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- PDB-3zds: Structure of homogentisate 1,2-dioxygenase in complex with reacti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zds
タイトルStructure of homogentisate 1,2-dioxygenase in complex with reaction intermediates of homogentisate with oxygen.
要素HOMOGENTISATE 1,2-DIOXYGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / EXTRADIOL / ALKYLPEROXO SPECIES / HOMOGENTISATE-SEMIQUINONE / RING-FISSION PRODUCT
機能・相同性
機能・相同性情報


homogentisate 1,2-dioxygenase / homogentisate 1,2-dioxygenase activity / tyrosine catabolic process / L-phenylalanine catabolic process / DNA-binding transcription repressor activity / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / iron ion binding / negative regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
Homogentisate 1,2-dioxygenase, bacterial / Homogentisate 1,2-dioxygenase / Homogentisate 1,2-dioxygenase, C-terminal domain / Homogentisate 1,2-dioxygenase, N-terminal domain / Homogentisate 1,2-dioxygenase C-terminal / Homogentisate 1,2-dioxygenase N-terminal / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls ...Homogentisate 1,2-dioxygenase, bacterial / Homogentisate 1,2-dioxygenase / Homogentisate 1,2-dioxygenase, C-terminal domain / Homogentisate 1,2-dioxygenase, N-terminal domain / Homogentisate 1,2-dioxygenase C-terminal / Homogentisate 1,2-dioxygenase N-terminal / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-HMQ / Chem-HQ9 / 4-Maleylacetoacetic acid / 2-(3,6-DIHYDROXYPHENYL)ACETIC ACID / OXYGEN MOLECULE / PHOSPHATE ION / Homogentisate 1,2-dioxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種PSEUDOMONAS PUTIDA (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Jeoung, J.-H. / Bommer, M. / Lin, T.-Y. / Dobbek, H.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Visualizing the Substrate-, Superoxo-, Alkylperoxo- and Product-Bound States at the Non-Heme Fe(II) Site of Homogentisate Dioxygenase
著者: Jeoung, J.-H. / Bommer, M. / Lin, T.-Y. / Dobbek, H.
履歴
登録2012年11月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月31日Group: Atomic model / Derived calculations / Other
改定 1.22013年8月14日Group: Database references
改定 1.32019年3月6日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42023年12月20日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / reflns_shell / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _reflns_shell.Rmerge_I_obs / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: HOMOGENTISATE 1,2-DIOXYGENASE
B: HOMOGENTISATE 1,2-DIOXYGENASE
C: HOMOGENTISATE 1,2-DIOXYGENASE
D: HOMOGENTISATE 1,2-DIOXYGENASE
E: HOMOGENTISATE 1,2-DIOXYGENASE
F: HOMOGENTISATE 1,2-DIOXYGENASE
G: HOMOGENTISATE 1,2-DIOXYGENASE
H: HOMOGENTISATE 1,2-DIOXYGENASE
I: HOMOGENTISATE 1,2-DIOXYGENASE
J: HOMOGENTISATE 1,2-DIOXYGENASE
K: HOMOGENTISATE 1,2-DIOXYGENASE
L: HOMOGENTISATE 1,2-DIOXYGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)579,63638
ポリマ－576,72512
非ポリマー2,91126
水102,7045701
1
A: HOMOGENTISATE 1,2-DIOXYGENASE
B: HOMOGENTISATE 1,2-DIOXYGENASE
C: HOMOGENTISATE 1,2-DIOXYGENASE
D: HOMOGENTISATE 1,2-DIOXYGENASE
E: HOMOGENTISATE 1,2-DIOXYGENASE
G: HOMOGENTISATE 1,2-DIOXYGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)289,86520
ポリマ－288,3636
非ポリマー1,50314
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
J: HOMOGENTISATE 1,2-DIOXYGENASE
ヘテロ分子

F: HOMOGENTISATE 1,2-DIOXYGENASE
ヘテロ分子

L: HOMOGENTISATE 1,2-DIOXYGENASE
ヘテロ分子

H: HOMOGENTISATE 1,2-DIOXYGENASE
I: HOMOGENTISATE 1,2-DIOXYGENASE
K: HOMOGENTISATE 1,2-DIOXYGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)289,77018
ポリマ－288,3636
非ポリマー1,40812
水1086
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation1_654x+1,y,z-11
crystal symmetry operation1_554x,y,z-11
crystal symmetry operation1_644x+1,y-1,z-11
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
J: HOMOGENTISATE 1,2-DIOXYGENASE
ヘテロ分子

F: HOMOGENTISATE 1,2-DIOXYGENASE
ヘテロ分子

L: HOMOGENTISATE 1,2-DIOXYGENASE
ヘテロ分子

H: HOMOGENTISATE 1,2-DIOXYGENASE
I: HOMOGENTISATE 1,2-DIOXYGENASE
K: HOMOGENTISATE 1,2-DIOXYGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)289,77018
ポリマ－288,3636
非ポリマー1,40812
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
crystal symmetry operation1_545x,y-1,z1
crystal symmetry operation1_456x-1,y,z+11
手法PISA
4
F: HOMOGENTISATE 1,2-DIOXYGENASE
ヘテロ分子

J: HOMOGENTISATE 1,2-DIOXYGENASE
ヘテロ分子

L: HOMOGENTISATE 1,2-DIOXYGENASE
ヘテロ分子

H: HOMOGENTISATE 1,2-DIOXYGENASE
I: HOMOGENTISATE 1,2-DIOXYGENASE
K: HOMOGENTISATE 1,2-DIOXYGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)289,77018
ポリマ－288,3636
非ポリマー1,40812
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
crystal symmetry operation1_645x+1,y-1,z1
crystal symmetry operation1_556x,y,z+11
手法PISA
5
L: HOMOGENTISATE 1,2-DIOXYGENASE
ヘテロ分子

F: HOMOGENTISATE 1,2-DIOXYGENASE
ヘテロ分子

J: HOMOGENTISATE 1,2-DIOXYGENASE
ヘテロ分子

H: HOMOGENTISATE 1,2-DIOXYGENASE
I: HOMOGENTISATE 1,2-DIOXYGENASE
K: HOMOGENTISATE 1,2-DIOXYGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)289,77018
ポリマ－288,3636
非ポリマー1,40812
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_465x-1,y+1,z1
crystal symmetry operation1_565x,y+1,z1
crystal symmetry operation1_466x-1,y+1,z+11
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.737, 93.857, 163.438
Angle α, β, γ (deg.)87.62, 80.39, 68.29
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 12分子 ABCDEFGHIJKL

#1: タンパク質
HOMOGENTISATE 1,2-DIOXYGENASE / HOMOGENTISATE OXYGENASE / HOMOGENTISIC ACID OXIDASE / HOMOGENTISICASE


分子量: 48060.422 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS PUTIDA (バクテリア) / 株: KT2440 / 解説: GERMAN COLLECTION OF MICROORGANISMS (DSM) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q88E47, homogentisate 1,2-dioxygenase

-
非ポリマー , 8種, 5727分子

#2: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-M8O / 4-Maleylacetoacetic acid


分子量: 200.146 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H8O6
#4: 化合物
ChemComp-OMD / 2-(3,6-DIHYDROXYPHENYL)ACETIC ACID / HOMOGENTISIC ACID / ホモゲンチジン酸


分子量: 168.147 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H8O4
#5: 化合物 ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE / ペルオキシド


分子量: 31.999 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2
#6: 化合物 ChemComp-HQ9 / 2-(6-oxidanyl-3-oxidanylidene-cyclohexa-1,4-dien-1-yl)ethanoic acid


分子量: 168.147 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H8O4
#7: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#8: 化合物 ChemComp-HMQ / 2-[(6R)-6-(dioxidanyl)-6-oxidanyl-3-oxidanylidene-cyclohexa-1,4-dien-1-yl]ethanoic acid


分子量: 200.146 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H8O6
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5701 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

非ポリマーの詳細2,5-DIHYDROXYPHENYLACETIC ACID (HQ9): 1 ELECTRON OXIDIZED 2,5-DIHYDROXYPHENYL-DIOXO ACETIC ACID ...2,5-DIHYDROXYPHENYLACETIC ACID (HQ9): 1 ELECTRON OXIDIZED 2,5-DIHYDROXYPHENYL-DIOXO ACETIC ACID (HMQ): FORMED COVALENT BOND WITH DIOXYGEN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % / 解説: NONE
結晶化手法: 蒸気拡散法
詳細: VAPOUR DIFFUSION (1:1 MIX): 17% PEG 3350, 0.02 M NAK PHOSPHATE AND 0.1 M BIS-TRIS PROPANE PH 8.0, 1MM TCEP, 2 MICROM HOMOGENTISATE, 15 MG/ML PROTEIN

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→35 Å / Num. obs: 532721 / % possible obs: 94.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 16.64 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 9.85
反射 シェル解像度: 1.7→35 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 2.13 / % possible all: 91.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.0精密化
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1EYB

1eyb


解像度: 1.7→34.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9002 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8608 / SU R Cruickshank DPI: 0.128 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.133 / SU Rfree Blow DPI: 0.131 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.128
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2518 26681 5.01 %RANDOM
Rwork0.2031 ---
obs0.2055 532705 94.91 %-
原子変位パラメータBiso mean: 18.78 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.8778 Å2-1.1551 Å21.0538 Å2
2--1.7939 Å2-0.0271 Å2
3----2.6717 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.223 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→34.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数39964 0 169 5701 45834
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0141635HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1956807HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d13832SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes968HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes6226HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it41635HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.68
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.15
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion5143SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact52536SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.74 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2663 1910 5.04 %
Rwork0.2179 35998 -
all0.2204 37908 -
obs--94.91 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.30190.09110.00360.1960.01090.23640.015-0.0833-0.05260.0742-0.0279-0.03530.06890.03950.0129-0.01-0.01030.0006-0.05150.0229-0.10261.131234.50670.2267
20.3847-0.0896-0.04740.3373-0.01190.22870.0168-0.06510.0620.0618-0.013-0.0159-0.07760.059-0.0038-0.028-0.0445-0.0009-0.0781-0.0152-0.0867.841873.2007-5.7591
30.18370.0431-0.04340.2519-0.10610.26690.0104-0.00840.06720.05150.00150.0916-0.04-0.0869-0.0119-0.0673-0.00670.0318-0.0583-0.0102-0.0624-29.174758.5565-8.7585
40.3506-0.00120.01410.2166-0.04440.1869-0.02530.0626-0.0655-0.04530.01370.02030.0749-0.05370.0116-0.0258-0.03680.0173-0.0617-0.0059-0.0906-14.282529.988-40.2433
50.33070.0529-0.04040.1599-0.01050.1823-0.00810.09980.1013-0.05720.02580.0633-0.0579-0.055-0.0177-0.0306-0.0111-0.0063-0.05340.0413-0.0868-10.71569.0317-46.8491
60.350.0593-0.08390.25790.00440.1354-0.01260.08780.0609-0.07930.0080.0652-0.0527-0.0610.0047-0.10060.0122-0.00790.03270.0266-0.1126.095724.863734.0737
70.26860.0735-0.01660.3381-0.02150.2708-0.01940.0195-0.0286-0.03480.0142-0.07960.02760.07640.0052-0.0646-0.01020.0313-0.04610.0063-0.083921.561247.5971-38.0378
80.36370.0546-0.09380.28590.03880.2280.0334-0.09670.11420.053-0.0138-0.0021-0.07620.0313-0.0196-0.102-0.01330.01740.0223-0.04-0.114618.323841.2228-88.4488
90.31240.1125-0.08520.4306-0.08070.21780.0058-0.0681-0.01350.0651-0.0060.12670.0311-0.05180.0002-0.134-0.00460.03410.0343-0.0038-0.0824-11.167314.6168-87.0231
100.358-0.0167-0.03330.46360.05750.1691-0.010.0512-0.019-0.05370.0093-0.0603-0.0160.05470.0007-0.1225-0.00640.0290.02840.0064-0.1023-29.2116.454939.9605
110.34540.1366-0.04930.3240.05650.09760.0065-0.1682-0.12890.1106-0.0215-0.08080.05850.07190.015-0.10190.0159-0.00270.06190.0699-0.117526.37012.9228-80.7076
120.1972-0.03-0.06220.24510.01060.2105-0.02090.0487-0.1596-0.0410.00040.00140.0853-0.03520.0205-0.1116-0.0140.0293-0.0252-0.0178-0.054-21.44574.690341.9471
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN C
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN D
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN E
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN F
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN G
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN H
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN I
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN J
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN K
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN L

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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