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万見
- PDB-3zd0: The Solution Structure of Monomeric Hepatitis C Virus p7 Yields P... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zd0
タイトルThe Solution Structure of Monomeric Hepatitis C Virus p7 Yields Potent Inhibitors of Virion Release
要素P7 PROTEIN
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ANTIVIRAL / ION CHANNEL / VIROPORIN
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell lipid droplet / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / symbiont-mediated transformation of host cell / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / channel activity / viral nucleocapsid ...host cell lipid droplet / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / symbiont-mediated transformation of host cell / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / channel activity / viral nucleocapsid / monoatomic ion transmembrane transport / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont entry into host cell / ribonucleoprotein complex / symbiont-mediated activation of host autophagy / serine-type endopeptidase activity / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus, Core protein, N-terminal / Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily / : ...Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus, Core protein, N-terminal / Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily / : / Hepatitis C virus non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus capsid protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS2 / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein, domain 1a / Hepatitis C virus non-structural 5a, 1B domain / NS5A domain 1a superfamily / : / Hepatitis C virus non-structural 5a protein membrane anchor / Hepatitis C virus non-structural 5a zinc finger domain / Hepatitis C virus non-structural 5a domain 1b / NS3 RNA helicase, C-terminal helical domain / Hepacivirus nonstructural protein 2 (NS2) protease domain profile. / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus, Core protein, C-terminal / Hepatitis C virus core protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus, Envelope glycoprotein E1 / Hepatitis C virus envelope glycoprotein E1 / RNA dependent RNA polymerase, hepatitis C virus / Viral RNA dependent RNA polymerase / Hepatitis C virus, NS3 protease, Peptidase S29 / Hepatitis C virus NS3 protease / Hepacivirus/Pegivirus NS3 protease domain profile. / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種HEPATITIS C VIRUS (ウイルス)
手法溶液NMR / ARIA MEMBRANE CS ROSETTA
データ登録者Foster, T.L. / Sthompson, G. / Kalverda, A.P. / Kankanala, J. / Thompson, J. / Barker, A.M. / Clarke, D. / Noerenberg, M. / Pearson, A.R. / Rowlands, D.J. ...Foster, T.L. / Sthompson, G. / Kalverda, A.P. / Kankanala, J. / Thompson, J. / Barker, A.M. / Clarke, D. / Noerenberg, M. / Pearson, A.R. / Rowlands, D.J. / Homans, S.W. / Harris, M. / Foster, R. / Griffin, S.D.C.
引用
ジャーナル: Hepatology / 年: 2014
タイトル: Structure-Guided Design Affirms Inhibitors of Hepatitis C Virus P7 as a Viable Class of Antivirals Targeting Virion Release
著者: Foster, T.L. / Thompson, G.S. / Kalverda, A.P. / Kankanala, J. / Bentham, M. / Wetherill, L.F. / Thompson, J. / Barker, A.M. / Clarke, D. / Noerenberg, M. / Pearson, A.R. / Rowlands, D.J. / ...著者: Foster, T.L. / Thompson, G.S. / Kalverda, A.P. / Kankanala, J. / Bentham, M. / Wetherill, L.F. / Thompson, J. / Barker, A.M. / Clarke, D. / Noerenberg, M. / Pearson, A.R. / Rowlands, D.J. / Homans, S.W. / Harris, M. / Foster, R. / Griffin, S.D.C.
#1: ジャーナル: Ph D Thesis / 年: 2010
タイトル: Structural and Functional Characterisation of the Hepititis C Virus Proteins P7, Ns2-3 and Ns5A
著者: Foster, T.L.
履歴
登録2012年11月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月18日Group: Database references
改定 1.22014年2月12日Group: Database references
改定 2.02019年9月25日Group: Atomic model / Data collection / Other
カテゴリ: atom_site / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_software.name
改定 2.12023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 2.22024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: P7 PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,0651
ポリマ－9,0651
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 30ENERGY
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 P7 PROTEIN


分子量: 9065.472 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 747-809 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: FLAG TAG AT RESIDUES UPTO AND INCLUDING RESIDUE 18 / 由来: (組換発現) HEPATITIS C VIRUS (ウイルス) / 株: 1B / Variant: J4 ISOLATE / プラスミド: PGEX-FLAGP7(J4) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9WLK8

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
11113C HSQC HCCARO
12115N HSQC
131HNCA
141HN(CO)CA
151H(CCO)NH
161HCCACONH
171(HB)CB(CGCD)HD
181(H)CCH TOCSY
191(H)CCH COSY
1101HN(CA)CB
1111CBCA(CO)NH
1121HCCHTOCSY
1131HNHA
114115N HSQC NOESY
11512D HH NOESY
11612D HH TOCSY
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TRIPLE-RESONANCE NMR SPECTROSCOPY ON 13C, 15N-LABELED FLAG-P7. STRUCTURES ARE FROM MEMBRANE CS ROSETTA REFINED WITH NOES IN ARIA 2

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試料調製

詳細内容: METHANOL
試料状態圧: 1.0 atm / 温度: 298.0 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian INOVAVarianINOVA7502
Varian INOVAVarianINOVA5003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
MEMBRANE CS ROSETTA, ARIA 2.2U3, CNS2.2U3,CNSSHEN,VERNON,BAKER,BAX,RIEPLING,HABECK, BARDIAUX,BERNARD,MALLIAVIN,NILGES,BRUNGER, ADAMS,CLORE,DELANO,GROS,GROSSE-KUNSTLEVE, JIANG,KUSZEWSKI,NILGES,PANNU,READ,RICE, SIMONSON,WARREN精密化
CcpNmr Analysis1.15構造決定
CcpNmr Analysis2.2構造決定
TALOS2007.068.09.0構造決定
CNS1.1構造決定
CS-ROSETTA1.01構造決定
Rosetta3構造決定
ARIA2.2U3構造決定
精密化手法: ARIA MEMBRANE CS ROSETTA / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINED FROM AN INITAL TEMPLATE STRUCTURE FROM CS MEMBRANE ROSETTA ALL NOES ASSIGNED AUTOMATICALLY
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: ENERGY / 計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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