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- PDB-3zc0: Structure of AfC3PO - duplex RNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zc0
タイトルStructure of AfC3PO - duplex RNA complex
要素
  • 5'-R(*UP*UP*CP*GP*AP*CP*GP*CP*GP*UP*CP*GP*AP*AP*UP*U)-3'
  • AFTRAX
キーワードHYDROLASE/RNA / HYDROLASE-RNA COMPLEX / TRANSLIN / TRAX / RNA INTERFERENCE / RNAI / RNA SILENCING / SIRNA / PASSENGER STRAND / RISC
機能・相同性
機能・相同性情報


sequence-specific DNA binding / RNA binding / identical protein binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #2140 / Translin family / Translin superfamily / Translin family / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Translin
類似検索 - 構成要素
生物種ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS (古細菌)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.982 Å
データ登録者Parizotto, E.A. / Lowe, E.D. / Parker, J.S.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: Structural Basis for Duplex RNA Recognition and Cleavage by Archaeoglobus Fulgidus C3Po.
著者: Parizotto, E.A. / Lowe, E.D. / Parker, J.S.
履歴
登録2012年11月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月30日Group: Database references
改定 1.22013年2月27日Group: Database references
改定 1.32013年3月20日Group: Database references
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: AFTRAX
B: AFTRAX
C: AFTRAX
D: AFTRAX
E: AFTRAX
F: AFTRAX
G: AFTRAX
H: AFTRAX
I: AFTRAX
J: AFTRAX
K: AFTRAX
L: AFTRAX
M: 5'-R(*UP*UP*CP*GP*AP*CP*GP*CP*GP*UP*CP*GP*AP*AP*UP*U)-3'
N: 5'-R(*UP*UP*CP*GP*AP*CP*GP*CP*GP*UP*CP*GP*AP*AP*UP*U)-3'
O: 5'-R(*UP*UP*CP*GP*AP*CP*GP*CP*GP*UP*CP*GP*AP*AP*UP*U)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)289,25131
ポリマ－288,81815
非ポリマー43316
水1,54986
1
E: AFTRAX
F: AFTRAX
G: AFTRAX
H: AFTRAX
N: 5'-R(*UP*UP*CP*GP*AP*CP*GP*CP*GP*UP*CP*GP*AP*AP*UP*U)-3'
ヘテロ分子

I: AFTRAX
J: AFTRAX
K: AFTRAX
L: AFTRAX
O: 5'-R(*UP*UP*CP*GP*AP*CP*GP*CP*GP*UP*CP*GP*AP*AP*UP*U)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)192,84621
ポリマ－192,54510
非ポリマー30111
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_664-x+1,-x+y+1,-z-2/31
Buried area29830 Å2
ΔGint-268 kcal/mol
Surface area64110 Å2
手法PISA
2
A: AFTRAX
B: AFTRAX
C: AFTRAX
D: AFTRAX
M: 5'-R(*UP*UP*CP*GP*AP*CP*GP*CP*GP*UP*CP*GP*AP*AP*UP*U)-3'
ヘテロ分子

A: AFTRAX
B: AFTRAX
C: AFTRAX
D: AFTRAX
M: 5'-R(*UP*UP*CP*GP*AP*CP*GP*CP*GP*UP*CP*GP*AP*AP*UP*U)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)192,81120
ポリマ－192,54510
非ポリマー26510
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area29490 Å2
ΔGint-260.7 kcal/mol
Surface area64880 Å2
手法PISA
3
I: AFTRAX
J: AFTRAX
K: AFTRAX
L: AFTRAX
O: 5'-R(*UP*UP*CP*GP*AP*CP*GP*CP*GP*UP*CP*GP*AP*AP*UP*U)-3'
ヘテロ分子

E: AFTRAX
F: AFTRAX
G: AFTRAX
H: AFTRAX
N: 5'-R(*UP*UP*CP*GP*AP*CP*GP*CP*GP*UP*CP*GP*AP*AP*UP*U)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)192,84621
ポリマ－192,54510
非ポリマー30111
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_654-x+1,-x+y,-z-2/31
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)183.060, 183.060, 198.120
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11M-7-

G

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
12
22
32
13
23
33
14
24
34
15
25
16
26

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111CHAIN B AND NOT (RESID 76)
211CHAIN F AND NOT (RESID 33 OR RESID 137 OR RESID 164)
311CHAIN J AND NOT (RESID 51 OR RESID 52 OR RESID 58 OR RESID 148 OR RESID 158)
112CHAIN C AND NOT (RESID 137 OR RESID 147 OR RESID 166 OR RESID 188)
212CHAIN G AND NOT (RESID 18 OR RESID 26 OR RESID 65)
312CHAIN K AND NOT (RESID 22 OR RESID 25 OR RESID 72 OR RESID 80)
113CHAIN D AND NOT (RESID 28 OR RESID 68 OR RESID 94)
213CHAIN H AND NOT (RESID 80 OR RESID 140)
313CHAIN L AND NOT (RESID 8 OR RESID 22 OR RESID 100 OR RESID 137 OR RESID 148)
114CHAIN A AND NOT (RESID 64 OR RESID 74 OR RESID 80 OR RESID 151 OR RESSEQ 157:160)
214CHAIN E AND NOT (RESID 22 OR RESID 28 OR RESID 52 OR RESID 110 OR RESID 147 OR RESID 164)
314CHAIN I AND NOT (RESID 44 OR RESID 76 OR...
115CHAIN E AND RESSEQ 158:160
215CHAIN I AND RESSEQ 158:160
116CHAIN M
216CHAIN N

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.49877, 0.866734, -0.000538), (0.866733, 0.49877, 0.001559), (0.001619, 0.000311, -0.999999)-53.6192, -30.699, -66.1373
2given(-0.501134, -0.865369, -0.001105), (-0.865367, 0.50113, 0.002931), (-0.001983, 0.002425, -0.999995)91.466, 96.961, -66.0303
3given(-0.501584, 0.865109, -0.000428), (0.865107, 0.501584, 0.001872), (0.001834, 0.000569, -0.999998)-53.2687, -30.849, -66.0885
4given(-0.499811, -0.866134, -0.000174), (-0.866134, 0.499811, 0.001252), (-0.000997, 0.000776, -0.999999)91.4726, 96.9959, -65.9615
5given(-0.499873, 0.866097, -0.001895), (0.866098, 0.499875, 0.000608), (0.001474, -0.001337, -0.999998)-53.4904, -30.8277, -65.938
6given(-0.501368, -0.865231, -0.002249), (-0.865233, 0.50137, -0.000515), (0.001573, 0.001687, -0.999997)91.4271, 96.7753, -66.2683
7given(-0.501291, 0.865278, -0.001383), (0.865277, 0.501292, 0.001353), (0.001864, -0.000519, -0.999998)-53.3649, -30.9244, -66.0284
8given(-0.501001, -0.865447, -0.000121), (-0.865443, 0.500999, 0.00281), (-0.002371, 0.001512, -0.999996)91.4922, 96.9504, -65.9664
9given(-0.492322, 0.870272, 0.015679), (-0.869876, -0.491306, -0.043984), (-0.030575, -0.035293, 0.998909)38.4147, 187.195, 2.73425
10given(-0.502209, 0.864728, 0.00552), (0.864727, 0.502231, -0.003508), (-0.005806, 0.003012, -0.999979)-52.8078, -31.3942, -66.1703

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要素

#1: タンパク質
AFTRAX / AF2260


分子量: 22799.396 Da / 分子数: 12 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS (古細菌) / 株: VC-16
解説: DSMZ, GERMAN COLLECTION OF MICROORGANISMS AND CELL CULTURES
プラスミド: MODIFIED PET-17B (PTWO-E) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O28024
#2: RNA鎖 5'-R(*UP*UP*CP*GP*AP*CP*GP*CP*GP*UP*CP*GP*AP*AP*UP*U)-3'


分子量: 5075.040 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細CRYSTALLISED AFTRAX MOLECULE CONTAINS D114A CATALYTIC MUTATION AND REMAINDER OF N-TERMINAL TAG (GLY- ...CRYSTALLISED AFTRAX MOLECULE CONTAINS D114A CATALYTIC MUTATION AND REMAINDER OF N-TERMINAL TAG (GLY-PRO-HIS) SYNTHETIC CONSTRUCT

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 63 % / 解説: DATA COLLECTION PHI WIDTH EQUALS 0.15 DEGREES
結晶化pH: 8
詳細: 2.7 M 1,6-HEXANEDIOL, 200 MM AMMONIUM CHLORIDE, 10 MM MGCL2, 50 MM HEPES PH 8.0, 5 MM DTT.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年7月3日
詳細: KIRKPATRICK BAEZ BIMORPH MIRROR PAIR FOR HORIZONTAL AND VERTICAL FOCUSSING
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.98→123.78 Å / Num. obs: 78522 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.1 % / Biso Wilson estimate: 66.77 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 2.98→3.06 Å / 冗長度: 10.6 % / Rmerge(I) obs: 0.83 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
xia2データ削減
XDSデータ削減
xia2データスケーリング
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3ZC1

3zc1


解像度: 2.982→83.091 Å / SU ML: 0.38 / σ(F): 1.22 / 位相誤差: 32.52 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: USED PHENIX.REFINE VERSION 1.8. PROTEIN CHAINS COMPLETE EXCEPT 79 OUT OF 2352 SIDE CHAINS MODELLED AS ALANINE STUBS AND 5 TO 9 RESIDUES AT EACH C TERMINUS, MISSING DUE TO INSUFFICIENT ...詳細: USED PHENIX.REFINE VERSION 1.8. PROTEIN CHAINS COMPLETE EXCEPT 79 OUT OF 2352 SIDE CHAINS MODELLED AS ALANINE STUBS AND 5 TO 9 RESIDUES AT EACH C TERMINUS, MISSING DUE TO INSUFFICIENT ELECTRON DENSITY. RNA CHAINS M, N AND O ARE EACH MODELLED AS TWO COMPLETE OVERLAPPING CONFORMERS, A AND B, OF FIXED OCCUPANCY 0.5. CONFORMERS MA, NA AND OB COMPRISE NUCLEOTIDES 1 TO 14 AND CONFORMERS MB, NB AND OA COMPRISE NUCLEOTIDES 2 TO 15. BECAUSE RNA DUPLEXES ARE FORMED BETWEEN SPECIFIC PAIRS OF CONFORMERS, APPROPRIATE MEASURES SUCH AS EXEMPTION FROM SYMMETRY RELATED INTERACTIONS WERE TAKEN TO PREVENT INCORRECT BASE PAIR CLASHES DURING REFINEMENT. MAGNESIUM COORDINATION INTERACTIONS WERE BUILT USING PHENIX.METAL_ COORDINATION.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2572 7620 5 %
Rwork0.2078 --
obs0.2103 78400 99.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 56.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.982→83.091 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18036 903 16 86 19041
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.02120373
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.24227631
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.8987953
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0843191
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0053242
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11B1485X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12F1485X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.038
13J1439X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.038
21C1430X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22G1430X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.035
23K1416X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.034
31D1441X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
32H1441X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.034
33L1401X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.032
41A1384X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
42E1384X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.036
43I1379X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.036
51E20X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
52I20X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.024
61M560X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
62N560X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.016
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9816-3.01550.36872480.32514838X-RAY DIFFRACTION100
3.0155-3.0510.38272670.31394798X-RAY DIFFRACTION100
3.051-3.08820.32012570.28744780X-RAY DIFFRACTION100
3.0882-3.12730.32552600.2814773X-RAY DIFFRACTION100
3.1273-3.16850.34282730.28674811X-RAY DIFFRACTION100
3.1685-3.21190.32853100.2734744X-RAY DIFFRACTION100
3.2119-3.25780.31192320.27654766X-RAY DIFFRACTION100
3.2578-3.30640.33092040.25664857X-RAY DIFFRACTION100
3.3064-3.3580.32662640.26674709X-RAY DIFFRACTION100
3.358-3.41310.3442430.26934859X-RAY DIFFRACTION100
3.4131-3.4720.32472220.25794772X-RAY DIFFRACTION100
3.472-3.53510.30932580.24544828X-RAY DIFFRACTION100
3.5351-3.60310.2662350.23094791X-RAY DIFFRACTION100
3.6031-3.67660.29422030.22274785X-RAY DIFFRACTION100
3.6766-3.75660.28272410.21624820X-RAY DIFFRACTION100
3.7566-3.8440.2393000.19794721X-RAY DIFFRACTION100
3.844-3.94010.25532620.19024809X-RAY DIFFRACTION100
3.9401-4.04660.26172750.20624782X-RAY DIFFRACTION100
4.0466-4.16570.23162990.19074750X-RAY DIFFRACTION100
4.1657-4.30010.21362400.17344788X-RAY DIFFRACTION100
4.3001-4.45380.2092690.16634804X-RAY DIFFRACTION100
4.4538-4.63210.23032590.17774767X-RAY DIFFRACTION100
4.6321-4.84290.20932250.16954833X-RAY DIFFRACTION100
4.8429-5.09820.20132510.16474780X-RAY DIFFRACTION100
5.0982-5.41760.24992470.184773X-RAY DIFFRACTION100
5.4176-5.83580.25072200.19534840X-RAY DIFFRACTION100
5.8358-6.42290.27662760.19644773X-RAY DIFFRACTION100
6.4229-7.35180.22622510.1814780X-RAY DIFFRACTION100
7.3518-9.26050.18282830.15954745X-RAY DIFFRACTION100
9.2605-83.12340.2472460.2194736X-RAY DIFFRACTION98

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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