PDB-3x2r: Structure of the nonameric bacterial amyloid secretion channel CsgG

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3x2r

タイトル

Structure of the nonameric bacterial amyloid secretion channel CsgG

要素

CsgG

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / beta-barrel / outer membrane protein / curli secretion / biofim

機能・相同性

Curli production assembly/transport component CsgG / Curli production assembly/transport component CsgG / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / outer membrane-bounded periplasmic space / plasma membrane / Curli production assembly/transport component CsgG / CsgG

機能・相同性情報

生物種

Escherichia coli Xuzhou21 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Huang, Y. / Cao, B. / Zhao, Y. / Kou, Y. / Ni, D. / Zhang, X.C.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Structure of the nonameric bacterial amyloid secretion channel
著者: Cao, B. / Zhao, Y. / Kou, Y. / Ni, D. / Zhang, X.C. / Huang, Y.

履歴

登録	2014年12月29日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年1月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3x2r.cif.gz	661.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3x2r.ent.gz	548.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3x2r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3x2r_validation.pdf.gz	510.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3x2r_full_validation.pdf.gz	563.3 KB	表示
XML形式データ	3x2r_validation.xml.gz	61.3 KB	表示
CIF形式データ	3x2r_validation.cif.gz	81.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x2/3x2r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x2/3x2r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4q79C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4q79-d 1ryy-1 6jp6-d 6qyc-d 6jpl-d 2b9v-1 2b9v-4 2b9v-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (3) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

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「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (3)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
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#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

D: CsgG

A: CsgG

B: CsgG

C: CsgG

E: CsgG

F: CsgG

G: CsgG

H: CsgG

I: CsgG

275 kDa, 9 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	171.877, 176.715, 103.524
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	CsgG 分子量: 30584.035 Da / 分子数: 9 / 断片: Chymotrypsin digest fragment / 変異: none / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli Xuzhou21 (大腸菌) 株: CFT073 / 遺伝子: CDCO157_1350, csgG / プラスミド: pQLinkN / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: I1ZTN7, UniProt: A0A0F6C2F5*PLUS

#1: タンパク質

CsgG

分子量: 30584.035 Da / 分子数: 9 / 断片: Chymotrypsin digest fragment / 変異: none / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Escherichia coli Xuzhou21 (大腸菌)
株: CFT073 / 遺伝子: CDCO157_1350, csgG / プラスミド: pQLinkN / 発現宿主:

Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: I1ZTN7, UniProt: A0A0F6C2F5*PLUS

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.93 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 50mM Tris-HCl(pH8.5), 300mM MgCl2, 14% PEG2000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月13日
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→50 Å / Num. all: 61340 / Num. obs: 61340 / % possible obs: 88.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射シェル	解像度: 2.9→3 Å / % possible all: 86.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SOLVE		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8_1069)	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.9→48.071 Å / SU ML: 0.42 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.98 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2921	3048	4.98 %	random
R_work	0.2438	-	-	-
obs	0.2462	61213	86.76 %	-
all	-	61340	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→48.071 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13042	0	0	0	13042

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	13223
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.302	17934
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.555	4711
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.083	2137
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	2310

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 22

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.9001-2.9454	0.4405	146	0.3709	2608	87
2.9454-2.9937	0.4283	131	0.3443	2667	89
2.9937-3.0453	0.4105	135	0.3314	2689	88
3.0453-3.1006	0.3752	152	0.3165	2669	90
3.1006-3.1603	0.3506	119	0.295	2679	89
3.1603-3.2248	0.356	129	0.2748	2713	89
3.2248-3.2949	0.3269	161	0.2834	2680	90
3.2949-3.3715	0.308	137	0.2671	2674	89
3.3715-3.4558	0.3239	133	0.2607	2669	88
3.4558-3.5492	0.3016	155	0.2568	2656	89
3.5492-3.6536	0.3062	151	0.2313	2689	89
3.6536-3.7715	0.3031	127	0.2371	2653	88
3.7715-3.9062	0.2687	168	0.2273	2624	87
3.9062-4.0625	0.279	119	0.2248	2660	87
4.0625-4.2473	0.257	145	0.2159	2629	86
4.2473-4.4711	0.2315	115	0.1904	2618	85
4.4711-4.751	0.2211	134	0.1934	2609	85
4.751-5.1174	0.2453	132	0.2099	2625	85
5.1174-5.6317	0.2988	144	0.2464	2573	84
5.6317-6.445	0.2851	143	0.2611	2615	84
6.445-8.1136	0.2674	130	0.2506	2591	83
8.1136-48.0778	0.3025	142	0.2446	2575	79

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 206.9173 Å / Origin y: 36.5217 Å / Origin z: 5.7516 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.459 Å²	-0.0073 Å²	-0.001 Å²	-	0.4245 Å²	0.0089 Å²	-	-	0.5825 Å²
L	0.8942 °²	-0.1585 °²	-0.0289 °²	-	0.2071 °²	0.0284 °²	-	-	0.1854 °²
S	-0.0597 Å °	-0.1661 Å °	-0.0546 Å °	0.0849 Å °	0.0176 Å °	0.0146 Å °	-0.001 Å °	-0.0217 Å °	0.0464 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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