PDB-3zc4: The structure of Csa5 from Sulfolobus solfataricus.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3zc4

タイトル

The structure of Csa5 from Sulfolobus solfataricus.

要素

SSO1398

キーワード

IMMUNE SYSTEM / CAS

機能・相同性

機能・相同性情報

defense response to virus
類似検索 - 分子機能

生物種

SULFOLOBUS SOLFATARICUS (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.72 Å

データ登録者

Reeks, J. / Anderson, L. / White, M.F. / Naismith, J.H.

引用

ジャーナル: RNA Biol. / 年: 2013
タイトル: Structure of the Archaeal Cascade Subunit Csa5: Relating the Small Subunits of Crispr Effector Complexes.
著者: Reeks, J. / Graham, S. / Anderson, L. / Liu, H. / White, M.F. / Naismith, J.H.

履歴

登録	2012年11月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年2月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年7月24日	Group: Database references
改定 1.2	2013年7月31日	Group: Atomic model / Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3zc4.cif.gz	572.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3zc4.ent.gz	493.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3zc4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3zc4_validation.pdf.gz	508.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3zc4_full_validation.pdf.gz	522.8 KB	表示
XML形式データ	3zc4_validation.xml.gz	50.7 KB	表示
CIF形式データ	3zc4_validation.cif.gz	67.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zc/3zc4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zc/3zc4	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	6f4h-1 2aak-d 3tgd-d 5ixh-1 2qnl-d 6iuh-1 5g3a-d 5wk4-6 6wjp-d 3ron-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#181 - 2015年1月カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR) 類似性 (1)

登録構造単位

A: SSO1398

B: SSO1398

C: SSO1398

D: SSO1398

E: SSO1398

F: SSO1398

G: SSO1398

H: SSO1398

I: SSO1398

ヘテロ分子

170 kDa, 9 ポリマー
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1

A: SSO1398

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.8 kDa, 1 ポリマー
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2

B: SSO1398

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.8 kDa, 1 ポリマー
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3

C: SSO1398

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.9 kDa, 1 ポリマー
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4

D: SSO1398

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.9 kDa, 1 ポリマー
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5

E: SSO1398

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.9 kDa, 1 ポリマー
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6

F: SSO1398

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.9 kDa, 1 ポリマー
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7

G: SSO1398

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.9 kDa, 1 ポリマー
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8

H: SSO1398

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19 kDa, 1 ポリマー
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9

I: SSO1398

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	285.000, 53.720, 216.680
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 124.65, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	SSO1398 分子量: 18765.188 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SULFOLOBUS SOLFATARICUS (古細菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI B (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: Q97YC8
#2: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 160 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 69 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 4 詳細: 0.1 M SODIUM ACETATE PH 4.0, 0.23 M POTASSIUM CHLORIDE AND 39 % PEG500.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9787
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年2月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.72→59.42 Å / Num. obs: 73275 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 12.3
反射シェル	解像度: 2.72→2.8 Å / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 0.81 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.6.0117	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHENIX	AUTOSOLVE	位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.72→58.61 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.926 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.91 / SU B: 19.221 / SU ML: 0.184 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.399 / ESU R Free: 0.245 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED DURING REFINEMENT. THE COMMAND NCSR LOCAL WAS USED AS PART OF REFMAC V 5.6.0117.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2169	3691	5 %	RANDOM
R_work	0.20473	-	-	-
obs	0.20535	69581	99.92 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.782 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.28 Å²	0 Å²	-0.46 Å²
2-	-	0.27 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.51 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.72→58.61 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11311	0	63	160	11534

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.02	11647
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	8143
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.129	1.985	15796
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.094	3.002	19801
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.968	5	1388
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.22	23.191	492
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.876	15	2003
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.739	15	81
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.063	0.2	1814
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	12508
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	2409
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.725→2.795 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.303	246	-
R_work	0.304	4850	-
obs	-	-	99.98 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	24.0064	2.1938	5.9798	23.1205	3.3893	25.3024	-0.5743	1.04	1.7895	-1.8002	-0.1402	-0.1557	-1.5173	0.8945	0.7145	0.2766	-0.0497	-0.1171	0.4993	0.0419	0.246	4.5378	-36.2046	252.2097
2	2.2015	0.5402	0.4825	0.9919	0.1411	3.3286	-0.0365	-0.4431	-0.0067	0.1502	0.0262	0.2932	0.0131	-0.2416	0.0103	0.113	-0.0359	-0.0095	0.3389	0.0553	0.1838	0.6169	-49.0799	262.1221
3	16.4206	-1.1376	-6.4662	4.5825	-3.2776	5.6483	-0.4489	0.5899	-0.5918	-1.0554	0.0977	-0.1556	1.1501	-0.2492	0.3511	0.5071	0.1306	-0.1946	0.6442	-0.117	0.3441	16.9939	-60.3924	250.5247
4	3.5012	-1.824	0.9759	6.4231	1.3936	3.8692	0.2081	-0.0058	-0.0615	-0.3411	-0.05	-0.0187	-0.0355	0.2214	-0.1581	0.0719	-0.0452	0.0046	0.3376	0.0793	0.0438	6.0963	-48.8658	254.4735
5	29.7671	-7.9969	25.2705	2.7858	-9.2787	31.5097	-1.2085	1.0528	2.6952	-0.5375	-0.1209	-0.5612	2.1583	0.2449	1.3294	1.3643	-0.0953	-0.1457	0.7885	0.148	0.5709	-2.1871	-42.4184	230.521
6	3.5622	-0.2419	0.9845	1.5364	-0.341	3.7063	-0.0231	-0.448	0.019	0.1348	0.0321	0.1881	-0.028	-0.2866	-0.0089	0.1752	-0.0373	-0.0857	0.2996	0.0255	0.2393	-12.8165	-49.0609	243.1185
7	8.4766	-0.775	-0.2281	7.4	2.7473	7.1076	0.7025	1.198	-1.3545	-0.3744	-0.113	-0.2396	0.9118	0.0376	-0.5895	0.5757	0.0169	-0.3232	0.3791	0.0191	0.6112	-8.3928	-68.5733	234.1306
8	4.2688	1.904	1.6933	6.1122	0.3305	3.9858	0.1163	0.0695	-0.4242	-0.4484	0.0556	-0.2458	0.3687	0.1785	-0.172	0.2175	0.0392	-0.0839	0.2631	0.0492	0.1228	-8.9841	-53.7915	234.9569
9	18.1872	1.8714	-3.0248	3.5715	-1.9327	9.0114	0.0728	0.4209	-0.1717	-0.2503	-0.2406	-0.5943	0.2112	0.6276	0.1678	0.3192	0.0557	-0.1224	0.1005	0.0467	0.2209	-20.8878	-44.7357	215.7875
10	3.3519	-0.175	0.8908	4.3637	-1.2139	4.1541	0.1717	-0.1948	-0.1147	0.1964	-0.0874	0.2904	0.1729	-0.5558	-0.0843	0.2125	0.0387	-0.0793	0.3074	0.0479	0.1722	-28.2887	-47.4277	222.8636
11	6.9062	1.6248	1.129	11.0347	-2.0079	4.9798	0.2437	0.2499	-0.9318	-0.2037	0.01	0.1979	0.8605	-0.4067	-0.2537	0.3832	-0.0702	-0.1628	0.2861	0.0276	0.2186	-34.165	-54.4567	214.6174
12	7.7528	1.3087	1.2579	5.1315	-2.5452	5.204	-0.1131	0.1819	0.0069	0.0642	-0.0494	-0.4286	-0.0452	0.522	0.1625	0.2854	0.096	-0.0819	0.1698	-0.0069	0.1151	-16.2354	-42.7898	217.9831
13	8.0538	-0.2865	0.2413	3.8556	-1.4226	2.421	-0.0676	-0.1328	-0.156	-0.0104	-0.1107	-0.3947	0.155	0.4764	0.1783	0.2291	0.0349	-0.0494	0.1248	0.0604	0.1362	-27.6854	-29.7852	201.0916
14	9.1135	0.8965	7.1997	3.451	1.9705	6.1786	-0.1763	-0.8228	0.2051	0.473	-0.057	0.1755	0.082	-0.6022	0.2332	0.2426	0.0824	-0.0191	0.1672	0.024	0.0841	-39.7428	-35.7356	210.0032
15	8.2933	3.0661	4.2846	1.1663	1.572	2.2247	-0.0858	-0.0434	0.1356	-0.0202	0.0252	0.1532	-0.1193	-0.039	0.0606	0.4427	0.0966	0.0459	0.2029	0.0118	0.3339	-52.4402	-35.0831	199.4836
16	6.1876	-0.8943	-0.4714	3.3566	-0.983	3.6679	0.0158	0.0576	-0.3052	0.1124	-0.0485	0.0145	0.1376	-0.0266	0.0327	0.1924	0.0392	-0.0374	0.0115	-0.0109	0.0224	-36.3874	-33.588	199.2678
17	7.5384	4.2657	-10.9019	9.5359	1.1763	24.451	-0.3531	0.6615	-0.5551	-0.9839	0.0664	-0.3278	-0.0145	-1.0102	0.2867	0.2483	0.118	-0.0132	0.1636	-0.1022	0.3851	-32.181	-25.4784	175.0544
18	1.536	1.2097	0.4352	3.1974	-1.21	5.7816	-0.0922	-0.3041	-0.0182	0.3841	-0.0999	-0.4401	-0.0925	0.3044	0.1921	0.1584	0.0572	-0.0462	0.1308	-0.0327	0.1798	-29.3046	-15.2819	188.4863
19	10.1056	-1.5956	2.1197	0.8862	0.6544	2.0112	-0.3783	0.0823	0.183	-0.2336	0.0664	0.1965	-0.5778	0.1104	0.3119	0.2813	0.0139	0.0222	0.0951	0.1247	0.3236	-51.8722	-7.7971	183.3248
20	4.5318	-2.2973	-0.7137	5.8568	-0.7025	3.8484	0.091	0.0946	-0.1733	-0.0031	0.0173	0.1426	0.026	-0.1529	-0.1083	0.0401	-0.0155	-0.0022	0.0143	0.0004	0.0118	-37.8726	-15.5536	181.8951
21	17.8438	12.3368	-5.643	21.5198	5.3672	37.3486	-0.2612	1.2397	-0.191	-1.5492	-0.2609	0.2705	0.6422	-2.4844	0.522	0.3211	0.0115	0.0853	0.2883	0.0113	0.3524	-33.6908	-11.7502	156.6268
22	3.8109	0.6686	-1.4082	1.0364	-0.362	4.2293	0.0318	-0.0892	-0.225	0.1027	-0.0987	-0.3472	0.151	0.469	0.067	0.1038	-0.0045	0.0518	0.0613	0.0113	0.2251	-22.1724	-6.1298	168.4039
23	21.6546	-5.3736	5.5662	3.8006	0.9114	4.1229	-0.2934	1.1314	1.1925	0.408	-0.2614	0.355	-0.2904	0.3168	0.5548	0.5613	-0.004	0.3672	0.0796	0.0187	0.5465	-36.1976	13.2068	167.8276
24	2.0083	0.2764	-0.815	8.5007	0.5168	3.8162	0.1137	0.0072	0.1376	-0.3618	-0.0342	0.2435	-0.2539	-0.0823	-0.0795	0.0373	-0.0022	0.0141	0.0244	-0.0058	0.101	-30.0789	-0.1462	163.4498
25	24.6146	6.6678	7.2716	8.1049	13.908	51.9695	-0.7121	0.8988	-0.1022	-0.4858	-0.138	0.7302	-0.508	-1.6485	0.8501	0.3013	0.0141	0.1582	0.2797	0.0315	0.3146	-28.65	-0.6693	137.9397
26	2.0196	-1.098	-0.2489	2.1371	0.3858	3.9622	-0.0949	-0.0874	-0.0151	-0.0038	0.0621	-0.0703	0.1019	0.3936	0.0328	0.1683	-0.0412	0.11	0.1522	-0.0022	0.2405	-14.4335	-0.6182	147.6456
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28	5.0647	2.7752	-0.7055	5.4305	0.4762	4.5052	-0.0514	0.2012	0.501	-0.2843	0.0767	0.2752	-0.519	0.0891	-0.0254	0.2184	0.0239	0.0576	0.1161	0.0239	0.1515	-18.2283	6.0399	142.128
29	16.5197	-6.3669	16.9287	7.1751	7.7538	60.5798	-0.9609	1.7676	0.0831	0.3052	-1.0641	0.639	-1.3196	0.4662	2.0249	0.5114	0.0026	0.1785	0.6855	0.0896	0.4177	-21.1885	2.8678	116.0907
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32	6.9755	0.2895	-1.4504	1.761	0.5143	4.5325	0.0433	0.2563	0.5895	0.0318	0.1452	0.1082	-0.4756	0.2831	-0.1885	0.2918	-0.0272	0.0639	0.2687	0.06	0.1335	-7.9994	1.9516	119.4765
33	15.5774	-0.6642	29.9494	14.8885	4.3257	59.7261	0.2353	0.4615	0.4814	-1.1066	-1.4052	0.8243	-0.0939	0.3321	1.1699	0.4884	-0.0572	0.1536	0.6881	-0.0033	0.3991	-15.4821	-0.7824	94.1985
34	0.6854	0.892	-0.5021	2.1265	-0.0058	3.1614	0.0195	-0.2697	-0.0337	0.3364	-0.0604	0.1478	0.1447	-0.0797	0.0408	0.2028	0.012	0.0423	0.4064	0.0262	0.1836	-9.663	-14.1031	104.0198
35	9.7435	2.5311	-1.3828	8.3961	-2.7924	2.5679	-0.0845	0.7666	-0.0052	-1.0441	0.6395	-0.5444	0.6401	0.5749	-0.555	0.3009	0.007	-0.0797	0.7471	-0.2724	0.4312	9.7919	-11.7097	93.3913
36	5.8762	-1.391	-0.1241	2.4394	0.9709	3.4778	0.1462	0.268	0.3173	-0.0058	-0.0194	-0.0411	-0.1296	0.2085	-0.1267	0.1598	-0.0716	0.0129	0.3144	0.0716	0.0852	-5.601	-9.6212	97.0411

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	6 - 18
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	19 - 70
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	71 - 91
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	92 - 162
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	6 - 16
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	17 - 67
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	68 - 91
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	92 - 162
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	6 - 29
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	30 - 94
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	95 - 125
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	126 - 162
13	X-RAY DIFFRACTION	13	D	6 - 50
14	X-RAY DIFFRACTION	14	D	51 - 71
15	X-RAY DIFFRACTION	15	D	72 - 92
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	93 - 162
17	X-RAY DIFFRACTION	17	E	5 - 18
18	X-RAY DIFFRACTION	18	E	19 - 66
19	X-RAY DIFFRACTION	19	E	67 - 92
20	X-RAY DIFFRACTION	20	E	93 - 162
21	X-RAY DIFFRACTION	21	F	6 - 16
22	X-RAY DIFFRACTION	22	F	17 - 63
23	X-RAY DIFFRACTION	23	F	64 - 91
24	X-RAY DIFFRACTION	24	F	92 - 162
25	X-RAY DIFFRACTION	25	G	6 - 17
26	X-RAY DIFFRACTION	26	G	18 - 70
27	X-RAY DIFFRACTION	27	G	71 - 92
28	X-RAY DIFFRACTION	28	G	93 - 162
29	X-RAY DIFFRACTION	29	H	6 - 16
30	X-RAY DIFFRACTION	30	H	17 - 55
31	X-RAY DIFFRACTION	31	H	56 - 92
32	X-RAY DIFFRACTION	32	H	93 - 162
33	X-RAY DIFFRACTION	33	I	6 - 16
34	X-RAY DIFFRACTION	34	I	17 - 70
35	X-RAY DIFFRACTION	35	I	71 - 92
36	X-RAY DIFFRACTION	36	I	93 - 162

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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