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万見
- PDB-3wyr: Crystal structure of Killer cell immunoglobulin-like receptor 2DL4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wyr
タイトルCrystal structure of Killer cell immunoglobulin-like receptor 2DL4
要素Killer cell immunoglobulin-like receptor 2DL4
キーワードIMMUNE SYSTEM / Immunoglobulin domains / Immune receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


MHC class Ib receptor activity / positive regulation of natural killer cell cytokine production / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / plasma membrane => GO:0005886 / regulation of immune response / cellular defense response / transmembrane signaling receptor activity / positive regulation of cellular senescence / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / early endosome membrane ...MHC class Ib receptor activity / positive regulation of natural killer cell cytokine production / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / plasma membrane => GO:0005886 / regulation of immune response / cellular defense response / transmembrane signaling receptor activity / positive regulation of cellular senescence / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / early endosome membrane / signal transduction / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Killer cell immunoglobulin-like receptor 2DL4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Vivian, J.P. / Moradi, S. / Rossjohn, J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: The structure of the atypical killer cell immunoglobulin-like receptor, KIR2DL4.
著者: Moradi, S. / Berry, R. / Pymm, P. / Hitchen, C. / Beckham, S.A. / Wilce, M.C. / Walpole, N.G. / Clements, C.S. / Reid, H.H. / Perugini, M.A. / Brooks, A.G. / Rossjohn, J. / Vivian, J.P.
履歴
登録2014年9月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Killer cell immunoglobulin-like receptor 2DL4
B: Killer cell immunoglobulin-like receptor 2DL4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,2734
ポリマ－45,8312
非ポリマー4422
水64936
1
A: Killer cell immunoglobulin-like receptor 2DL4
B: Killer cell immunoglobulin-like receptor 2DL4
ヘテロ分子

A: Killer cell immunoglobulin-like receptor 2DL4
B: Killer cell immunoglobulin-like receptor 2DL4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,5478
ポリマ－91,6624
非ポリマー8854
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)87.836, 87.836, 105.996
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212

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要素

#1: タンパク質 Killer cell immunoglobulin-like receptor 2DL4 / CD158 antigen-like family member D / G9P / Killer cell inhibitory receptor 103AS / KIR-103AS / MHC ...CD158 antigen-like family member D / G9P / Killer cell inhibitory receptor 103AS / KIR-103AS / MHC class I NK cell receptor KIR103AS


分子量: 22915.498 Da / 分子数: 2 / 断片: extracellular domain, UNP residues 24-218 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KIR2DL4, CD158D, KIR103AS / プラスミド: pHLSec / 細胞株 (発現宿主): HEK 293S / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q99706
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THESE RESIDUES ARE NATURAL VARIANT.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.85 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 16% PEG 3350, 4% tacsimate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9546 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月6日
放射モノクロメーター: synchrotron / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9546 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→67.632 Å / Num. all: 10753 / Num. obs: 10753 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 49.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.333 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 1034 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1690)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: KIR2DS4 PDB code 3H8N

3h8n


解像度: 2.8→67.632 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.07 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2434 490 4.56 %random
Rwork0.2108 ---
obs0.2124 10746 99.95 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 142.17 Å2 / Biso mean: 53.3422 Å2 / Biso min: 14.88 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→67.632 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2944 0 28 36 3008
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033089
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7174228
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.031447
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004552
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.5521092
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 4 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.8002-3.0820.35951220.27624832605
3.082-3.5280.23481150.226925342649
3.528-4.44480.22281320.182225362668
4.4448-67.65190.22341210.205627032824
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.91170.9096-1.23673.1542-0.75222.5239-0.004-0.0163-0.0511-0.12340.085-0.36390.09860.3265-0.11110.20190.0035-0.0180.2147-0.05350.245620.205634.726617.7923
22.36430.0925-2.4281.9573-1.15568.6640.0147-0.3427-0.1604-0.1299-0.1125-0.0745-0.06710.5618-0.02810.31810.0712-0.01340.267-0.0590.319938.678222.1424.0084
33.956-0.0035-1.02032.851-0.44834.23640.2821-0.79240.11581.0058-0.1809-0.20290.53110.2699-0.14060.5964-0.0852-0.14540.53560.08910.37037.11523.960140.8369
42.8112-0.14890.31122.06370.23672.0915-0.135-0.427-0.21180.73950.3124-0.11590.6124-0.4752-0.07460.72450.1060.00660.59040.09230.409530.86215.377732.1958
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 7 through 97)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B and resid 7 through 97)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 98 through 195)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain B and resid 98 through 195)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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