PDB-3wva: SeMet-labelled HcgF from Methanocaldococcus jannaschii

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3wva

タイトル

SeMet-labelled HcgF from Methanocaldococcus jannaschii

要素

UPF0254 protein MJ1251

キーワード

HYDROLASE / Thioesterase

機能・相同性

FeGP cofactor biosynthesis protein HcgF / FeGP cofactor biosynthesis protein HcgF / UPF0254 protein MJ1251

機能・相同性情報

生物種

Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Fujishiro, T. / Ermler, U. / Shima, S.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Protein-pyridinol thioester precursor for biosynthesis of the organometallic acyl-iron ligand in [Fe]-hydrogenase cofactor
著者: Fujishiro, T. / Kahnt, J. / Ermler, U. / Shima, S.

履歴

登録	2014年5月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年4月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3wva.cif.gz	147.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3wva.ent.gz	123.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3wva.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3wva_validation.pdf.gz	429.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3wva_full_validation.pdf.gz	435 KB	表示
XML形式データ	3wva_validation.xml.gz	18.4 KB	表示
CIF形式データ	3wva_validation.cif.gz	27.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wv/3wva ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wv/3wva	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3wv7C 3wv8C 3wv9C 3wvbC 3wvcC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3wvb-d 3ur8-2 2nxf-d 6q4l-d 6jms-d 6d3a-1 4ggd-1 6qvs-2 3s25-d 6ui3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: UPF0254 protein MJ1251

B: UPF0254 protein MJ1251

38.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.010, 72.730, 45.630
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 102.610, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	0	1	0	A	1 - 167
2	0	1	0	B	1 - 167

#1: タンパク質	UPF0254 protein MJ1251 分子量: 19441.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌) 株: ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440 遺伝子: MJ1251 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Star 参照: UniProt: Q58649, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 357 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

UPF0254 protein MJ1251

分子量: 19441.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
株: ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440
遺伝子: MJ1251 / プラスミド: pET28b / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Star
参照: UniProt: Q58649, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 357 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.38 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20%(w/v)PEG3000, 200mM sodium chloride, 100mM HEPES-NaOH, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 0.972, 0.9791, 0.9798

検出器

タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年12月11日

放射

モノクロメーター: A Si(111) double crystal monochromator
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.972	1
2	0.9791	1
3	0.9798	1

反射

解像度: 1.15→50 Å / Num. obs: 57849 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3 % / B_iso Wilson estimate: 16.887 Å² / R_merge(I) obs: 0.044 / Χ²: 1.028 / Net I/σ(I): 12.84

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
1.15-1.25		0.574	0.376	2.99	51075	23113	19732	0.467	85.4
1.25-1.4		0.3	0.208	5.87	70496	23475	23357	0.254	99.5
1.4-1.6		0.125	0.101	10.92	59498	19152	19087	0.123	99.7
1.6-1.95		0.057	0.056	17.52	55382	17410	17313	0.067	99.4
1.95-2.5		0.031	0.038	25.8	36374	11347	11250	0.046	99.1
2.5-3.1		0.028	0.035	27.49	14694	4912	4831	0.043	98.4
3.1-4.1		0.024	0.033	31.9	9942	3067	3032	0.04	98.9
4.1-6		0.025	0.033	28.81	4614	1604	1564	0.04	97.5
6-8		0.027	0.04	30.21	1438	446	443	0.047	99.3
8-12		0.027	0.043	30.34	762	236	233	0.051	98.7
	12	0.031	0.044	28.59	290	103	96	0.053	93.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
REFMAC	5.8.0071	精密化
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
XDS		データスケーリング
XDS		データ削減
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.4→37.98 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.953 / SU B: 1.804 / SU ML: 0.036 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.063 / ESU R Free: 0.069 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1903	2665	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1489	-	-	-
obs	0.151	52380	92.81 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 51.63 Å² / B_iso mean: 14.399 Å² / B_iso min: 5.78 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→37.98 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2668	0	0	357	3025

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.026	0.019	2799
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.449	1.993	3779
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.239	5	360
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.588	25.041	121
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.168	15	526
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	25.48	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.184	0.2	429
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	2054
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.037	0.754	1370
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.458	1.133	1717
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.554	1.072	1429

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 226 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.13 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 1.4→1.436 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.213	113	-
R_work	0.159	2289	-
all	-	2402	-
obs	-	-	57.91 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4613	-0.4228	-0.5842	0.5891	0.2429	0.7783	0.0089	0.0366	0.019	0.0065	-0.0046	-0.0127	0.0029	-0.0135	-0.0044	0.01	0.0016	-0.0042	0.0045	-0.0055	0.0106	16.8577	20.6215	36.6894
2	1.6182	-0.6151	0.6319	2.9561	-1.6729	1.8764	0.0046	0.0822	0.0814	0.0099	0.0243	-0.0868	-0.0631	0.0125	-0.0289	0.0068	-0.0018	0.0076	0.0298	0.0091	0.0181	26.2993	26.2285	30.7809
3	0.9968	-0.4061	-0.0256	0.5711	0.1116	0.3965	-0.0384	-0.1168	-0.0322	0.0757	0.0363	0.0408	0.0215	-0.0123	0.002	0.0176	0.0073	-0.0008	0.0176	-0.0009	0.0083	8.2013	20.2528	45.3432
4	3.985	-0.8372	0.6322	0.5941	0.0713	0.5428	0.0432	0.1045	0.1649	-0.0529	-0.0258	-0.0391	0.0222	0.0361	-0.0174	0.0133	-0.0007	-0.001	0.0089	0.0005	0.0122	14.2244	29.8069	38.8902
5	2.4366	-0.4213	-0.3647	0.5666	0.2687	0.4424	0.0089	0.0405	0.067	-0.0146	-0.0206	0.0148	-0.0202	-0.0114	0.0117	0.0072	0.0009	-0.0025	0.0116	-0.0119	0.018	7.0898	12.6401	28.1668
6	1.1184	0.86	-0.9153	2.3478	-1.9767	3.0652	-0.0534	0.1269	0.0727	-0.1485	-0.0306	-0.0151	0.0105	-0.1199	0.084	0.0259	0.0205	-0.0115	0.0454	0.0037	0.0713	-2.3223	18.6893	22.696
7	0.2816	-0.5872	0.1244	1.2575	-0.3673	0.5679	0.011	0.0124	0.0049	-0.032	-0.0532	-0.0259	0.0199	0.0307	0.0421	0.038	-0.0049	0.0015	0.041	0.0018	0.0535	16.1895	5.7604	36.0506
8	1.1314	0.6268	0.3965	4.6962	1.1259	0.3328	-0.1444	-0.0469	-0.0548	0.1467	0.1799	-0.0029	-0.0046	0.0367	-0.0355	0.031	0.0095	0.0146	0.0477	-0.0151	0.0669	29.1586	7.4143	29.2851
9	1.5844	0.1599	-0.4905	0.3436	0.0228	0.5013	-0.0256	0.0999	-0.0346	0.0008	-0.0171	0.0206	-0.0061	-0.0338	0.0427	0.0139	-0.0044	0.0005	0.0165	-0.0153	0.0217	11.6015	5.6422	22.5054

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 20
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	21 - 47
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	48 - 136
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	137 - 167
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	1 - 20
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	21 - 47
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	48 - 69
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	70 - 79
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	80 - 167

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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