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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3x1k | ||||||
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タイトル | crystal structure of Phosphoapantetheine adenylyltransferase PPAT/CoaD with AMP-PNP from Pseudomonas aerugonosa | ||||||
要素 | Phosphopantetheine adenylyltransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / Rossmann Fold | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 [citrate (pro-3S)-lyase] ligase activity / pantetheine-phosphate adenylyltransferase / pantetheine-phosphate adenylyltransferase activity / coenzyme A biosynthetic process / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa 2192 (緑膿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.547 Å | ||||||
データ登録者 | Chatterjee, R. / Datta, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2016 タイトル: Transition of phosphopantetheine adenylyltransferase from catalytic to allosteric state is characterized by ternary complex formation in Pseudomonas aeruginosa 著者: Chatterjee, R. / Mondal, A. / Basu, A. / Datta, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3x1k.cif.gz | 201.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3x1k.ent.gz | 162.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3x1k.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3x1k_validation.pdf.gz | 2.8 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3x1k_full_validation.pdf.gz | 2.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | 3x1k_validation.xml.gz | 39.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3x1k_validation.cif.gz | 50.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x1/3x1k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x1/3x1k | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF
#1: タンパク質 | 分子量: 17795.473 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa 2192 (緑膿菌) 株: 2192 / 遺伝子: coaD, PA0363, PA2G_04277 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A3LHH1, UniProt: A0A0X1KGP2*PLUS, pantetheine-phosphate adenylyltransferase |
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-非ポリマー , 6種, 149分子
#2: 化合物 | ChemComp-ANP / #3: 化合物 | ChemComp-DMS / #4: 化合物 | ChemComp-FMT / #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.18 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.9 詳細: 20% PEG4000, 0.1M HEPES, 5% Isopropanol, 200mM Sodium acetate, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 73 K | ||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: RRCAT INDUS-2 / ビームライン: PX-BL21 / 波長: 0.9748 Å | ||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月12日 | ||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Silicon / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9748 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.547→39.745 Å / Num. all: 37216 / Num. obs: 36472 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 1.8 / Observed criterion σ(I): 1.8 | ||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1H1T 解像度: 2.547→39.745 Å / SU ML: 0.35 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.58 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.547→39.745 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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