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- PDB-3zdx: Integrin alphaIIB beta3 headpiece and RGD peptide complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zdx
タイトルIntegrin alphaIIB beta3 headpiece and RGD peptide complex
要素
  • 10E5 FAB, HEAVY CHAIN
  • 10E5 FAB, LIGHT CHAIN
  • INTEGRIN ALPHA-IIB
  • INTEGRIN BETA-3
キーワードCELL ADHESION/IMMUNE SYSTEM / CELL ADHESION-IMMUNE SYSTEM COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


tube development / regulation of serotonin uptake / positive regulation of adenylate cyclase-inhibiting opioid receptor signaling pathway / alpha9-beta1 integrin-ADAM8 complex / regulation of trophoblast cell migration / integrin alphaIIb-beta3 complex / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor diffusion trapping / maintenance of postsynaptic specialization structure / alphav-beta3 integrin-vitronectin complex / regulation of extracellular matrix organization ...tube development / regulation of serotonin uptake / positive regulation of adenylate cyclase-inhibiting opioid receptor signaling pathway / alpha9-beta1 integrin-ADAM8 complex / regulation of trophoblast cell migration / integrin alphaIIb-beta3 complex / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor diffusion trapping / maintenance of postsynaptic specialization structure / alphav-beta3 integrin-vitronectin complex / regulation of extracellular matrix organization / positive regulation of glomerular mesangial cell proliferation / platelet alpha granule membrane / integrin alphav-beta3 complex / negative regulation of lipoprotein metabolic process / alphav-beta3 integrin-PKCalpha complex / fibrinogen binding / blood coagulation, fibrin clot formation / alphav-beta3 integrin-HMGB1 complex / vascular endothelial growth factor receptor 2 binding / negative regulation of lipid transport / positive regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / Elastic fibre formation / glycinergic synapse / mesodermal cell differentiation / cell-substrate junction assembly / alphav-beta3 integrin-IGF-1-IGF1R complex / platelet-derived growth factor receptor binding / positive regulation of bone resorption / filopodium membrane / extracellular matrix binding / negative regulation of low-density lipoprotein particle clearance / angiogenesis involved in wound healing / positive regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / regulation of bone resorption / apolipoprotein A-I-mediated signaling pathway / positive regulation of cell adhesion mediated by integrin / positive regulation of leukocyte migration / apoptotic cell clearance / integrin complex / wound healing, spreading of epidermal cells / heterotypic cell-cell adhesion / positive regulation of fibroblast migration / positive regulation of smooth muscle cell migration / smooth muscle cell migration / Molecules associated with elastic fibres / Mechanical load activates signaling by PIEZO1 and integrins in osteocytes / positive regulation of cell-matrix adhesion / negative chemotaxis / cell adhesion mediated by integrin / Syndecan interactions / cellular response to insulin-like growth factor stimulus / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / positive regulation of osteoblast proliferation / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / protein disulfide isomerase activity / microvillus membrane / cell-substrate adhesion / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / PECAM1 interactions / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / lamellipodium membrane / fibronectin binding / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / negative regulation of lipid storage / ECM proteoglycans / Integrin cell surface interactions / positive regulation of T cell migration / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / coreceptor activity / cell adhesion molecule binding / cellular response to platelet-derived growth factor stimulus / positive regulation of endothelial cell proliferation / Integrin signaling / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / embryo implantation / positive regulation of endothelial cell migration / substrate adhesion-dependent cell spreading / protein kinase C binding / cell-matrix adhesion / Turbulent (oscillatory, disturbed) flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and integrins in endothelial cells / response to activity / Signal transduction by L1 / integrin-mediated signaling pathway / regulation of actin cytoskeleton organization / wound healing / cellular response to mechanical stimulus / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / MAP2K and MAPK activation / cell-cell adhesion / platelet activation / platelet aggregation / VEGFA-VEGFR2 Pathway / ruffle membrane / integrin binding / cellular response to xenobiotic stimulus / positive regulation of angiogenesis
類似検索 - 分子機能
ligand-binding face of the semaphorins, domain 2 / ntegrin, alpha v. Chain A, domain 3 / ligand-binding face of the semaphorins, domain 2 / Integrin alpha, N-terminal / Integrin beta, epidermal growth factor-like domain 1 / Integrin beta epidermal growth factor like domain 1 / Integrin beta subunit, cytoplasmic domain / Integrin beta cytoplasmic domain / Integrin_b_cyt / : ...ligand-binding face of the semaphorins, domain 2 / ntegrin, alpha v. Chain A, domain 3 / ligand-binding face of the semaphorins, domain 2 / Integrin alpha, N-terminal / Integrin beta, epidermal growth factor-like domain 1 / Integrin beta epidermal growth factor like domain 1 / Integrin beta subunit, cytoplasmic domain / Integrin beta cytoplasmic domain / Integrin_b_cyt / : / Integrin alpha Ig-like domain 3 / Integrin beta tail domain / Integrin EGF domain / Integrin beta subunit, tail / Integrin beta tail domain superfamily / Integrin_B_tail / EGF-like domain, extracellular / EGF-like domain / Integrin alpha cytoplasmic region / Integrins beta chain EGF (I-EGF) domain profile. / Integrin beta subunit, VWA domain / Integrin beta subunit / Integrin beta N-terminal / Integrin beta chain VWA domain / Integrin plexin domain / Integrins beta chain EGF (I-EGF) domain signature. / Integrin beta subunits (N-terminal portion of extracellular region) / Integrin alpha-2 / Integrin alpha Ig-like domain 1 / von Willebrand factor, type A domain / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / : / Integrin alpha Ig-like domain 2 / Integrins alpha chain signature. / FG-GAP repeat profile. / Integrin alpha (beta-propellor repeats). / FG-GAP repeat / FG-GAP repeat / Integrin alpha, N-terminal / Integrin domain superfamily / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / von Willebrand factor A-like domain superfamily / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Integrin beta-3 / Integrin alpha-IIb
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Zhu, J.H. / Zhu, J.Q. / Springer, T.A.
引用ジャーナル: J.Cell Biol. / 年: 2013
タイトル: Complete Integrin Headpiece Opening in Eight Steps.
著者: Zhu, J. / Zhu, J. / Springer, T.A.
履歴
登録2012年12月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月10日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月20日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: INTEGRIN ALPHA-IIB
B: INTEGRIN BETA-3
C: INTEGRIN ALPHA-IIB
D: INTEGRIN BETA-3
E: 10E5 FAB, HEAVY CHAIN
F: 10E5 FAB, LIGHT CHAIN
H: 10E5 FAB, HEAVY CHAIN
L: 10E5 FAB, LIGHT CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)302,55645
ポリマ－297,4068
非ポリマー5,15037
水23,8521324
1
A: INTEGRIN ALPHA-IIB
B: INTEGRIN BETA-3
H: 10E5 FAB, HEAVY CHAIN
L: 10E5 FAB, LIGHT CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,27722
ポリマ－148,7034
非ポリマー2,57418
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10780 Å2
ΔGint-55.3 kcal/mol
Surface area68050 Å2
手法PISA
2
C: INTEGRIN ALPHA-IIB
D: INTEGRIN BETA-3
E: 10E5 FAB, HEAVY CHAIN
F: 10E5 FAB, LIGHT CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,27923
ポリマ－148,7034
非ポリマー2,57619
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10970 Å2
ΔGint-55.4 kcal/mol
Surface area67670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)259.710, 144.960, 104.770
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 INTEGRIN ALPHA-IIB / GPALPHA IIB / GPIIB / PLATELET MEMBRANE GLYCOPROTEIN IIB / CD41 / INTEGRIN ALPHA-IIB HEAVY CHAIN


分子量: 49515.965 Da / 分子数: 2 / 断片: INTEGRIN HEADPIECE, RESIDUES 32-488 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): CHO LEC 3.2.1.8
発現宿主: CRICETULUS GRISEUS (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P08514
#2: タンパク質 INTEGRIN BETA-3 / PLATELET MEMBRANE GLYCOPROTEIN IIIA / GPIIIA / CD61


分子量: 52087.902 Da / 分子数: 2 / 断片: INTEGRIN HEADPIECE, RESIDUES 27-498 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): CHO LEC 3.2.1.8
発現宿主: CRICETULUS GRISEUS (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P05106

-
抗体 , 2種, 4分子 EHFL

#3: 抗体 10E5 FAB, HEAVY CHAIN


分子量: 23766.473 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 発現宿主: MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
#4: 抗体 10E5 FAB, LIGHT CHAIN


分子量: 23332.686 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 発現宿主: MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)

-
糖 , 4種, 6分子

#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#13: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 6種, 1355分子

#8: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#9: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#10: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#11: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#12: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#14: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1324 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8.9
詳細: 11% PEG 8000, 0.2 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M TRIS-HCL, PH 8.9

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID / 波長: 0.97934
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: DOUBLE SI CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→50 Å / Num. obs: 145557 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 35.41 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 2.45→2.58 Å / Rmerge(I) obs: 0.81 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 3T3P

3t3p


解像度: 2.45→48.361 Å / SU ML: 0.35 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 17.24 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1971 1008 0.7 %
Rwork0.1628 --
obs0.163 145470 99.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 45.758 Å2 / ksol: 0.342 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 59.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.1149 Å20 Å20 Å2
2--3.6814 Å20 Å2
3----3.7964 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→48.361 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20720 0 296 1324 22340
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00721726
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.65829424
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7827878
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0423280
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0023808
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.45-2.57920.30831360.256220391X-RAY DIFFRACTION100
2.5792-2.74070.26751560.205520468X-RAY DIFFRACTION100
2.7407-2.95230.22031390.169120491X-RAY DIFFRACTION100
2.9523-3.24940.19131210.160220597X-RAY DIFFRACTION100
3.2494-3.71940.20691400.159820612X-RAY DIFFRACTION100
3.7194-4.68550.1631570.134920713X-RAY DIFFRACTION100
4.6855-48.37050.16891590.153721190X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3614-0.0954-0.13950.69820.19870.5574-0.0275-0.0322-0.04850.0716-0.03360.11320.1086-0.1275-0.03190.1716-0.00050.0708-0.08310.07310.070851.327990.320654.2853
20.83270.1029-0.39950.3858-0.07530.93-0.0602-0.0258-0.0871-0.090.0036-0.11340.1620.28390.01740.15690.03010.07930.22470.00370.097184.769286.4543118.0825
33.6652-1.804-0.77893.067-0.80251.2655-0.3086-0.0708-0.4549-0.1844-0.1572-0.89870.31390.53340.43420.52370.27790.02761.4183-0.33360.9871123.681788.712835.1291
44.1892-1.2878-2.61692.61782.12994.5927-0.01890.06720.11260.07520.2429-0.16340.27570.6344-0.13230.19820.0764-0.04790.5238-0.17390.4644101.4095107.70752.9938
50.64510.28830.14191.6970.43420.65850.0301-0.05030.11750.05510.0792-0.1138-0.09740.0621-0.04430.21180.00790.0672-0.0171-0.00530.138468.02118.556363.6902
68.48893.67061.34366.8851-2.70892.94710.0417-0.1881-0.0557-0.53470.0968-1.04440.16810.7127-0.13790.57440.24960.07191.3909-0.07630.6535116.198789.082219.4413
74.44351.2946-1.90913.2441-0.92461.6816-0.2526-0.0363-0.56010.0548-0.0260.40620.4549-0.52760.00340.6403-0.4450.10190.9638-0.05850.435215.42370.7833141.1727
82.32610.3456-1.5271.291-1.36166.9324-0.22150.3739-0.1015-0.10890.1650.06830.4994-0.76370.07080.2951-0.1768-0.00220.57560.05540.270531.617387.4335116.1463
90.9954-0.19840.2620.6671-0.31561.7475-0.00450.13930.1709-0.09810.03660.017-0.116-0.2035-0.07140.2173-0.05190.02830.18890.05830.092360.8786102.371399.6384
107.93233.2512-0.81723.98391.51054.453-0.12190.084-0.31020.1620.02730.12910.7466-0.6020.04440.35-0.12410.11270.394-0.11530.365121.94179.1497154.9569
112.22140.0988-1.29980.8912-0.23492.5442-0.0309-0.443-0.01740.7144-0.04290.22240.2181-0.21270.06150.409-0.04110.13960.3799-0.05930.241318.221396.916182.8803
122.69040.05360.14580.25070.28413.7636-0.0694-0.1365-1.51980.2012-0.04380.15750.91730.11980.10140.54820.08660.23070.54860.12521.4868-13.838581.58193.343
131.22940.0973-0.52160.32850.31490.63010.04990.2537-0.04920.0204-0.37040.57310.1422-0.5912-0.24250.235-0.02260.07030.5471-0.17730.46926.833996.102364.5264
142.0128-0.13540.21781.09830.55982.3317-0.31360.2143-0.79370.1287-0.03140.25650.2898-0.42840.01750.20890.00050.190.4635-0.02510.7166-22.155293.595986.5714
152.1143-0.3431-1.68410.5553-0.09363.9913-0.14940.5147-0.2563-0.7813-0.0675-0.29510.81890.18170.47450.7763-0.04790.3030.7007-0.03390.4422115.557590.065486.4628
163.52830.8894-0.28262.67071.44871.65930.3440.853-0.805-0.29520.0602-1.1020.60411.1321-0.36341.0440.61780.21071.44720.07541.0285151.557682.934580.1343
172.3204-0.1936-0.34010.9384-0.00560.6573-0.0772-0.19470.3713-0.1232-0.1288-0.79180.07710.6749-0.15160.3072-0.06460.17650.82780.0390.6642125.7976100.2442102.5485
182.28530.937-0.93612.27410.8533.20510.08320.76430.1452-0.89030.1392-0.7416-0.33420.6751-0.32720.71420.22750.40181.39450.4211.1025154.763598.729480.6411
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 1:454 OR RESID 2004:2007)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN C AND (RESID 1:454 OR RESID 2004:2007)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN B AND RESID 1:57
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN B AND (RESID 58:107 OR RESID 354:432)
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN B AND (RESID 109:352 OR RESID 2001:2003)
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN B AND RESID 433:466
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN D AND RESID 1:57
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN D AND (RESID 58:107 OR RESID 354:432)
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN D AND (RESID 109:352 OR RESID 2001:2003)
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN D AND RESID 433:471
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN H AND RESID 1:119
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN H AND RESID 120:221
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN L AND RESID 1:108
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN L AND RESID 109:214
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN E AND RESID 1:119
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN E AND RESID 120:221
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN F AND RESID 1:108
18X-RAY DIFFRACTION18CHAIN F AND RESID 109:214

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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