PDB-3zcc: High resolution structure of the asymmetric R333G Hamp-Dhp mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3zcc

タイトル

High resolution structure of the asymmetric R333G Hamp-Dhp mutant

要素

HAMP, OSMOLARITY SENSOR PROTEIN ENVZ

キーワード

SIGNALING PROTEIN / SIGNAL TRANSDUCTION / MEMBRANE PROTEIN / SIGNALLING / CHIMERA

機能・相同性

機能・相同性情報

response to osmotic stress / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / phosphorelay signal transduction system / phosphoprotein phosphatase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / protein autophosphorylation / signal transduction / protein homodimerization activity / ATP binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS (古細菌)

ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.25 Å

データ登録者

Zeth, K. / Muench, C. / Ferris, H.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of Mutant of Hamp-Dhp Fusion
著者: Zeth, K. / Muench, C. / Ferris, H.

履歴

登録	2012年11月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2012年12月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年1月9日	Group: Atomic model / Other
改定 1.2	2017年3月15日	Group: Source and taxonomy
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3zcc.cif.gz	138.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3zcc.ent.gz	113.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3zcc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3zcc_validation.pdf.gz	439.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3zcc_full_validation.pdf.gz	443.7 KB	表示
XML形式データ	3zcc_validation.xml.gz	13.8 KB	表示
CIF形式データ	3zcc_validation.cif.gz	19.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zc/3zcc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zc/3zcc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3yrxS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3zrx-d 2axi-2 2ill-d 2j8o-2 2pf6-1 6tpv-1 2pet-d 6pok-d 3j6o-d 6tpu-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (12) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (8) #158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (4)

登録構造単位

A: HAMP, OSMOLARITY SENSOR PROTEIN ENVZ

B: HAMP, OSMOLARITY SENSOR PROTEIN ENVZ

25.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	36.060, 57.460, 52.340
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 107.84, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	HAMP, OSMOLARITY SENSOR PROTEIN ENVZ / HAMP-DHP FUSION PROTEIN 分子量: 12750.410 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 278-327,229-288 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS (古細菌), (組換発現) ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: O28769, UniProt: P0AEJ4, histidine kinase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 256 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

HAMP, OSMOLARITY SENSOR PROTEIN ENVZ / HAMP-DHP FUSION PROTEIN

分子量: 12750.410 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 278-327,229-288 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS (古細菌), (組換発現)

ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌)
発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: O28769, UniProt: P0AEJ4, histidine kinase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 256 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.23 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.25→37 Å / Num. obs: 52485 / % possible obs: 93.3 % / Observed criterion σ(I): 1.8 / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 14.6
反射シェル	解像度: 1.25→1.33 Å / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.65 / Mean I/σ(I) obs: 1.77 / % possible all: 77.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE: 1.8.1_1168)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3YRX

3yrx

解像度: 1.25→37.643 Å / SU ML: 0.14 / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 23.25 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2039	2624	5 %
R_work	0.1895	-	-
obs	0.1903	52464	93.35 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.25→37.643 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1722	0	0	256	1978

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	1756
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.312	2376
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.716	690
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.066	284
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	314

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.2503-1.273	0.3832	94	0.3425	1778	X-RAY DIFFRACTION	64
1.273-1.2975	0.2755	112	0.3125	2139	X-RAY DIFFRACTION	76
1.2975-1.324	0.2906	134	0.2907	2538	X-RAY DIFFRACTION	91
1.324-1.3528	0.2892	139	0.2711	2634	X-RAY DIFFRACTION	94
1.3528-1.3842	0.2816	140	0.2634	2673	X-RAY DIFFRACTION	95
1.3842-1.4189	0.2884	139	0.258	2633	X-RAY DIFFRACTION	95
1.4189-1.4572	0.2755	141	0.239	2677	X-RAY DIFFRACTION	95
1.4572-1.5001	0.2594	140	0.2096	2662	X-RAY DIFFRACTION	95
1.5001-1.5485	0.2032	141	0.2014	2687	X-RAY DIFFRACTION	96
1.5485-1.6039	0.2305	143	0.1951	2700	X-RAY DIFFRACTION	97
1.6039-1.6681	0.2026	142	0.1905	2703	X-RAY DIFFRACTION	96
1.6681-1.744	0.2315	144	0.1923	2742	X-RAY DIFFRACTION	97
1.744-1.836	0.2187	142	0.1818	2704	X-RAY DIFFRACTION	97
1.836-1.951	0.2127	145	0.1801	2744	X-RAY DIFFRACTION	98
1.951-2.1016	0.1858	145	0.173	2748	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1016-2.3131	0.1876	145	0.1501	2759	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3131-2.6477	0.16	146	0.1608	2772	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6477-3.3355	0.1567	147	0.1707	2797	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3355-37.6597	0.2076	145	0.1949	2750	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4869	0.3402	0.8055	2.3876	0.0034	3.2042	-0.0045	-0.0427	0.1295	0.1486	-0.0329	-0.2536	-0.2534	0.1355	0.0156	0.1363	-0.0257	-0.0081	0.0733	0.001	0.1041	14.554	7.1423	5.2868
2	6.6297	-1.5828	4.3929	0.703	-1.2593	3.0677	-0.0752	0.2028	0.3668	0.0846	-0.1089	-0.058	-0.0487	0.1303	0.1876	0.0934	-0.0102	0.017	0.077	-0.0098	0.1109	-1.1723	9.7044	-15.578
3	6.373	-0.9724	3.4372	0.9887	-0.8579	3.2609	-0.0524	-0.3259	0.1872	0.0724	0.0414	-0.1166	0.0033	-0.1459	0.0135	0.1004	0.0035	0.0012	0.0718	-0.0345	0.115	-23.0089	14.1521	-19.0735
4	1.686	-0.4145	0.256	3.1363	-0.0171	3.7848	0.0638	0.0096	-0.041	0.1346	-0.0336	-0.0652	0.1321	-0.0505	-0.0237	0.0629	-0.0074	0.013	0.0615	-0.0166	0.0656	10.4246	-5.619	1.4941
5	1.6603	-0.5474	1.0093	1.2801	-0.6703	1.7702	0.1173	0.1033	-0.1053	-0.2037	-0.0629	-0.116	0.2377	0.1064	-0.053	0.1305	-0.0018	0.0133	0.0681	-0.0192	0.1011	-20.9429	6.3949	-27.3826

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESID 278 THROUGH 310 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESID 311 THROUGH 357 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESID 358 THROUGH 387 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN B AND (RESID 278 THROUGH 334 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN B AND (RESID 335 THROUGH 387 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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