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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3zbh | ||||||
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タイトル | Geobacillus thermodenitrificans EsxA crystal form I | ||||||
![]() | ESXA | ||||||
![]() | UNKNOWN FUNCTION / TYPE 7 SECRETION / ESAT6 FAMILY PROTEINS / WXG PROTEIN ESS | ||||||
機能・相同性 | ![]() ESAT-6-like superfamily / Type VII secretion system ESAT-6-like / Proteins of 100 residues with WXG / ESAT-6-like / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ng, W.M. / Zoltner, M. / Palmer, T. / Hunter, W.N. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of the Homodimeric Esat-6-Family Proteins Esxa and Esxb from Geobacillus Thermodenitrificans 著者: Zoltner, M. / Ng, W.M. / Palmer, T. / Hunter, W.N. | ||||||
履歴 |
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Remark 650 | HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 161.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 131.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 507.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 515.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 29 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 42.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11039.270 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SYNTHETIC GENE (CODON ADAPTED) 由来: (合成) ![]() 参照: UniProt: A4IKE4 #2: 化合物 | ChemComp-ACT / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.5 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 4.5 / 詳細: RESERVOIR 0.1 M NH4AC PH4.5, 1 M (NH4)2PO4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS TWO-DIMENSIONAL HYBRID PIXEL ARRAY / 日付: 2012年2月19日 / 詳細: KIRKPATRICK BAEZ BIMORPH MIRROR PAIR |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.044 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.94→35 Å / Num. obs: 56211 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 17.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.94→2.04 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.2 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 96.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: GTHESXA CRYSTAL FORM II 解像度: 1.94→34.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 4.136 / SU ML: 0.122 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.198 / ESU R Free: 0.178 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 38.817 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.94→34.28 Å
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拘束条件 |
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