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- PDB-3zgg: Crystal structure of the Fucosylgalactoside alpha N- acetylgalact... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zgg
タイトルCrystal structure of the Fucosylgalactoside alpha N- acetylgalactosaminyltransferase (GTA, cisAB mutant L266G, G268A) in complex with NPE caged UDP-Gal (C222(1) space group)
要素HISTO-BLOOD GROUP ABO SYSTEM TRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE / GLYCOSYLTRANSFERASES / CATALYTIC DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


fucosylgalactoside 3-alpha-galactosyltransferase / glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase / glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase activity / fucosylgalactoside 3-alpha-galactosyltransferase activity / ABO blood group biosynthesis / lipid glycosylation / Golgi cisterna membrane / protein glycosylation / antigen binding / manganese ion binding ...fucosylgalactoside 3-alpha-galactosyltransferase / glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase / glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase activity / fucosylgalactoside 3-alpha-galactosyltransferase activity / ABO blood group biosynthesis / lipid glycosylation / Golgi cisterna membrane / protein glycosylation / antigen binding / manganese ion binding / vesicle / carbohydrate metabolic process / Golgi membrane / nucleotide binding / Golgi apparatus / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Glycosyl transferase, family 6 / Glycosyltransferase family 6 / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1-(2-NITROPHENYL)ETHYL UDP-GALACTOSE / : / Histo-blood group ABO system transferase
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Jorgensen, R. / Batot, G.O. / Hindsgaul, O. / Tanaka, H. / Perez, S. / Imberty, A. / Breton, C. / Royant, A. / Palcic, M.M.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2014
タイトル: Structures of a Human Blood Group Glycosyltransferase in Complex with a Photo-Activatable Udp-Gal Derivative Reveal Two Different Binding Conformations
著者: Jorgensen, R. / Batot, G. / Mannerstedt, K. / Imberty, A. / Breton, C. / Hindsgaul, O. / Royant, A. / Palcic, M.M.
#1: ジャーナル: Carbohydr.Res. / 年: 2008
タイトル: Synthesis and Photolytic Activation of 6''-O-2-Nitrobenzyl Uridine-5'-Diphosphogalactose: A 'Caged' Udp-Gal Derivative.
著者: Mannerstedt, K. / Hindsgaul, O.
履歴
登録2012年12月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月6日Group: Database references
改定 1.22014年8月13日Group: Database references
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HISTO-BLOOD GROUP ABO SYSTEM TRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,5034
ポリマ－34,6541
非ポリマー8493
水2,414134
1
A: HISTO-BLOOD GROUP ABO SYSTEM TRANSFERASE
ヘテロ分子

A: HISTO-BLOOD GROUP ABO SYSTEM TRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,0078
ポリマ－69,3082
非ポリマー1,6996
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_554-x,y,-z-1/21
Buried area5700 Å2
ΔGint-39.1 kcal/mol
Surface area22120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.687, 150.730, 79.359
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 HISTO-BLOOD GROUP ABO SYSTEM TRANSFERASE / FUCOSYLGLYCOPROTEIN 3-ALPHA-GALACTOSYLTRANSFERASE / FUCOSYLGLYCOPROTEIN ALPHA-N- ...FUCOSYLGLYCOPROTEIN 3-ALPHA-GALACTOSYLTRANSFERASE / FUCOSYLGLYCOPROTEIN ALPHA-N-ACETYLGALACTOSAMINYLTRANSFERASE / GLYCOPROTEIN-FUCOSYLGALACTOSIDE ALPHA-N-ACETYLGALACTOSAMINYLTRANSFERASE / GLYCOPROTEIN-FUCOSYLGALACTOSIDE ALPHA-GALACTOSYLTRANSFERASE / HISTO-BLOOD GROUP A TRANSFERASE / A TRANSFERASE / HISTO-BLOOD GROUP B TRANSFERASE / B TRANSFERASE / NAGAT / FUCOSYLGLYCOPROTEIN ALPHA-N-ACETYLGALACTOSAMINYLTRANSFERASE SOLUBLE FORM


分子量: 34654.008 Da / 分子数: 1 / 断片: EXTRACELLULAR CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 64-354 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): GOLD
参照: UniProt: P16442, fucosylgalactoside 3-alpha-galactosyltransferase, glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-IUG / 1-(2-NITROPHENYL)ETHYL UDP-GALACTOSE


分子量: 702.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H30N3O19P2
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7
詳細: 7-12% POLYETHYLENE GLYCOL 3350, 0.1 - 0.3 M AMMONIUM SULPHATE, 0.05 M MNCL2, 0.05 M MOPS PH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9763
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年6月26日 / 詳細: TOROIDAL MIROR
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→49.74 Å / Num. obs: 24091 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 80.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3IOH

3ioh


解像度: 1.9→42.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 3.061 / SU ML: 0.092 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.155 / ESU R Free: 0.145 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES REFINED INDIVIDUALLY. ONLY ONE OF THE TWO POSSIBLE CONFORMATIONS OF THE CAGE HAS BEEN MODELED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22615 1232 5.1 %RANDOM
Rwork0.18354 ---
obs0.18565 22844 94.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.317 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.9 Å20 Å20 Å2
2--0.11 Å20 Å2
3---0.79 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→42.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2228 0 53 134 2415
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0192352
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022213
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.341.9763201
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.76935078
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.985273
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.28722.778108
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.7815377
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.2811517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2353
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212581
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02570
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.306 67 -
Rwork0.234 1326 -
obs--75.62 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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