PDB-3zbe: E. coli O157 ParE2-associated antitoxin 2 (PaaA2)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3zbe

タイトル

E. coli O157 ParE2-associated antitoxin 2 (PaaA2)

要素

PAAA2

キーワード

TOXIN-ANTITOXIN / PARTIALLY DISORDERED PROTEIN / SAXS/NMR

機能・相同性

DNA Excision Repair, Uvrb; Chain A - #20 / : / Stability determinant / DNA Excision Repair, Uvrb; Chain A / Other non-globular / Special / molecular adaptor activity / : / Stability determinant domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

ESCHERICHIA COLI O157\:H7 (大腸菌)

手法

溶液NMR / STRUCTURE CALCULATION

データ登録者

Sterckx, Y.G.J. / Van Nuland, N.A.J. / Vranken, W.F. / Loris, R.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2014
タイトル: Small-Angle X-Ray Scattering- and Nuclear Magnetic Resonance-Derived Conformational Ensemble of the Highly Flexible Antitoxin Paaa2.
著者: Sterckx, Y.G. / Volkov, A.N. / Vranken, W.F. / Kragelj, J. / Jensen, M.R. / Buts, L. / Garcia-Pino, A. / Jove, T. / Van Melderen, L. / Blackledge, M. / Van Nuland, N.A. / Loris, R.

履歴

登録	2012年11月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年1月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年5月7日	Group: Database references
改定 1.2	2014年6月25日	Group: Database references
改定 2.0	2024年1月31日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Other カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_software.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3zbe.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3zbe.ent.gz	956.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3zbe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zb/3zbe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zb/3zbe	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	9wga-2 7wga-2 2oz9-d 5ckt-1 1ix2-d 1j88-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 18841

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PAAA2

8.47 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	50 / 5000	SAXS DATA
代表モデル

#1: タンパク質	PAAA2 分子量: 8473.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: THE FIRST 8 RESIDUES ARE A FLAG-TAG 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI O157\:H7 (大腸菌) プラスミド: PET21B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7ADP2, UniProt: Q8XAD5*PLUS

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	13CNOESY
1	2	1	15NNOESY
1	3	1	15NHSQC
1	4	1	15NHSQC2
1	5	1	2DNOESY
1	6	1	HCCHTOCSY
1	7	1	PAAA2HNCO
1	8	1	ALIC13HSQC
1	9	1	AROC13HSQC
1	10	1	CBCA(CO)NH
1	11	1	C(CO)NH
1	12	1	(HB)CB(CGCDCE)HE
1	13	1	(HB)CB(CGCD)HD
1	14	1	HBHA(CO)NH
1	15	1	HN(CA)CB

NMR実験の詳細

Text: NONE

-
試料調製

詳細	内容: 93% H2O/7% D2O
試料状態	イオン強度: 0.5 / pH: 6.6 / 圧: 1.0 atm / 温度: 298.0 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian VNS / 製造業者: Varian / モデル: VNS / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CNS		BRUNGER,ADAMS,CLORE,DELANO,GROS,GROSSE- KUNSTLEVE,JIANG,KUSZEWSKI,NILGES,PANNU, READ,RICE,SIMONSON,WARREN	精密化
ATSAS	2.4.3		構造決定
TALOS	1		構造決定
CNS	1.2		構造決定
CcpNmr Analysis	1		構造決定
CcpNmr Analysis	2.2		構造決定
DANGLE	1.1		構造決定
NMRPipe	2.1		構造決定

精密化

手法: STRUCTURE CALCULATION / ソフトェア番号: 1 / 詳細: RECOORD WATER REFINEMENT PROTOCOL

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: SAXS DATA / 計算したコンフォーマーの数: 5000 / 登録したコンフォーマーの数: 50

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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