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- PDB-3zep: Crystal Structure of JAK3 Kinase Domain in Complex with a Pyrrolo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zep
タイトルCrystal Structure of JAK3 Kinase Domain in Complex with a Pyrrolopyrazine-2-phenyl Ether Inhibitor
要素TYROSINE-PROTEIN KINASE JAK3
キーワードTRANSFERASE / STAT5 / STAT6 / INTERLEUKIN-2 / COMMON-GAMMA CHAIN / ATP SITE KINASE INHIBITOR / CANCER / SCID / SEVERE COMBINED IMMUNODEFICIENCY
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of dendritic cell cytokine production / response to interleukin-9 / response to interleukin-2 / response to interleukin-15 / response to interleukin-4 / negative regulation of T-helper 1 cell differentiation / tyrosine phosphorylation of STAT protein / negative regulation of glycoprotein biosynthetic process / negative regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / Interleukin-9 signaling ...negative regulation of dendritic cell cytokine production / response to interleukin-9 / response to interleukin-2 / response to interleukin-15 / response to interleukin-4 / negative regulation of T-helper 1 cell differentiation / tyrosine phosphorylation of STAT protein / negative regulation of glycoprotein biosynthetic process / negative regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / Interleukin-9 signaling / Interleukin-21 signaling / interleukin-7-mediated signaling pathway / interleukin-9-mediated signaling pathway / interleukin-4-mediated signaling pathway / negative regulation of T cell activation / interleukin-2-mediated signaling pathway / regulation of T cell apoptotic process / negative regulation of interleukin-12 production / interleukin-15-mediated signaling pathway / Interleukin-15 signaling / negative regulation of thymocyte apoptotic process / growth hormone receptor binding / Interleukin-2 signaling / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / extrinsic component of plasma membrane / Signaling by ALK / Interleukin-20 family signaling / negative regulation of interleukin-10 production / enzyme-linked receptor protein signaling pathway / T cell homeostasis / growth hormone receptor signaling pathway via JAK-STAT / Interleukin receptor SHC signaling / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / Interleukin-7 signaling / B cell differentiation / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / non-specific protein-tyrosine kinase / cytoplasmic side of plasma membrane / cytokine-mediated signaling pathway / RAF/MAP kinase cascade / protein tyrosine kinase activity / protein phosphatase binding / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / regulation of apoptotic process / adaptive immune response / Potential therapeutics for SARS / cell differentiation / cytoskeleton / endosome / intracellular signal transduction / innate immune response / ATP binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak3 / Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak/Tyk2 / JAK, FERM F2 lobe domain / FERM F1 lobe ubiquitin-like domain / JAK1-3/TYK2, pleckstrin homology-like domain / : / Jak1 pleckstrin homology-like domain / FERM F2 acyl-CoA binding protein-like domain / FERM F1 ubiquitin-like domain / SH2 domain ...Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak3 / Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak/Tyk2 / JAK, FERM F2 lobe domain / FERM F1 lobe ubiquitin-like domain / JAK1-3/TYK2, pleckstrin homology-like domain / : / Jak1 pleckstrin homology-like domain / FERM F2 acyl-CoA binding protein-like domain / FERM F1 ubiquitin-like domain / SH2 domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / PH-like domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1NX / Tyrosine-protein kinase JAK3
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Kuglstatter, A. / Jestel, A. / Nagel, S. / Boettcher, J. / Blaesse, M.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2013
タイトル: Discovery of a Series of Novel 5H-Pyrrolo[2,3-B]Pyrazine-2-Phenyl Ethers, as Potent Jak3 Kinase Inhibitors.
著者: Jaime-Figueroa, S. / De Vicente, J. / Hermann, J. / Jahangir, A. / Jin, S. / Kuglstatter, A. / Lynch, S.M. / Menke, J. / Niu, L. / Patel, V. / Shao, A. / Soth, M. / Vu, M.D. / Yee, C.
履歴
登録2012年12月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月14日Group: Database references
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TYROSINE-PROTEIN KINASE JAK3
B: TYROSINE-PROTEIN KINASE JAK3
C: TYROSINE-PROTEIN KINASE JAK3
D: TYROSINE-PROTEIN KINASE JAK3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,6649
ポリマ－131,8944
非ポリマー1,7705
水5,026279
1
A: TYROSINE-PROTEIN KINASE JAK3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,3932
ポリマ－32,9741
非ポリマー4191
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: TYROSINE-PROTEIN KINASE JAK3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,3932
ポリマ－32,9741
非ポリマー4191
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: TYROSINE-PROTEIN KINASE JAK3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,4853
ポリマ－32,9741
非ポリマー5122
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: TYROSINE-PROTEIN KINASE JAK3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,3932
ポリマ－32,9741
非ポリマー4191
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.554, 114.076, 104.196
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.82, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
TYROSINE-PROTEIN KINASE JAK3 / JANUS KINASE 3 / JAK-3 / LEUKOCYTE JANUS KINASE / L-JAK


分子量: 32973.516 Da / 分子数: 4 / 断片: KINASE DOMAIN, RESIDUES 813-1100 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト)
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P52333, non-specific protein-tyrosine kinase, EC: 2.7.1.112
#2: 化合物
ChemComp-1NX / 2-[[(3R)-3-acetamido-2,3-dihydro-1H-inden-5-yl]oxy]-N-[(1S)-1-cyclopropylethyl]-5H-pyrrolo[2,3-b]pyrazine-7-carboxamide


分子量: 419.476 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H25N5O3
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 279 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.58 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年2月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→103.69 Å / Num. obs: 55677 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル解像度: 2.35→2.54 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 94.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
REFMACRIGID BODY位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.35→103.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.879 / SU B: 19.145 / SU ML: 0.219 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.4 / ESU R Free: 0.263 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED. DISORDERED SIDE CHAINS HAVE OCCUPANCY 0.00
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26484 924 1.7 %RANDOM
Rwork0.22559 ---
obs0.22627 52795 96.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 41.076 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.55 Å20 Å20.66 Å2
2---2.15 Å20 Å2
3---4.85 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→103.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8839 0 130 279 9248
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0199000
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026345
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0982.01312201
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.981315267
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.07851084
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.63122.853382
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.645151467
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.9591575
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0570.21318
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0219885
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021902
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.353→2.414 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.382 64 -
Rwork0.29 3527 -
obs--88.97 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2597-0.3515-0.64325.18791.30752.4571-0.01390.03970.5239-0.33750.1291-0.5781-0.11310.1524-0.1153-0.0842-0.01720.0127-0.04460.0196-0.1062-3.281-8.343-0.117
21.8693-0.1513-0.12122.9489-0.54433.08240.0111-0.1723-0.01210.25460.0498-0.15120.07160.0075-0.0608-0.0936-0.0252-0.0192-0.0449-0.0062-0.1937-15.012-25.29514.428
31.85681.95830.72448.7727-0.13910.9865-0.042-0.0445-0.35780.24990.0218-0.9276-0.02840.20630.0201-0.083-0.0025-0.0439-0.0732-0.0007-0.037819.83727.60456.575
41.4342-0.01140.99123.3973-0.14333.12370.03920.285-0.0109-0.2855-0.0462-0.1859-0.03610.19370.0069-0.09270.02330.0024-0.0476-0.005-0.09896.41640.24338.771
51.27330.9323-0.20226.28370.90031.23170.0301-0.1690.39420.2058-0.10430.86910.0772-0.32410.0742-0.0828-0.00240.0393-0.035-0.0229-0.0252-3.3728.56456.496
61.2912-0.40140.36932.68760.68853.02230.02870.2986-0.0869-0.3328-0.02020.2150.0056-0.0075-0.0084-0.05680.0488-0.0326-0.0339-0.025-0.11449.799-3.55937.865
72.30590.07070.67097.6711.48972.1033-0.0977-0.0036-0.52330.39690.1286-0.85260.06050.2128-0.0309-0.0607-0.0056-0.0322-0.0319-0.005-0.099125.68-47.1640.287
81.97010.11250.5733.30740.20722.4520.03790.20060.1353-0.38340.0376-0.2859-0.10420.1196-0.0754-0.04960.03060.0139-0.02570.0118-0.190613.415-30.323-13.828
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A814 - 904
2X-RAY DIFFRACTION2A905 - 1098
3X-RAY DIFFRACTION3B814 - 904
4X-RAY DIFFRACTION4B905 - 1100
5X-RAY DIFFRACTION5C814 - 904
6X-RAY DIFFRACTION6C905 - 1100
7X-RAY DIFFRACTION7D814 - 904
8X-RAY DIFFRACTION8D905 - 1099

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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