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- PDB-3ze2: Integrin alphaIIB beta3 headpiece and RGD peptide complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ze2
タイトルIntegrin alphaIIB beta3 headpiece and RGD peptide complex
要素
  • 10E5 FAB HEAVY CHAIN
  • 10E5 FAB LIGHT CHAIN
  • INTEGRIN ALPHA-IIB
  • INTEGRIN BETA-3
  • RGD PEPTIDE
キーワードCELL ADHESION/IMMUNE SYSTEM/PEPTIDE / CELL ADHESION-IMMUNE SYSTEM-PEPTIDE COMPLEX / CELL ADHESIN-IMMUNE SYSTEM-PEPTIDE COMPLEX / CELL ADHESION
機能・相同性
機能・相同性情報


tube development / regulation of serotonin uptake / positive regulation of adenylate cyclase-inhibiting opioid receptor signaling pathway / alpha9-beta1 integrin-ADAM8 complex / regulation of trophoblast cell migration / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor diffusion trapping / alphav-beta3 integrin-vitronectin complex / regulation of extracellular matrix organization / platelet alpha granule membrane / positive regulation of glomerular mesangial cell proliferation ...tube development / regulation of serotonin uptake / positive regulation of adenylate cyclase-inhibiting opioid receptor signaling pathway / alpha9-beta1 integrin-ADAM8 complex / regulation of trophoblast cell migration / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor diffusion trapping / alphav-beta3 integrin-vitronectin complex / regulation of extracellular matrix organization / platelet alpha granule membrane / positive regulation of glomerular mesangial cell proliferation / integrin alphav-beta3 complex / negative regulation of lipoprotein metabolic process / alphav-beta3 integrin-PKCalpha complex / fibrinogen binding / maintenance of postsynaptic specialization structure / alphav-beta3 integrin-HMGB1 complex / blood coagulation, fibrin clot formation / negative regulation of lipid transport / vascular endothelial growth factor receptor 2 binding / glycinergic synapse / negative regulation of low-density lipoprotein receptor activity / angiogenesis involved in wound healing / Elastic fibre formation / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / mesodermal cell differentiation / cell-substrate junction assembly / alphav-beta3 integrin-IGF-1-IGF1R complex / platelet-derived growth factor receptor binding / filopodium membrane / extracellular matrix binding / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / positive regulation of fibroblast migration / positive regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / apolipoprotein A-I-mediated signaling pathway / regulation of bone resorption / apoptotic cell clearance / positive regulation of cell adhesion mediated by integrin / wound healing, spreading of epidermal cells / heterotypic cell-cell adhesion / integrin complex / Molecules associated with elastic fibres / positive regulation of leukocyte migration / positive regulation of cell-matrix adhesion / cellular response to insulin-like growth factor stimulus / smooth muscle cell migration / microvillus membrane / negative chemotaxis / cell adhesion mediated by integrin / Syndecan interactions / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / activation of protein kinase activity / cellular response to platelet-derived growth factor stimulus / cell-substrate adhesion / protein disulfide isomerase activity / positive regulation of smooth muscle cell migration / positive regulation of osteoblast proliferation / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / PECAM1 interactions / lamellipodium membrane / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of lipid storage / fibronectin binding / ECM proteoglycans / positive regulation of T cell migration / positive regulation of bone resorption / Integrin cell surface interactions / coreceptor activity / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / cell adhesion molecule binding / positive regulation of endothelial cell proliferation / embryo implantation / positive regulation of endothelial cell migration / Integrin signaling / substrate adhesion-dependent cell spreading / cell-matrix adhesion / response to activity / Signal transduction by L1 / integrin-mediated signaling pathway / regulation of actin cytoskeleton organization / protein kinase C binding / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / wound healing / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / MAP2K and MAPK activation / platelet activation / platelet aggregation / ruffle membrane / VEGFA-VEGFR2 Pathway / cell-cell adhesion / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of angiogenesis / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / regulation of protein localization
類似検索 - 分子機能
ligand-binding face of the semaphorins, domain 2 / ntegrin, alpha v. Chain A, domain 3 / Integrin alpha, N-terminal / ligand-binding face of the semaphorins, domain 2 / Integrin beta, epidermal growth factor-like domain 1 / Integrin beta epidermal growth factor like domain 1 / Integrin beta subunit, cytoplasmic domain / Integrin beta cytoplasmic domain / Integrin_b_cyt / : ...ligand-binding face of the semaphorins, domain 2 / ntegrin, alpha v. Chain A, domain 3 / Integrin alpha, N-terminal / ligand-binding face of the semaphorins, domain 2 / Integrin beta, epidermal growth factor-like domain 1 / Integrin beta epidermal growth factor like domain 1 / Integrin beta subunit, cytoplasmic domain / Integrin beta cytoplasmic domain / Integrin_b_cyt / : / Integrin alpha Ig-like domain 3 / Integrin beta tail domain / Integrin beta subunit, tail / Integrin beta tail domain superfamily / Integrin_B_tail / Integrin beta subunit, VWA domain / Integrin beta subunit / Integrin beta N-terminal / Integrin beta chain VWA domain / Integrin plexin domain / Integrins beta chain cysteine-rich domain signature. / Integrin beta subunits (N-terminal portion of extracellular region) / Integrin alpha cytoplasmic region / EGF-like domain, extracellular / EGF-like domain / von Willebrand factor, type A domain / Integrin alpha-2 / Integrin alpha Ig-like domain 1 / : / Integrin alpha Ig-like domain 2 / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / Integrins alpha chain signature. / FG-GAP repeat profile. / Integrin alpha (beta-propellor repeats). / FG-GAP repeat / FG-GAP repeat / Integrin alpha, N-terminal / Integrin domain superfamily / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / von Willebrand factor A-like domain superfamily / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1. / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Integrin beta-3 / Integrin alpha-IIb
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Zhu, J.H. / Zhu, J.Q. / Springer, T.A.
引用ジャーナル: J.Cell Biol. / 年: 2013
タイトル: Complete Integrin Headpiece Opening in Eight Steps.
著者: Zhu, J. / Zhu, J. / Springer, T.A.
履歴
登録2012年12月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月10日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月20日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: INTEGRIN ALPHA-IIB
B: INTEGRIN BETA-3
C: INTEGRIN ALPHA-IIB
D: INTEGRIN BETA-3
E: 10E5 FAB HEAVY CHAIN
F: 10E5 FAB LIGHT CHAIN
H: 10E5 FAB HEAVY CHAIN
I: RGD PEPTIDE
J: RGD PEPTIDE
L: 10E5 FAB LIGHT CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)302,81440
ポリマ－298,58310
非ポリマー4,23130
水23,7441318
1
A: INTEGRIN ALPHA-IIB
B: INTEGRIN BETA-3
E: 10E5 FAB HEAVY CHAIN
F: 10E5 FAB LIGHT CHAIN
I: RGD PEPTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,76721
ポリマ－149,2925
非ポリマー2,47516
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11890 Å2
ΔGint-57.1 kcal/mol
Surface area67940 Å2
手法PISA
2
C: INTEGRIN ALPHA-IIB
D: INTEGRIN BETA-3
H: 10E5 FAB HEAVY CHAIN
J: RGD PEPTIDE
L: 10E5 FAB LIGHT CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,04719
ポリマ－149,2925
非ポリマー1,75514
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12190 Å2
ΔGint-62.8 kcal/mol
Surface area61480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)233.210, 143.560, 104.730
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 INTEGRIN ALPHA-IIB / GPALPHA IIB / GPIIB / PLATELET MEMBRANE GLYCOPROTEIN IIB


分子量: 49515.965 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUE 32-488 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): CHO LEC 3.2.1.8
発現宿主: CRICETULUS GRISEUS (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P08514
#2: タンパク質 INTEGRIN BETA-3 / PLATELET MEMBRANE GLYCOPROTEIN IIIA / GPIIIA


分子量: 52087.902 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 27-498 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): CHO LEC 3.2.1.8
発現宿主: CRICETULUS GRISEUS (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P05106

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 IJ

#5: タンパク質・ペプチド RGD PEPTIDE


分子量: 588.593 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト)

-
抗体 , 2種, 4分子 EHFL

#3: 抗体 10E5 FAB HEAVY CHAIN


分子量: 23766.473 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 解説: HYBRIDOMA / 発現宿主: MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
#4: 抗体 10E5 FAB LIGHT CHAIN


分子量: 23332.686 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 解説: HYBRIDOMA / 発現宿主: MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)

-
糖 , 4種, 4分子

#6: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#8: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#13: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 5種, 1344分子

#9: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#10: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#11: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#12: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#14: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1318 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8.9
詳細: 11% PEG 8000, 0.2 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M TRIS-HCL, PH 8.9

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23ID / 波長: 0.97934
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: DOUBLE SI CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→50 Å / Num. obs: 146644 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 37.32 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 2.35→2.41 Å / Rmerge(I) obs: 0.94 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3T3P

3t3p


解像度: 2.35→54.018 Å / SU ML: 0.3 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.12 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2037 1017 0.7 %
Rwork0.1753 --
obs0.1755 146559 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 46.232 Å2 / ksol: 0.333 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 66.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.7988 Å20 Å20 Å2
2---0.6543 Å20 Å2
3----0.3375 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→54.018 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20079 0 248 1318 21645
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00621086
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.67628562
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9027674
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0433186
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0033700
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.35-2.47390.26971340.262920540X-RAY DIFFRACTION100
2.4739-2.62890.30571320.237920600X-RAY DIFFRACTION100
2.6289-2.83190.24791520.202720663X-RAY DIFFRACTION100
2.8319-3.11680.2381460.180420686X-RAY DIFFRACTION100
3.1168-3.56780.18341370.172220746X-RAY DIFFRACTION100
3.5678-4.49470.17451760.147620864X-RAY DIFFRACTION100
4.4947-54.0320.18131400.156721443X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9445-0.0788-0.33040.80070.37670.75870.00640.003-0.0049-0.0792-0.04230.08910.027-0.03780.02680.1817-0.00070.00120.0810.03870.127744.582384.466553.3158
21.37970.0142-0.24290.7833-0.28021.657-0.0774-0.0038-0.0828-0.0627-0.0183-0.13690.37240.17250.08030.26790.04490.05860.18880.01420.127378.909782.118117.8466
33.2159-1.3378-0.07990.97670.57262.4804-0.26140.0518-0.10540.22170.1098-0.60320.28660.71650.16480.49390.3152-0.07111.1278-0.10190.7299117.362883.784535.0762
41.5834-0.3256-0.67641.20671.11582.781-0.0237-0.27780.27330.11840.2052-0.23510.12480.5371-0.17690.26260.0333-0.0550.4293-0.07640.445794.9303102.168553.164
51.41210.26060.00821.94660.23840.4898-0.0025-0.13120.20940.0090.0403-0.0272-0.1390.0353-0.04160.2205-0.00370.02990.1241-0.01010.165360.9882112.277963.8442
64.48590.32210.01681.6869-0.04444.4313-0.01380.0963-0.13980.05070.3954-0.47730.45020.1813-0.21960.56230.24460.01240.94020.12520.5506109.948783.673819.2078
71.0868-0.21370.56050.7135-0.21281.933-0.12670.16730.2417-0.07460.05250.0701-0.0036-0.59320.03330.2455-0.04750.02720.41850.03750.086854.683297.255499.6057
81.05090.11250.01090.9505-0.55720.3319-0.3051-0.1019-0.22340.2018-0.1310.17360.41570.05480.34450.76020.14510.18611.27910.31921.128617.914895.7194115.825
90.8651-0.093-0.66440.05050.22021.21990.03390.497-0.0376-0.4988-0.3409-0.28860.77820.51760.3840.73960.31610.32491.09170.26650.6136110.505486.753987.0947
100.6396-0.58960.46611.17260.19511.15990.40020.865-0.1064-0.2602-0.0664-0.7887-0.30450.0562-0.13980.41190.26360.14871.06730.20741.1558146.563580.022683.381
110.4038-0.1335-0.08840.2255-0.1830.3329-0.08470.0910.50580.0168-0.2561-0.6528-0.0210.8177-0.04170.31630.00780.05731.14110.39620.9598119.792597.5928103.2844
120.09680.1958-0.18060.80490.12311.38910.45730.09790.0678-0.8535-0.0582-0.622-0.56770.2103-0.18221.1280.27290.65091.42780.61031.6964150.080995.337682.6679
131.34090.5521-0.31350.8334-0.19711.11380.1379-0.13040.16360.1728-0.19080.0605-0.0341-0.1720.04690.1775-0.01490.03010.2531-0.07520.3269.521391.118780.7064
141.5950.83250.64310.99090.36231.46510.451-0.6521-0.11130.4501-0.2937-0.170.3705-0.2128-0.10850.3292-0.0964-0.11410.407-0.09290.3587-24.137878.015988.4692
151.28860.1319-0.09370.08050.00890.57790.04650.33420.2221-0.0929-0.04080.15750.0252-0.3849-0.03280.1713-0.0075-0.03860.4595-0.02010.4263-0.519890.374761.5357
161.3133-0.06580.22111.07090.84042.6326-0.1465-0.27290.91120.0799-0.14290.3207-0.3563-0.29410.24730.26620.002-0.09310.3919-0.28510.7221-30.24390.95680.872
173.8167-2.0311-0.60671.3652-0.746.08010.406-0.5273-0.2410.37380.02140.13990.0839-0.2747-0.15310.3614-0.0463-0.00020.35230.06240.172546.3904103.583674.0419
183.595-0.41931.80020.3928-0.97392.59840.27870.2197-0.4949-0.2563-0.0551-0.15920.57150.4495-0.12780.5698-0.02280.01880.41560.01160.232471.014790.519891.4768
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 1:454 OR RESID 2004:2007)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN C AND (RESID 1:454 OR RESID 2004:2007)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN B AND RESID 1:56
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN B AND (RESID 57:108 OR RESID 354:433)
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN B AND (RESID 109:352 OR RESID 2001:2003)
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN B AND RESID 434:471
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN D AND (RESID 109:352 OR RESID 2001:2003)
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN D AND (RESID 57:108 OR RESID 353:433)
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN H AND RESID 1:119
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN H AND RESID 120:221
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN L AND RESID 1:108
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN L AND RESID 109:214
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN E AND RESID 1:119
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN E AND RESID 120:221
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN F AND RESID 1:108
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN F AND RESID 109:214
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN I
18X-RAY DIFFRACTION18CHAIN J

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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