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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3x2r | ||||||
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タイトル | Structure of the nonameric bacterial amyloid secretion channel CsgG | ||||||
要素 | CsgG | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / beta-barrel / outer membrane protein / curli secretion / biofim | ||||||
機能・相同性 | Curli production assembly/transport component CsgG / Curli production assembly/transport component CsgG / outer membrane-bounded periplasmic space / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / plasma membrane / Curli production assembly/transport component CsgG / CsgG 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Escherichia coli Xuzhou21 (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
データ登録者 | Huang, Y. / Cao, B. / Zhao, Y. / Kou, Y. / Ni, D. / Zhang, X.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014 タイトル: Structure of the nonameric bacterial amyloid secretion channel 著者: Cao, B. / Zhao, Y. / Kou, Y. / Ni, D. / Zhang, X.C. / Huang, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3x2r.cif.gz | 661.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3x2r.ent.gz | 548.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3x2r.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3x2r_validation.pdf.gz | 510.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3x2r_full_validation.pdf.gz | 563.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3x2r_validation.xml.gz | 61.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3x2r_validation.cif.gz | 81.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x2/3x2r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x2/3x2r | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30584.035 Da / 分子数: 9 / 断片: Chymotrypsin digest fragment / 変異: none / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia coli Xuzhou21 (大腸菌) 株: CFT073 / 遺伝子: CDCO157_1350, csgG / プラスミド: pQLinkN / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: I1ZTN7, UniProt: A0A0F6C2F5*PLUS |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.93 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 50mM Tris-HCl(pH8.5), 300mM MgCl2, 14% PEG2000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9792 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月13日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→50 Å / Num. all: 61340 / Num. obs: 61340 / % possible obs: 88.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→3 Å / % possible all: 86.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.9→48.071 Å / SU ML: 0.42 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.98 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→48.071 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 22
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 206.9173 Å / Origin y: 36.5217 Å / Origin z: 5.7516 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |