PDB-3ze3: Crystal structure of the integral membrane diacylglycerol kinase ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ze3

タイトル

Crystal structure of the integral membrane diacylglycerol kinase - delta7

要素

DIACYLGLYCEROL KINASE

キーワード

TRANSFERASE / LIPID METABOLISM / IN MESO CRYSTALLISATION / LIPID CUBIC PHASE / LIPIDIC MESOPHASE / THERMOSTABLE MUTANT / MONOACYLGLYCEROL / 7.8 MAG

機能・相同性

機能・相同性情報

diacylglycerol kinase (ATP) / lipid kinase activity / ATP-dependent diacylglycerol kinase activity / phosphatidic acid biosynthetic process / response to UV / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Li, D. / Pye, V.E. / Lyons, J.A. / Vogeley, L. / Aragao, D. / Caffrey, M.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2013
タイトル: Crystal Structure of the Integral Membrane Diacylglycerol Kinase.
著者: Li, D. / Lyons, J.A. / Pye, V.E. / Vogeley, L. / Aragao, D. / Kenyon, C.P. / Shah, S.T.A. / Doherty, C. / Aherne, M. / Caffrey, M.

履歴

登録	2012年12月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年5月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年5月29日	Group: Database references
改定 1.2	2013年6月5日	Group: Database references
改定 1.3	2019年3月6日	Group: Data collection / Experimental preparation / Other カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.4	2019年4月3日	Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.5	2023年3月29日	Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: audit_author / database_2 ...audit_author / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _audit_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI ..._audit_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.6	2024年6月19日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ze3.cif.gz	253.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ze3.ent.gz	208.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ze3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3ze3_validation.pdf.gz	2.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ze3_full_validation.pdf.gz	2.6 MB	表示
XML形式データ	3ze3_validation.xml.gz	28.7 KB	表示
CIF形式データ	3ze3_validation.cif.gz	37.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ze/3ze3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ze/3ze3	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3ze4C 3ze5C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5d57-2 5dwk-2 6bfn-1 6rvp-d 3ts1-d 3fpl-d 1e7r-d 4brb-2 1tya-d 5xdw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1) #215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#191 - 2015年11月
グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors)
類似性 (1)
#215 - 2017年11月
アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase)
類似性 (1)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)

登録構造単位

A: DIACYLGLYCEROL KINASE

B: DIACYLGLYCEROL KINASE

C: DIACYLGLYCEROL KINASE

D: DIACYLGLYCEROL KINASE

E: DIACYLGLYCEROL KINASE

F: DIACYLGLYCEROL KINASE

ヘテロ分子

89.7 kDa, 6 ポリマー
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1

D: DIACYLGLYCEROL KINASE

E: DIACYLGLYCEROL KINASE

F: DIACYLGLYCEROL KINASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
44.2 kDa, 3 ポリマー
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2

A: DIACYLGLYCEROL KINASE

B: DIACYLGLYCEROL KINASE

C: DIACYLGLYCEROL KINASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
45.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.060, 91.540, 143.650
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

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タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質	DIACYLGLYCEROL KINASE / DAGK / DIGLYCERIDE KINASE / DGK 分子量: 14204.451 Da / 分子数: 6 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌) 解説: THE WILD-TYPE GENE WAS SYNTHESIZED BASED ON THE DGKA NUCLEOTIDE SEQUENCE OF ESCHERICHIA COLI K12, WITH ADDITIONAL NUCLEOTIDES ENCODING HIS TAG SEQUENCES AT THE N- TERMINUS. SITE-DIRECTED ...解説: THE WILD-TYPE GENE WAS SYNTHESIZED BASED ON THE DGKA NUCLEOTIDE SEQUENCE OF ESCHERICHIA COLI K12, WITH ADDITIONAL NUCLEOTIDES ENCODING HIS TAG SEQUENCES AT THE N- TERMINUS. SITE-DIRECTED MUTATIONS WERE MADE USING PCR. プラスミド: PTRCHISB_DGKA_DELTA7 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): WH1061 / 参照: UniProt: P0ABN1, diacylglycerol kinase (ATP)

#1: タンパク質

DIACYLGLYCEROL KINASE / DAGK / DIGLYCERIDE KINASE / DGK

分子量: 14204.451 Da / 分子数: 6 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌)
解説: THE WILD-TYPE GENE WAS SYNTHESIZED BASED ON THE DGKA NUCLEOTIDE SEQUENCE OF ESCHERICHIA COLI K12, WITH ADDITIONAL NUCLEOTIDES ENCODING HIS TAG SEQUENCES AT THE N- TERMINUS. SITE-DIRECTED ...
プラスミド: PTRCHISB_DGKA_DELTA7 / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): WH1061 / 参照: UniProt: P0ABN1, diacylglycerol kinase (ATP)

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非ポリマー , 7種, 205分子

#2: 化合物	ChemComp-78N / (2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL(7Z)-PENTADEC-7-ENOATE / 7.8 MONOACYLGLYCEROL (2R) 分子量: 314.460 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₃₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-78M / (2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL(7Z)-PENTADEC-7-ENOATE / 7.8 MONOACYLGLYCEROL 分子量: 314.460 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₃₄O₄
#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物	ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₅O₇
#6: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#7: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

非ポリマーの詳細	(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL(7Z)-PENTADEC-7-ENOATE (78M): ALSO CONTAINS THE R-ISOMER OF THIS LIPID
配列の詳細	THE CONSTRUCT CONTAINS AN N-TERMIANL HIS TAG 'GHHHHHHEL'. COMPARED TO THE WILDTYPE FORM, THE ...THE CONSTRUCT CONTAINS AN N-TERMIANL HIS TAG 'GHHHHHHEL'. COMPARED TO THE WILDTYPE FORM, THE PROTEIN HAS SEVEN MUTATIONS. THEY ARE A41C, C46A, I53V, I70L, M96L, V107D AND C113A.

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 19

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.86 % / 解説: NONE
結晶化	温度: 277 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 5.6 詳細: 3-5 %(V/V) 2-METHYL-2, 4-PENTANEDIOL, 0.1 M SODIUM CHLORIDE, 0.06 M MAGNESIUM ACETATE, 0.1 M SODIUM CITRATE/HCL PH 5.6. CRYSTALLIZED USING THE IN MESO (LIPIDIC CUBIC PHASE) METHOD AT 4 DEGREE ...詳細: 3-5 %(V/V) 2-METHYL-2, 4-PENTANEDIOL, 0.1 M SODIUM CHLORIDE, 0.06 M MAGNESIUM ACETATE, 0.1 M SODIUM CITRATE/HCL PH 5.6. CRYSTALLIZED USING THE IN MESO (LIPIDIC CUBIC PHASE) METHOD AT 4 DEGREE CELSIUS WITH THE 7.8 MONOACYLGLYCEROL (7.8 MAG) AS THE HOSTING LIPID.

結晶

マシュー密度: 3.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.86 % / 解説: NONE

結晶化

温度: 277 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 5.6
詳細: 3-5 %(V/V) 2-METHYL-2, 4-PENTANEDIOL, 0.1 M SODIUM CHLORIDE, 0.06 M MAGNESIUM ACETATE, 0.1 M SODIUM CITRATE/HCL PH 5.6. CRYSTALLIZED USING THE IN MESO (LIPIDIC CUBIC PHASE) METHOD AT 4 DEGREE ...

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データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.03320, 0.97944

検出器

タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月13日 / 詳細: K-B PAIR OF BIOMORPH MIRRORS

放射

モノクロメーター: SI(111) DOUBLE CRYSTAL CRYO-COOLED
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.0332	1
2	0.97944	1

反射

解像度: 2.05→58.04 Å / Num. obs: 62716 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.3 % / B_iso Wilson estimate: 42.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 12.4

反射シェル

解像度: 2.05→2.16 Å / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.85 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
SHELX	CDE	位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.05→51.894 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.52 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: THE 6 CHAINS FORMING 2 TRIMERS PER ASYMMETRIC UNIT COULD BE RELATED BY NCS HOWEVER THIS WAS DETRIMENTAL TO REFINEMENT AND SO WAS NOT USED. FOR THE MAJORITY OF THE REFINEMENT THE PHASES FROM ...

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2167	3161	5.1 %
R_work	0.1959	-	-
obs	0.1969	62622	99.66 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 47.383 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→51.894 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4416	0	306	187	4909

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	4932
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.536	6687
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.95	1866
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.039	836
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	797

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.05-2.0806	0.3286	138	0.2835	2567	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0806-2.1131	0.2692	139	0.2669	2519	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1131-2.1478	0.2747	170	0.2499	2525	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1478-2.1848	0.2784	132	0.2258	2549	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1848-2.2245	0.2651	120	0.2424	2557	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2245-2.2673	0.3645	131	0.3305	2502	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2673-2.3136	0.2687	145	0.2277	2548	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3136-2.3639	0.222	154	0.1855	2551	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3639-2.4189	0.1914	136	0.1659	2583	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4189-2.4794	0.2136	116	0.1639	2566	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4794-2.5464	0.2049	110	0.1691	2602	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5464-2.6213	0.1756	141	0.1653	2564	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6213-2.7059	0.1919	147	0.1621	2583	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7059-2.8027	0.2015	129	0.1658	2560	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8027-2.9149	0.1953	122	0.1734	2595	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9149-3.0475	0.225	132	0.1717	2613	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0475-3.2082	0.1993	151	0.1736	2573	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2082-3.4091	0.2078	142	0.1813	2606	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4091-3.6723	0.1874	144	0.1805	2601	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6723-4.0417	0.198	145	0.178	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0417-4.6262	0.1765	141	0.1715	2645	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6262-5.8273	0.2408	130	0.2239	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
5.8273-51.9105	0.246	146	0.2332	2755	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8943	-1.6045	1.5821	1.3769	-0.738	7.5994	-0.0831	-0.019	-0.5013	0.1429	0.0031	0.082	0.5592	0.0164	0.1008	0.2263	-0.0991	0.0267	0.273	0.01	0.3517	35.7316	61.1331	87.7602
2	3.1871	0.0658	0.1546	4.2991	2.3319	5.7789	-0.0204	0.0666	0.1041	-0.1568	-0.1616	0.1773	-0.6629	-0.1263	0.1862	0.1197	0.0122	-0.005	0.2018	0.0235	0.2074	43.0008	72.3539	81.8209
3	1.6603	-0.6219	-2.1373	2.4782	2.8098	3.5495	-0.1542	-0.1507	-0.2265	0.4605	0.2339	-0.1261	0.7491	0.5148	-0.0361	0.2324	0.0639	-0.0219	0.3281	-0.0084	0.3016	55.9198	57.8559	82.749
4	2.5588	0.0039	0.5844	2.794	0.3931	2.7023	0.0113	0.1955	-0.2064	0.2078	0.1019	0.0536	0.7328	-0.4637	-0.0041	0.1626	-0.0422	0.004	0.1848	0.0244	0.2644	44.4662	58.1164	85.2764
5	1.0808	1.277	-0.3757	6.6828	3.3318	5.5479	0.3714	-0.1332	1.134	-0.6634	-0.6503	0.0715	-0.3924	-0.0964	0.2714	0.3407	0.0642	0.1272	0.4156	0.0158	0.5819	55.4172	77.7796	67.5259
6	2.2427	-0.7066	-2.3414	1.9581	0.2992	3.2034	0.091	-0.3301	0.1053	0.2934	0.117	-0.1954	-0.2743	0.5533	-0.1931	0.15	-0.0459	-0.0202	0.3054	-0.0224	0.2543	58.129	70.373	83.8236
7	1.6336	-0.25	-1.2137	3.8337	-0.3952	2.974	-0.0603	-0.0384	0.0262	0.1389	0.0629	-0.1231	0.139	0.1599	-0.0118	0.1668	0.0201	-0.0155	0.211	-0.0344	0.2342	71.6347	50.0338	62.807
8	3.4837	-0.5308	-1.3071	4.1265	2.4377	8.8106	-0.1211	0.2639	-0.1867	0.0758	-0.251	0.4164	0.35	-0.789	0.3016	0.224	0.0058	0.0208	0.2208	-0.0256	0.3731	62.1793	42.3171	60.2712
9	3.2865	0.8288	-1.5619	3.2181	1.968	2.0614	0.0351	-0.0177	-0.3406	0.1526	0.1648	-0.3227	0.2461	1.0095	-0.1275	0.2368	0.1395	-0.0061	0.3383	-0.0737	0.3771	80.4984	39.114	59.5171
10	4.432	-0.5471	-0.8099	6.8295	-6.0189	5.6832	0.4021	-0.3458	0.2273	1.1071	0.3199	-0.8379	-0.3943	2.811	0.4188	1.1816	-0.0563	-0.0745	2.1323	-0.0444	0.1888	86.4798	44.2892	83.9134
11	9.052	3.6042	-2.6814	7.8913	-1.7406	7.2895	0.1587	0.2987	-0.8865	0.3492	0.1401	-0.1381	0.5938	-0.1999	-0.2919	1.2071	-0.2527	0.026	0.6322	-0.0767	1.6676	57.9186	26.4447	61.9196
12	1.8825	-0.3492	0.2257	2.4074	1.3988	3.5693	-0.1053	-0.2459	-0.2694	0.6037	0.0158	0.1946	2.0097	-0.3692	-0.044	0.6687	-0.0288	0.027	0.2098	0.0034	0.3139	68.9322	30.4231	61.8974

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 6:47)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 48:121)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN B AND RESID 24:83)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN B AND RESID 84:121)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN C AND RESID 32:57)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN C AND RESID 58:121)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN D AND RESID 14:80)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN D AND RESID 81:121)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN E AND RESID 36:116)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN E AND RESID 117:121)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN F AND RESID 29:37)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN F AND RESID 38:121)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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