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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3wwb | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the computationally designed Pizza2-SR protein | ||||||
要素 | Pizza2-SR protein | ||||||
キーワード | DE NOVO PROTEIN (De novo) / Computational protein design / Self-assembly (自己集合) | ||||||
機能・相同性 | Thrombin, subunit H - #500 / Thrombin, subunit H / Βバレル / Mainly Beta 機能・相同性情報 | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Voet, A.R.D. / Noguchi, H. / Addy, C. / Simoncini, D. / Terada, D. / Unzai, S. / Park, S.Y. / Zhang, K.Y.J. / Tame, J.R.H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014 タイトル: Computational design of a self-assembling symmetrical beta-propeller protein. 著者: Voet, A.R.D. / Noguchi, H. / Addy, C. / Simoncini, D. / Terada, D. / Unzai, S. / Park, S.Y. / Zhang, K.Y.J. / Tame, J.R.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3wwb.cif.gz | 58.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3wwb.ent.gz | 44.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3wwb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ww/3wwb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ww/3wwb | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9143.111 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: The protein was designed. #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.67 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 1M Lithium Chloride, 0.1M Tris-HCl pH 8.0, 20% PEG 6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月28日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 30689 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 17.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 44.59 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 7.28 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→34.952 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 18.77 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→34.952 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11
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