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万見
- PDB-3wvf: Crystal structure of YidC from Escherichia coli -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wvf
タイトルCrystal structure of YidC from Escherichia coli
要素Membrane protein insertase YidC
キーワードCHAPERONE / alpha helical
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane insertase activity / protein transport / membrane => GO:0016020 / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Membrane insertase YidC, periplasmic domain / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 - #90 / Membrane insertase YidC, N-terminal / YidC, periplasmic domain superfamily / YidC periplasmic domain / Membrane insertase YidC / Membrane insertase YidC/Oxa1, C-terminal / 60Kd inner membrane protein / Membrane insertase YidC/ALB3/OXA1/COX18 / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 ...Membrane insertase YidC, periplasmic domain / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 - #90 / Membrane insertase YidC, N-terminal / YidC, periplasmic domain superfamily / YidC periplasmic domain / Membrane insertase YidC / Membrane insertase YidC/Oxa1, C-terminal / 60Kd inner membrane protein / Membrane insertase YidC/ALB3/OXA1/COX18 / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Membrane protein insertase YidC
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Kumazaki, K. / Tsukazaki, T. / Kishimoto, T. / Ishitani, R. / Nureki, O.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2014
タイトル: Crystal structure of Escherichia coli YidC, a membrane protein chaperone and insertase
著者: Kumazaki, K. / Kishimoto, T. / Furukawa, A. / Mori, H. / Tanaka, Y. / Dohmae, N. / Ishitani, R. / Tsukazaki, T. / Nureki, O.
履歴
登録2014年5月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年12月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Membrane protein insertase YidC
B: Membrane protein insertase YidC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,7452
ポリマ－123,7452
非ポリマー00
水00
1
A: Membrane protein insertase YidC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,8731
ポリマ－61,8731
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Membrane protein insertase YidC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,8731
ポリマ－61,8731
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.729, 76.011, 91.318
Angle α, β, γ (deg.)78.08, 82.45, 77.55
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Membrane protein insertase YidC / Foldase YidC / Membrane integrase YidC / Membrane protein YidC


分子量: 61872.703 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-540 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: UTI89 / 遺伝子: yidC / プラスミド: pET variant / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q1R4M9

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.06 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 5.9
詳細: 25% poly(ethyleneglycol) 600, 100mM MES-NaOH, 50mM potassium thiocyanate, 12mM triglycine, pH 5.9, LIPID CUBIC PHASE (LCP), temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月8日
放射モノクロメーター: Double-crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 16696 / Biso Wilson estimate: 36.13 Å2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIX(Phaser-MR)モデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX(Phaser-MR)位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3BS6

3bs6


解像度: 3.2→33.881 Å / FOM work R set: 0.7856 / SU ML: 0.54 / σ(F): 2.14 / 位相誤差: 29.21 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2768 1652 10.03 %Randam
Rwork0.2214 ---
obs0.2269 16470 91.35 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 107.47 Å2 / Biso mean: 34.01 Å2 / Biso min: 6.83 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→33.881 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6943 0 0 0 6943
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0037125
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.779718
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0281083
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051243
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.8842528
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.2001-3.29410.38061370.32591219135689
3.2941-3.40040.34721360.29391198133490
3.4004-3.52180.34161400.26451239137991
3.5218-3.66260.31091370.24361232136993
3.6626-3.82910.30941420.22781280142294
3.8291-4.03070.2641350.21491243137894
4.0307-4.28280.23841450.20211315146095
4.2828-4.61270.25891000.194888798767
4.6127-5.07550.24161440.18671286143095
5.0755-5.80670.2711450.19791300144597
5.8067-7.30380.24691450.21881304144996
7.3038-33.88250.20821460.17251315146198

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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