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万見
- PDB-3x43: Crystal structure of O-ureido-L-serine synthase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3x43
タイトルCrystal structure of O-ureido-L-serine synthase
要素O-ureido-L-serine synthase
キーワードTRANSFERASE / D-cycloserine / type II PLP enzyme / synthase
機能・相同性
機能・相同性情報


O-ureido-L-serine synthase / cysteine synthase / cysteine synthase activity / cysteine biosynthetic process from serine / antibiotic biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Cysteine synthase CysK / Cysteine synthase / Cysteine synthase/cystathionine beta-synthase, pyridoxal-phosphate attachment site / Cysteine synthase/cystathionine beta-synthase P-phosphate attachment site. / Rossmann fold - #1100 / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / O-ureido-L-serine synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces lavendulae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Matoba, Y. / Uda, N. / Oda, K. / Sugiyama, M.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2015
タイトル: The structural and mutational analyses of O-ureido-L-serine synthase necessary for D-cycloserine biosynthesis.
著者: Uda, N. / Matoba, Y. / Oda, K. / Kumagai, T. / Sugiyama, M.
履歴
登録2015年3月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月12日Group: Database references
改定 1.22022年8月24日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / database_2 ...citation / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: O-ureido-L-serine synthase
B: O-ureido-L-serine synthase
C: O-ureido-L-serine synthase
D: O-ureido-L-serine synthase
E: O-ureido-L-serine synthase
F: O-ureido-L-serine synthase
G: O-ureido-L-serine synthase
H: O-ureido-L-serine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)287,58016
ポリマ－285,6038
非ポリマー1,9778
水14,574809
1
A: O-ureido-L-serine synthase
B: O-ureido-L-serine synthase
C: O-ureido-L-serine synthase
D: O-ureido-L-serine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,7908
ポリマ－142,8024
非ポリマー9894
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16380 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area42220 Å2
手法PISA
2
E: O-ureido-L-serine synthase
F: O-ureido-L-serine synthase
G: O-ureido-L-serine synthase
H: O-ureido-L-serine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,7908
ポリマ－142,8024
非ポリマー9894
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16330 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area42300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.480, 154.130, 118.520
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.48, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
O-ureido-L-serine synthase / Cysteine synthase homolog DscD / O-acetylserine sulfhydrylase


分子量: 35700.402 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces lavendulae (バクテリア)
株: ATCC11924 / 遺伝子: dcsD / プラスミド: pET21a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: D2Z027, O-ureido-L-serine synthase, cysteine synthase
#2: 化合物
ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 809 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.93 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Tris-HCl, polyethylene glycol 8,000, KH2PO4, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月7日
放射モノクロメーター: Rotated-inclined double-crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→100 Å / Num. all: 122927 / Num. obs: 122927 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 25.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 2.25→2.37 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.475 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 17914 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BSSデータ収集
MOLREP位相決定
CNS1.2精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2Q3D

2q3d


解像度: 2.25→29.83 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 3018007.28 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.264 6178 5 %RANDOM
Rwork0.209 ---
obs0.209 122865 99.7 %-
all-122865 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 46.3809 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 51.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.12 Å20 Å219.34 Å2
2---0.32 Å20 Å2
3----5.8 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.37 Å0.29 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.43 Å0.4 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→29.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19095 0 120 809 20024
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.63
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.881.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.952
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.542
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.512.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: NONE
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.39 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.343 1048 5.1 %
Rwork0.331 19331 -
obs--100 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep-3.paramtophcsdx-3.pro
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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