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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3wx6 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Type Six Secretion System protein | ||||||
要素 | Uncharacterized protein | ||||||
キーワード | UNKNOWN FUNCTION / Hexameric assembly / Hexameric ring / T6SS protein | ||||||
機能・相同性 | Type VI secretion system effector Hcp / Hcp1-like superfamily / Type VI secretion system effector, Hcp / Uncharacterized protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Burkholderia pseudomallei K96243 (類鼻疽菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Jobichen, C. / Sivaraman, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2015 タイトル: Extended Loop Region of Hcp1 is Critical for the Assembly and Function of Type VI Secretion System in Burkholderia pseudomallei. 著者: Lim, Y.T. / Jobichen, C. / Wong, J. / Limmathurotsakul, D. / Li, S. / Chen, Y. / Raida, M. / Srinivasan, N. / MacAry, P.A. / Sivaraman, J. / Gan, Y.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3wx6.cif.gz | 95.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3wx6.ent.gz | 79.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3wx6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3wx6_validation.pdf.gz | 408 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3wx6_full_validation.pdf.gz | 413.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3wx6_validation.xml.gz | 7.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3wx6_validation.cif.gz | 10.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wx/3wx6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wx/3wx6 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 6||||||||
単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19046.605 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei K96243 (類鼻疽菌) 株: K96243 / 遺伝子: BPSS1498, Hcp1 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q63K67 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 26.8 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M NaHEPES, 1M tri-sodiumcitrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 0.9798 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月1日 / 詳細: Mirrors |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9798 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→25 Å / Num. all: 6995 / Num. obs: 6995 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 29.5 % / Rsym value: 0.115 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 29.5 % / Num. unique all: 6695 / Rsym value: 0.274 / % possible all: 99 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.9_1692) / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.7→14.937 Å / σ(F): 0 / 位相誤差: 31.1 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→14.937 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5 / % reflection obs: 90 %
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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