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- PDB-3x27: Structure of McbB in complex with tryptophan -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3x27
タイトルStructure of McbB in complex with tryptophan
要素Cucumopine synthase
キーワードLYASE / McbB / Pictet-Spenglerase
機能・相同性Cucumopine synthase, C-terminal helical bundle domain / Cucumopine synthase C-terminal helical bundle domain / Cyclophilin - #20 / Cyclophilin / Beta Barrel / Mainly Beta / TRYPTOPHAN / Cucumopine synthase
機能・相同性情報
生物種Marinactinospora thermotolerans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.481 Å
データ登録者Mori, T. / Sahashi, S. / Morita, H. / Abe, I.
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2015
タイトル: Structural Basis for beta-Carboline Alkaloid Production by the Microbial Homodimeric Enzyme McbB
著者: Mori, T. / Hoshino, S. / Sahashi, S. / Wakimoto, T. / Matsui, T. / Morita, H. / Abe, I.
履歴
登録2014年12月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年11月4日Group: Other
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cucumopine synthase
B: Cucumopine synthase
C: Cucumopine synthase
D: Cucumopine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,6328
ポリマ－153,8154
非ポリマー8174
水9,566531
1
A: Cucumopine synthase
B: Cucumopine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,3164
ポリマ－76,9082
非ポリマー4082
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6400 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area22330 Å2
手法PISA
2
C: Cucumopine synthase
D: Cucumopine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,3164
ポリマ－76,9082
非ポリマー4082
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6470 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area22340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.760, 108.810, 146.360
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Cucumopine synthase


分子量: 38453.758 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Marinactinospora thermotolerans (バクテリア)
プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BLR(DE3) / 参照: UniProt: R4QPW9
#2: 化合物
ChemComp-TRP / TRYPTOPHAN / トリプトファン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 204.225 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H12N2O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 531 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.37 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100mM Tris-HCl, 18% PEG1000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月17日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.48→50 Å / Num. obs: 56928 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.088
反射 シェル解像度: 2.48→2.63 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.399 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
AutoSol位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.481→47.764 Å / SU ML: 0.29 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.25 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2361 2847 5 %
Rwork0.1772 --
obs0.1802 56923 99.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.481→47.764 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10035 0 60 531 10626
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00810380
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.13314201
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4783767
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0771577
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051823
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.4812-2.5240.27571360.2041258096
2.524-2.56990.26471400.1932661100
2.5699-2.61930.26251400.19632660100
2.6193-2.67280.26061410.18592684100
2.6728-2.73090.28891410.19162681100
2.7309-2.79440.27751410.19832679100
2.7944-2.86430.25871420.20212682100
2.8643-2.94170.25071420.19682695100
2.9417-3.02830.31211400.20362675100
3.0283-3.1260.27581420.2012685100
3.126-3.23770.28451400.19852671100
3.2377-3.36730.25461430.18982706100
3.3673-3.52050.24861420.18872707100
3.5205-3.70610.25761430.18572716100
3.7061-3.93810.22581420.16882701100
3.9381-4.2420.1971440.14842723100
4.242-4.66860.20261440.14012736100
4.6686-5.34340.17881440.14552741100
5.3434-6.72910.21921470.18712799100
6.7291-47.77270.19061530.16422894100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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