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- PDB-3wz2: Crystal structure of Pyrococcus furiosus PbaA, an archaeal homolo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wz2
タイトルCrystal structure of Pyrococcus furiosus PbaA, an archaeal homolog of proteasome-assembly chaperone
要素Uncharacterized protein
キーワードCHAPERONE / Proteasome / Proteasome activator / Proteasome assembly chaperone
機能・相同性Conserved hypothetical protein CHP00061 / PAC-like subunit / Proteasome assembly chaperone 2 / Proteasome assembly chaperone 2 superfamily / PAC2 family / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Proteasome assembly chaperone family protein
機能・相同性情報
生物種Pyrococcus furiosus DSM 3638 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Sikdar, A. / Satoh, T. / Kawasaki, M. / Kato, K.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2014
タイトル: Crystal structure of archaeal homolog of proteasome-assembly chaperone PbaA
著者: Sikdar, A. / Satoh, T. / Kawasaki, M. / Kato, K.
履歴
登録2014年9月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年10月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月15日Group: Database references
改定 1.22014年12月31日Group: Database references
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
B: Uncharacterized protein
C: Uncharacterized protein
D: Uncharacterized protein
E: Uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,9245
ポリマ－136,9245
非ポリマー00
水5,549308
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8530 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area48690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.3730, 155.1870, 172.0040
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14A
24E
15B
25C
16B
26D
17B
27E
18C
28D
19C
29E
110D
210E

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: _

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA6 - 2309 - 233
21BB6 - 2309 - 233
12AA6 - 2309 - 233
22CC6 - 2309 - 233
13AA6 - 2309 - 233
23DD6 - 2309 - 233
14AA6 - 2309 - 233
24EE6 - 2309 - 233
15BB6 - 2319 - 234
25CC6 - 2319 - 234
16BB6 - 2309 - 233
26DD6 - 2309 - 233
17BB6 - 2309 - 233
27EE6 - 2309 - 233
18CC6 - 2309 - 233
28DD6 - 2309 - 233
19CC6 - 2309 - 233
29EE6 - 2309 - 233
110DD6 - 2309 - 233
210EE6 - 2309 - 233

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10

-
要素

#1: タンパク質
Uncharacterized protein / PbaA


分子量: 27384.826 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus DSM 3638 (古細菌)
遺伝子: PF0015 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8U4Q9
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 308 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
12.7154.68
2
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.4 M sodium citrate tribasic, 0.1 M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
1951
2952
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンPhoton Factory AR-NW12A10.9792
シンクロトロンNSRRC BL13B121.0721, 1.0539
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 2101CCD2014年6月14日
ADSC QUANTUM 3152CCD2014年8月8日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si(111)MADMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97921
21.07211
31.05391
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. all: 71119 / Num. obs: 71040 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 27.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 40.1
反射 シェル解像度: 2.25→2.29 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.421 / Mean I/σ(I) obs: 6.7 / Num. unique all: 3514 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
CRANK位相決定
REFMAC5.8.0069精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.25→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 5.415 / SU ML: 0.135 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.244 / ESU R Free: 0.185 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22 3521 5 %RANDOM
Rwork0.196 ---
obs0.198 67188 99.87 %-
all-67188 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.995 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.22 Å20 Å20 Å2
2---1.62 Å20 Å2
3---0.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8770 0 0 308 9078
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0198934
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.028942
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5171.99912074
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.49320642
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.21375
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0219905
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.021819
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.8593.6064510
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.863.6054509
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.3015.3965627
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.3015.3975628
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.3024.4664424
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.3024.4684425
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.0696.3776448
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.9838.2137175
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.99138.2927096
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A138290.09
12B138290.09
21A135950.11
22C135950.11
31A136030.11
32D136030.11
41A128530.13
42E128530.13
51B135340.11
52C135340.11
61B133470.12
62D133470.12
71B129500.13
72E129500.13
81C139260.1
82D139260.1
91C132740.12
92E132740.12
101D130460.13
102E130460.13
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.308 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.301 242 -
Rwork0.255 4918 -
obs--99.96 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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