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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3x3s | ||||||
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タイトル | Recombinant thaumatin in the presence of 1.5M PST at 293K | ||||||
![]() | thaumatin I | ||||||
![]() | PLANT PROTEIN / thaumatin / sweet-tasting protein / sweet receptor / mainly beta / taste protein / sweet taste receptor / aril | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Masuda, T. / Okubo, K. / Mikami, B. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of the recombinant thaumatin in the presence of PST at room temperature 著者: Masuda, T. / Okubo, K. / Mikami, B. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 100.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 83.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 431.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 432.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 16.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22228.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-TLA / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.88 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.05M ADA, 1.5 M K-Na TARTRATE, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.46→50 Å / Num. obs: 46801 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.5 % / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 73.99 |
反射 シェル | 解像度: 1.46→1.49 Å / 冗長度: 13.2 % / Rmerge(I) obs: 0.491 / Mean I/σ(I) obs: 7.26 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 76.21 Å2 / Biso mean: 20.8992 Å2 / Biso min: 9 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.46→28.724 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15 / % reflection obs: 100 %
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