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- PDB-3x29: CRYSTAL STRUCTURE of MOUSE CLAUDIN-19 IN COMPLEX with C-TERMINAL ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3x29
タイトルCRYSTAL STRUCTURE of MOUSE CLAUDIN-19 IN COMPLEX with C-TERMINAL FRAGMENT OF CLOSTRIDIUM PERFRINGENS ENTEROTOXIN
要素
  • Claudin-19
  • Heat-labile enterotoxin B chain
キーワードCELL ADHESION / TOXIN-CELL ADHESION COMPLEX / TIGHT JUNCTION / ENTEROTOXIN / MEMBRANE PROTEIN / RECEPTOR BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


paracellular tight junction channel activity / positive regulation of cell junction assembly / mesaxon / paracellular transport / calcium-independent cell-cell adhesion via plasma membrane cell-adhesion molecules / tight junction organization / paranodal junction / retinal pigment epithelium development / negative regulation of wound healing / regulation of transepithelial transport ...paracellular tight junction channel activity / positive regulation of cell junction assembly / mesaxon / paracellular transport / calcium-independent cell-cell adhesion via plasma membrane cell-adhesion molecules / tight junction organization / paranodal junction / retinal pigment epithelium development / negative regulation of wound healing / regulation of transepithelial transport / Schmidt-Lanterman incisure / apical junction assembly / neuronal action potential propagation / apical junction complex / renal absorption / bicellular tight junction / visual perception / negative regulation of cell migration / cell junction / actin cytoskeleton organization / toxin activity / basolateral plasma membrane / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression / positive regulation of gene expression / perinuclear region of cytoplasm / structural molecule activity / extracellular region / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Jelly Rolls - #1050 / Claudin / Claudin, conserved site / Claudin family signature. / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 - #150 / Clostridium enterotoxin / Clostridium enterotoxin / PMP-22/EMP/MP20/Claudin family / PMP-22/EMP/MP20/Claudin superfamily / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 ...Jelly Rolls - #1050 / Claudin / Claudin, conserved site / Claudin family signature. / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 - #150 / Clostridium enterotoxin / Clostridium enterotoxin / PMP-22/EMP/MP20/Claudin family / PMP-22/EMP/MP20/Claudin superfamily / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 / Jelly Rolls / Up-down Bundle / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Heat-labile enterotoxin B chain / Claudin-19
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Saitoh, Y. / Suzuki, H. / Tani, K. / Nishikawa, K. / Irie, K. / Ogura, Y. / Tamura, A. / Tsukita, S. / Fujiyoshi, Y.
引用ジャーナル: Science / 年: 2015
タイトル: Structural insight into tight junction disassembly by Clostridium perfringens enterotoxin
著者: Saitoh, Y. / Suzuki, H. / Tani, K. / Nishikawa, K. / Irie, K. / Ogura, Y. / Tamura, A. / Tsukita, S. / Fujiyoshi, Y.
履歴
登録2014年12月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年1月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月25日Group: Database references
改定 1.22024年4月3日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Claudin-19
B: Heat-labile enterotoxin B chain
C: Claudin-19
D: Heat-labile enterotoxin B chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,0944
ポリマ－65,0944
非ポリマー00
水00
1
A: Claudin-19
B: Heat-labile enterotoxin B chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,5472
ポリマ－32,5472
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2130 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area13370 Å2
手法PISA
2
C: Claudin-19
D: Heat-labile enterotoxin B chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,5472
ポリマ－32,5472
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2110 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area13330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.860, 122.357, 132.594
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Claudin-19


分子量: 19217.262 Da / 分子数: 2 / 断片: TM REGION, UNP residues 1-185 / 変異: C104A, C183A, C184A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cldn19 / プラスミド: PFASTBAC1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Sf9 / 参照: UniProt: Q9ET38
#2: タンパク質 Heat-labile enterotoxin B chain


分子量: 13329.830 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 203-319 / 変異: S313A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)
遺伝子: cpe / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P01558
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.28 % / 解説: NONE
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: 17.5% PEG1500, 100mM sodium citrate, 100mM Mg(NO3)2, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月11日
放射モノクロメーター: DOUBLE-CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.7→34.738 Å / Num. obs: 14027 / % possible obs: 97.27 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 23.6
反射 シェル解像度: 3.7→3.83 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.399 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 92.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: CLDN15 AND CPE WITH 202 N-TERM RESIDUES DELETED

解像度: 3.7→34.738 Å / SU ML: 0.57 / σ(F): 1.5 / 位相誤差: 29.45 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2926 1407 10.05 %RANDOM
Rwork0.2509 ---
obs0.2551 14006 97.27 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.7→34.738 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4183 0 0 0 4183
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0024275
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6455825
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.0111411
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.025679
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003726
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.7-3.83210.34881410.3233117192
3.8321-3.98530.34941290.2921121296
3.9853-4.16640.31861480.2542124797
4.1664-4.38570.26591350.214124698
4.3857-4.65990.26221380.1776124198
4.6599-5.01870.22031360.1882127598
5.0187-5.52190.22261430.2048126198
5.5219-6.31680.28621440.2249129599
6.3168-7.94280.30921450.2658130999
7.9428-34.73990.3141480.2879134296

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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