PDB-3x2o: Neutron and X-ray joint refined structure of PcCel45A apo form at...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3x2o

タイトル

Neutron and X-ray joint refined structure of PcCel45A apo form at 298K.

要素

Endoglucanase V-like protein

キーワード

HYDROLASE

機能・相同性

Expansin/pollen allergen, DPBB domain / Expansin, family-45 endoglucanase-like domain profile. / RlpA-like domain / RlpA-like domain superfamily / Barwin-like endoglucanases / Beta Barrel / Mainly Beta / DEUTERATED WATER / Endoglucanase V-like protein

機能・相同性情報

生物種

Phanerochaete chrysosporium (菌類)

手法

中性子回折 /

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Nakamura, A. / Ishida, T. / Kusaka, K. / Yamada, T. / Tanaka, I. / Niimura, N. / Samejima, M. / Igarashi, K.

引用

ジャーナル: Sci Adv / 年: 2015
タイトル: "Newton's cradle" proton relay with amide-imidic acid tautomerization in inverting cellulase visualized by neutron crystallography.
著者: Nakamura, A. / Ishida, T. / Kusaka, K. / Yamada, T. / Fushinobu, S. / Tanaka, I. / Kaneko, S. / Ohta, K. / Tanaka, H. / Inaka, K. / Higuchi, Y. / Niimura, N. / Samejima, M. / Igarashi, K.

履歴

登録	2014年12月22日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年10月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年3月7日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.2	2018年5月16日	Group: Data collection カテゴリ: diffrn_detector / diffrn_radiation ...diffrn_detector / diffrn_radiation / diffrn_radiation_wavelength / diffrn_source Item: _diffrn_detector.detector / _diffrn_detector.pdbx_collection_date ..._diffrn_detector.detector / _diffrn_detector.pdbx_collection_date / _diffrn_radiation.wavelength_id / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _diffrn_source.pdbx_wavelength_list / _diffrn_source.source / _diffrn_source.type
改定 1.3	2019年12月18日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / diffrn_radiation / struct_conn Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _diffrn_radiation.pdbx_monochromatic_or_laue_m_l / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3x2o.cif.gz	109.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3x2o.ent.gz	92.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3x2o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3x2o_validation.pdf.gz	381.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3x2o_full_validation.pdf.gz	381.9 KB	表示
XML形式データ	3x2o_validation.xml.gz	6.1 KB	表示
CIF形式データ	3x2o_validation.cif.gz	10 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x2/3x2o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x2/3x2o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3x2gC 3x2hC 3x2iC 3x2jC 3x2kC 3x2lC 3x2mC 3x2nC 3x2pC 4zm7C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4zm7-d 3x2i-d 3x2l-d 1jfu-2 6dod-d 1i8u-d 6don-d 5xbx-d 3x2j-d 6o2x-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (1) #207 - 2017年3月光活動性黄色タンパク質 (Photoactive Yellow Protein) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Endoglucanase V-like protein

18.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.152, 59.067, 64.285
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Endoglucanase V-like protein 分子量: 18178.793 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 27-206 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Phanerochaete chrysosporium (菌類) / 株: K-3 / 遺伝子: egv, PcCel45A / プラスミド: pPICZa / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): KM71H / 参照: UniProt: B3Y002
#2: 化合物	ChemComp-DOD / water / 重水分子量: 18.015 Da / 分子数: 152 / 由来タイプ: 天然 / 式: D₂O

-
実験

実験

手法	使用した結晶の数
中性子回折	1
X線回折	1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.96 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 60% 3-methyl-1,5-pentanediol, 50 mM Tris-HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	298	1
2	298	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
SPALLATION SOURCE	ORNL Spallation Neutron Source	MANDI	1	1.5-20.4
シンクロトロン	Photon Factory	BL-5A	2	1

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
IBIX (BL03), J-PARC	1	STORAGE PHOSPHORS	2014年4月25日
ADSC QUANTUM 315r	2	CCD	2014年6月9日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	NEUTRON TIME-OF-FLIGHT	LAUE	L	neutron	1
2		SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	3

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.5	1
2	20.4	1
3	1	1

反射

Entry-ID: 3X2O

解像度 (Å)	Num. obs	% possible obs (%)	Observed criterion σ(I)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	Net I/σ(I)
1.5-20.4	25581	93.3		3.9	0.245	1	3.9
1-50	99189	99.5	0	13.1	0.08	2	106

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.5-1.55	2.1	0.501	1.4	1	81.1
1-1.02	6.3	0.299	6.5	2	99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
STARGAZER		データ削減
STARGAZER		データスケーリング

精密化

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 立体化学のターゲット値: ML / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

解像度 (Å)	Refine-ID	R_factor R_free	R_factor R_work	R_factor obs	Num. reflection R_free	Num. reflection obs	% reflection R_free (%)	% reflection obs (%)	SU ML	Diffraction-ID	位相誤差	B_iso mean (Å²)	σ(F)
1.5-18.826	NEUTRON DIFFRACTION	0.2506	0.2275	0.2298	2548	25433	9.96	94.22	0.23	1	23.39
1-28.233	X-RAY DIFFRACTION	0.1531	0.1349	0.1367	9389	94159	9.97	99.26	0.05	2	11.35	27.4849	1.49

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→18.826 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1261	0	0	152	1413

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
NEUTRON DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	2766
NEUTRON DIFFRACTION	f_angle_d	1.208	4694
NEUTRON DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.335	706
NEUTRON DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.088	188
NEUTRON DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	612

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.53-1.5594	0.3634	117	0.3906	1044	NEUTRON DIFFRACTION	79
1.5594-1.5912	0.3761	109	0.3579	1150	NEUTRON DIFFRACTION	84
1.5912-1.6258	0.3786	150	0.3468	1129	NEUTRON DIFFRACTION	87
1.6258-1.6636	0.3419	143	0.3273	1181	NEUTRON DIFFRACTION	89
1.6636-1.7052	0.3254	138	0.3153	1228	NEUTRON DIFFRACTION	91
1.7052-1.7513	0.3132	125	0.3076	1257	NEUTRON DIFFRACTION	94
1.7513-1.8028	0.3352	156	0.2905	1262	NEUTRON DIFFRACTION	95
1.8028-1.8609	0.2831	145	0.2589	1313	NEUTRON DIFFRACTION	97
1.8609-1.9273	0.2775	138	0.2471	1302	NEUTRON DIFFRACTION	96
1.9273-2.0044	0.2247	143	0.2272	1305	NEUTRON DIFFRACTION	97
2.0044-2.0955	0.2247	144	0.2176	1319	NEUTRON DIFFRACTION	98
2.0955-2.2059	0.2253	142	0.1957	1354	NEUTRON DIFFRACTION	99
2.2059-2.3438	0.1928	153	0.1811	1321	NEUTRON DIFFRACTION	99
2.3438-2.5244	0.1836	149	0.1734	1354	NEUTRON DIFFRACTION	99
2.5244-2.7777	0.2009	142	0.1612	1380	NEUTRON DIFFRACTION	100
2.7777-3.178	0.1849	156	0.1554	1375	NEUTRON DIFFRACTION	100
3.178-3.9976	0.183	150	0.1508	1390	NEUTRON DIFFRACTION	99
3.9976-18.8272	0.194	148	0.1543	1369	NEUTRON DIFFRACTION	92
1.0021-1.0134	0.1839	299	0.175	2596	X-RAY DIFFRACTION	93
1.0134-1.0254	0.1647	282	0.1662	2842	X-RAY DIFFRACTION	99
1.0254-1.0379	0.1642	289	0.1532	2805	X-RAY DIFFRACTION	99
1.0379-1.051	0.1515	324	0.141	2794	X-RAY DIFFRACTION	99
1.051-1.0648	0.1405	315	0.1338	2751	X-RAY DIFFRACTION	99
1.0648-1.0794	0.1383	297	0.1295	2797	X-RAY DIFFRACTION	99
1.0794-1.0948	0.135	328	0.1231	2812	X-RAY DIFFRACTION	99
1.0948-1.1112	0.14	294	0.1188	2803	X-RAY DIFFRACTION	99
1.1112-1.1286	0.1335	309	0.1142	2807	X-RAY DIFFRACTION	99
1.1286-1.1471	0.1295	322	0.1106	2795	X-RAY DIFFRACTION	99
1.1471-1.1668	0.1225	285	0.1091	2830	X-RAY DIFFRACTION	99
1.1668-1.1881	0.1281	333	0.1175	2781	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1881-1.2109	0.139	305	0.1137	2825	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2109-1.2356	0.1233	316	0.1211	2811	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2356-1.2625	0.1424	325	0.1193	2795	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2625-1.2919	0.1465	306	0.1267	2819	X-RAY DIFFRACTION	99
1.2919-1.3242	0.1398	324	0.1231	2774	X-RAY DIFFRACTION	99
1.3242-1.36	0.1342	298	0.1221	2842	X-RAY DIFFRACTION	99
1.36-1.4	0.1331	316	0.1221	2814	X-RAY DIFFRACTION	99
1.4-1.4452	0.1443	339	0.1245	2803	X-RAY DIFFRACTION	99
1.4452-1.4968	0.1305	308	0.1289	2818	X-RAY DIFFRACTION	99
1.4968-1.5567	0.1373	317	0.1277	2831	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5567-1.6276	0.1457	319	0.1285	2846	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6276-1.7134	0.1378	329	0.1325	2859	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7134-1.8207	0.1513	308	0.1417	2857	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8207-1.9613	0.1493	315	0.1392	2879	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9613-2.1586	0.1477	312	0.135	2896	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1586-2.4708	0.1388	320	0.1436	2911	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4708-3.1123	0.164	324	0.1374	2946	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1123-28.2442	0.1777	331	0.14	3031	X-RAY DIFFRACTION	99

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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