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- PDB-3wwd: The complex of pOPH_S172C with DMSO -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wwd
タイトルThe complex of pOPH_S172C with DMSO
要素Oxidized polyvinyl alcohol hydrolase
キーワードHYDROLASE / tryptophan / disulfide bridge / p-nitrophenyl esters
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-diketone hydrolase / beta-diketone hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
: / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / Oxidized polyvinyl alcohol hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas sp. VM15C (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Yang, Y. / Ko, T.P. / Li, J.H. / Liu, L. / Huang, C.H. / Chen, J. / Guo, R.T. / Du, G.C.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2014
タイトル: Roles of tryptophan residue and disulfide bond in the variable lid region of oxidized polyvinyl alcohol hydrolase
著者: Yang, Y. / Ko, T.P. / Liu, L. / Li, J. / Huang, C.H. / Chen, J. / Guo, R.T. / Du, G.
履歴
登録2014年6月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Oxidized polyvinyl alcohol hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5993
ポリマ－39,3291
非ポリマー2702
水9,440524
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.516, 65.281, 84.167
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Oxidized polyvinyl alcohol hydrolase / OPH / Oxidized PVA hydrolase / Beta-diketone hydrolase


分子量: 39328.789 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 30-379 / 変異: S172C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas sp. VM15C (バクテリア)
遺伝子: pvaB / プラスミド: pET32a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9LCQ7, beta-diketone hydrolase
#2: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#3: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 524 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.82 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.1M tri-sodium citrate, pH 5.6, 30% w/v Polyethylene Glycol 4000, 0.3% w/v n-Octyl-beta-D-glucoside, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月8日
放射モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→25 Å / Num. all: 39487 / Num. obs: 39500 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 23.6
反射 シェル解像度: 1.65→1.71 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.399 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / Num. unique all: 3895 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceIceデータ収集
PHASER位相決定
CNS1.21精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3WL6

3wl6


解像度: 1.65→25 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.193 1919 RANDOM
Rwork0.167 --
all0.168 39487 -
obs0.168 38410 -
溶媒の処理Bsol: 32.7169 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 13.4557 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.545 Å20 Å20 Å2
2--0.63 Å20 Å2
3----2.175 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.17 Å0.16 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.09 Å0.07 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2580 0 17 524 3121
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0045
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.29
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.9231.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.7142
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.3772
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.4792.5
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.71 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.222 185
Rwork0.208 -
obs-3610
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3sulfon.param
X-RAY DIFFRACTION4ligand2.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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