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- PDB-3wz1: Catalytic domain of beta-agarase from Microbulbifer thermotoleran... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wz1
タイトルCatalytic domain of beta-agarase from Microbulbifer thermotolerans JAMB-A94
要素Agarase
キーワードHYDROLASE / Glycoside hydrolase family 16 / Beta-jelly roll fold / Beta-agarase / Agarose
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-agarase / beta-agarase activity / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / periplasmic space
類似検索 - 分子機能
Beta-agarase / Cellulose binding, type IV / Cellulose Binding Domain Type IV / Glycosyl hydrolases family 16 / Carbohydrate binding module (family 6) / Glycoside hydrolase family 16 / Glycosyl hydrolases family 16 (GH16) domain profile. / CBM6 (carbohydrate binding type-6) domain profile. / Carbohydrate binding module family 6 / Jelly Rolls - #200 ...Beta-agarase / Cellulose binding, type IV / Cellulose Binding Domain Type IV / Glycosyl hydrolases family 16 / Carbohydrate binding module (family 6) / Glycoside hydrolase family 16 / Glycosyl hydrolases family 16 (GH16) domain profile. / CBM6 (carbohydrate binding type-6) domain profile. / Carbohydrate binding module family 6 / Jelly Rolls - #200 / Galactose-binding-like domain superfamily / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Microbulbifer thermotolerans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Takagi, E. / Hatada, Y. / Akita, M. / Ohta, Y. / Yokoi, G. / Miyazaki, T. / Nishikawa, A. / Tonozuka, T.
引用ジャーナル: Biosci.Biotechnol.Biochem. / 年: 2015
タイトル: Crystal structure of the catalytic domain of a GH16 beta-agarase from a deep-sea bacterium, Microbulbifer thermotolerans JAMB-A94
著者: Takagi, E. / Hatada, Y. / Akita, M. / Ohta, Y. / Yokoi, G. / Miyazaki, T. / Nishikawa, A. / Tonozuka, T.
履歴
登録2014年9月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年11月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月22日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Agarase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,2575
ポリマ－32,0271
非ポリマー2304
水4,684260
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.624, 69.394, 90.367
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Agarase / Beta-agarase


分子量: 32027.268 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 19-300 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Microbulbifer thermotolerans (バクテリア)
株: JAMB-A94 / 遺伝子: agaA / プラスミド: pEXBS / 発現宿主: Bacillus subtilis (枯草菌) / 株 (発現宿主): ISW1214 / 参照: UniProt: Q6F4N4, beta-agarase
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 260 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.36 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1M trisodium citrate, 0.3M ammonium nitrtate, 3% ethanol, 100mM HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月25日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 41972 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.031 / Net I/σ(I): 59.5
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.124 / Mean I/σ(I) obs: 18.3 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.8.0049精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ATF

4atf


解像度: 1.6→37.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.072 / ESU R Free: 0.068 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16463 2117 5.1 %RANDOM
Rwork0.15191 ---
obs0.15256 39772 99.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.759 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å2-0 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→37.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2236 0 14 260 2510
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0192355
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.022074
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4621.9243223
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.6334783
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.6725283
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.97623.417120
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.2515337
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.231515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2319
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212712
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0110.02591
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7221.1581115
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.7171.1571114
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.1911.7351394
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.191.7361395
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.041.2431240
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.0381.2431240
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.61.8261826
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.68710.3612904
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.3189.852787
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.641 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.158 149 -
Rwork0.155 2894 -
obs--99.64 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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