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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3zbg | ||||||
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タイトル | Crystal structure of wild-type SCP2 thiolase from Leishmania mexicana at 1.85 A | ||||||
![]() | 3-KETOACYL-COA THIOLASE-LIKE PROTEIN | ||||||
![]() | TRANSFERASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() propanoyl-CoA C-acyltransferase / acetyl-CoA C-acyltransferase activity / lipid transport / peroxisome / lipid binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Harijan, R.K. / Kiema, T.-R. / Weiss, M.S. / Michels, P.A.M. / Wierenga, R.K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structures of Scp2-Thiolases of Trypanosomatidae, Human Pathogens Causing Widespread Tropical Diseases: The Importance for Catalysis of the Cysteine of the Unique Hdcf Loop. 著者: Harijan, R.K. / Kiema, T.-R. / Karjalainen, M.P. / Janardan, N. / Murthy, M.R.N. / Weiss, M.S. / Michels, P.A.M. / Wierenga, R.K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 189.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 150.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 482.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 493.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 39.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 57.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.4947, 0.2912, -0.8189), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 49305.988 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: THE NUCLEOPHILIC CYSTEINE (CYS123) IS PARTIALLY OXIDIZED TO CYSTEINE SULFONATE. 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: MHOM/BZ/84/BEL46 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-DMS / #3: 化合物 | ChemComp-MPD / ( #4: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | SEQUENCE CONFLICTS EXIST AS DATABASE REFERENCE BELONGS TO A DIFFERENT STRAIN. | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.6 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 6.5 詳細: 100 MM MES PH6.5, 10% MME PEG5000, 10% DMSO, 10% MPD |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月19日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI-111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.976 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→31.74 Å / Num. obs: 95952 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.7 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 11.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.95 Å / 冗長度: 10.2 % / Rmerge(I) obs: 0.93 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1AFW 解像度: 1.85→105.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 2.541 / SU ML: 0.074 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.104 / ESU R Free: 0.104 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY. THE FIRST 10 RESIDUES ARE DISORDERED AND COULD NOT BE BUILT.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.865 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→105.87 Å
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拘束条件 |
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