PDB-3wvb: HcgF from Methanocaldococcus jannaschii

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3wvb

タイトル

HcgF from Methanocaldococcus jannaschii

要素

UPF0254 protein MJ1251

キーワード

HYDROLASE / Thioesterase

機能・相同性

FeGP cofactor biosynthesis protein HcgF / FeGP cofactor biosynthesis protein HcgF / UPF0254 protein MJ1251

機能・相同性情報

生物種

Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Fujishiro, T. / Ermler, U. / Shima, S.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Protein-pyridinol thioester precursor for biosynthesis of the organometallic acyl-iron ligand in [Fe]-hydrogenase cofactor
著者: Fujishiro, T. / Kahnt, J. / Ermler, U. / Shima, S.

履歴

登録	2014年5月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年4月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月25日	Group: Database references / カテゴリ: struct_ref_seq_dif / Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3wvb.cif.gz	147.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3wvb.ent.gz	115.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3wvb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wv/3wvb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wv/3wvb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3wv7C 3wv8C 3wv9C 3wvaSC 3wvcC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3wva-d 5oy1-d 6d3a-1 6d36-3 4iis-2 2qty-1 3ur8-2 4duk-d 5d1b-1 4yzk-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: UPF0254 protein MJ1251

B: UPF0254 protein MJ1251

38.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.310, 73.110, 45.530
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 102.220, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 167 / Label seq-ID: 4 - 170

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	UPF0254 protein MJ1251 分子量: 19254.324 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌) 株: ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440 遺伝子: MJ1251 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Star 参照: UniProt: Q58649, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 333 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

UPF0254 protein MJ1251

分子量: 19254.324 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
株: ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440
遺伝子: MJ1251 / プラスミド: pET28b / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Star
参照: UniProt: Q58649, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 333 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.73 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20%(w/v)PEG3000, 200mM sodium chloride, 100mM HEPES-NaOH, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 1.27 Å

検出器

タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年9月12日

放射

モノクロメーター: A Si(111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.27 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 31585 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.62 % / B_iso Wilson estimate: 21.029 Å² / R_merge(I) obs: 0.023 / Χ²: 1.024 / Net I/σ(I): 39.88

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
1.7-1.8		0.996	0.042	25.62	16407	5017	4855	0.05	96.8
1.8-2.1		0.998	0.032	34.1	36652	9963	9875	0.037	99.1
2.1-2.3		0.998	0.027	38.67	13933	4019	3979	0.032	99
2.3-2.5		0.999	0.024	45.73	10979	2884	2864	0.028	99.3
2.5-2.8		0.999	0.023	45.68	10688	2900	2864	0.027	98.8
2.8-3.3		0.999	0.021	48.08	9541	2796	2750	0.025	98.4
3.3-4.3		0.999	0.019	57.59	9018	2409	2383	0.022	98.9
4.3-5.9		0.999	0.019	56.12	4241	1241	1221	0.023	98.4
5.9-8		0.998	0.021	55.85	1814	473	471	0.025	99.6
8-12		0.999	0.024	58.12	885	231	227	0.028	98.3
	12	0.997	0.031	54.08	328	101	96	0.036	95

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
REFMAC	5.8.0071	精密化
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
XDS		データスケーリング
XDS		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: SeMet-labelled HcgF PDB ENTRY 3WVA

3wva

解像度: 1.7→44.28 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 3.579 / SU ML: 0.06 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.103 / ESU R Free: 0.105 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1908	1600	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1452	-	-	-
obs	0.1476	31563	98.81 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 51.11 Å² / B_iso mean: 14.677 Å² / B_iso min: 5.16 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.01 Å²	0 Å²	-0.01 Å²
2-	-	0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→44.28 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2668	0	0	333	3001

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.022	0.019	2726
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.286	1.979	3666
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.936	5	338
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.798	24.958	119
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.922	15	531
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	24.353	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.19	0.2	415
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	1990
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.926	0.807	1340
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.357	1.21	1673
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.363	1.127	1386

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 219 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.11 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 1.701→1.745 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.175	114	-
R_work	0.137	2196	-
all	-	2310	-
obs	-	-	96.49 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3234	-0.1521	-0.2329	0.5236	-0.073	1.014	0.0254	0.1134	0.0393	-0.0148	-0.0149	0.0062	-0.0452	0.0384	-0.0105	0.0323	-0.0024	0.0024	0.0135	0.0042	0.0163	4.7572	-0.1173	11.2859
2	1.0673	-0.1868	0.1483	0.4321	0.2333	0.3795	-0.0161	-0.052	-0.0004	0.0231	0.0034	0.0243	0.0157	-0.005	0.0127	0.0202	0.0038	0.0034	0.0076	-0.0009	0.002	-7.9352	-0.1058	21.5943
3	1.7967	-0.3063	-0.4066	0.8413	-0.0045	0.6969	0.0133	0.1106	0.1262	-0.0661	-0.0395	0.0368	-0.0631	-0.0394	0.0262	0.0281	-0.0007	-0.0027	0.0128	-0.0015	0.0269	-15.8352	-7.3449	3.2485
4	0.7425	0.0181	-0.1145	0.2767	0.2467	0.4176	-0.0336	0.0745	-0.0522	0.0075	0.0062	0.0122	0.0073	-0.0122	0.0274	0.0304	-0.0076	0.0101	0.0084	-0.0066	0.019	-3.1307	-17.7538	2.6714

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 52
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	53 - 167
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	1 - 52
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	53 - 167

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関連情報:EMDBヘッダ

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