600	1
Bruker Direct Drive	Bruker	Direct Drive	600	2
Agilent Direct Drive	Agilent	Direct Drive	600	3
Agilent Direct Drive	Agilent	Direct Drive	600	4
Agilent Direct Drive	Agilent	Direct Drive	600	5
Agilent Direct Drive	Agilent	Direct Drive	800	6
Bruker AVANCE	Bruker	AVANCE	950	7
Agilent Direct Drive	Agilent	Direct Drive	800	8
Agilent Direct Drive	Agilent	Direct Drive	800	9

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CNS		BRUNGER,ADAMS,CLORE,DELANO,GROS,GROSSE- KUNSTLEVE,JIANG,KUSZEWSKI,NILGES,PANNU,READ, RICE,SIMONSON,WARREN	精密化
UNIO	10		構造決定
TALOS			構造決定
CcpNmr Analysis	ANALYSIS		構造決定

精密化

手法: ARIA2.3 / ソフトェア番号: 1

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: TOTAL ENERGY / 計算したコンフォーマーの数: 1700 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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