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- PDB-3wuu: Structure basis of inactivating cell abscission with chimera peptide 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wuu
タイトルStructure basis of inactivating cell abscission with chimera peptide 1
要素
  • Centrosomal protein of 55 kDa
  • TEX-14
キーワードCELL CYCLE / Coiled-coil
機能・相同性
機能・相同性情報


intercellular bridge organization / negative regulation of cytokinesis / mitotic sister chromatid separation / attachment of spindle microtubules to kinetochore / male meiotic nuclear division / cranial skeletal system development / midbody abscission / Flemming body / intercellular bridge / mitotic spindle assembly checkpoint signaling ...intercellular bridge organization / negative regulation of cytokinesis / mitotic sister chromatid separation / attachment of spindle microtubules to kinetochore / male meiotic nuclear division / cranial skeletal system development / midbody abscission / Flemming body / intercellular bridge / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cleavage furrow / mitotic cytokinesis / centriole / cellular response to leukemia inhibitory factor / establishment of protein localization / kinetochore / midbody / protein kinase activity / cell division / centrosome / protein kinase binding / extracellular exosome / ATP binding / identical protein binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Inactive serine/threonine-protein kinase TEX14 / Centrosomal protein of 55kDa / TSG101 and ALIX binding domain of CEP55 / TSG101 and ALIX binding domain of CEP55 / Geminin coiled-coil domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats ...Inactive serine/threonine-protein kinase TEX14 / Centrosomal protein of 55kDa / TSG101 and ALIX binding domain of CEP55 / TSG101 and ALIX binding domain of CEP55 / Geminin coiled-coil domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Centrosomal protein of 55 kDa / Inactive serine/threonine-protein kinase TEX14
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.904 Å
データ登録者Kim, H.J. / Matsuura, A. / Lee, H.H.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Structural and biochemical insights into the role of testis-expressed gene 14 (TEX14) in forming the stable intercellular bridges of germ cells.
著者: Kim, H.J. / Yoon, J. / Matsuura, A. / Na, J.H. / Lee, W.K. / Kim, H. / Choi, J.W. / Park, J.E. / Park, S.J. / Kim, K.T. / Chang, R. / Lee, B.I. / Yu, Y.G. / Shin, Y.K. / Jeong, C. / Rhee, K. / Lee, H.H.
履歴
登録2014年5月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月7日Group: Database references
改定 1.22022年8月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Centrosomal protein of 55 kDa
B: Centrosomal protein of 55 kDa
C: TEX-14
D: Centrosomal protein of 55 kDa
E: Centrosomal protein of 55 kDa
F: TEX-14
G: Centrosomal protein of 55 kDa
H: Centrosomal protein of 55 kDa
I: TEX-14
J: Centrosomal protein of 55 kDa
K: Centrosomal protein of 55 kDa
L: TEX-14


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,79612
ポリマ－63,79612
非ポリマー00
水1,33374
1
A: Centrosomal protein of 55 kDa
B: Centrosomal protein of 55 kDa
C: TEX-14


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9493
ポリマ－15,9493
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3500 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area8910 Å2
手法PISA
2
D: Centrosomal protein of 55 kDa
E: Centrosomal protein of 55 kDa
F: TEX-14


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9493
ポリマ－15,9493
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3410 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area7520 Å2
手法PISA
3
G: Centrosomal protein of 55 kDa
H: Centrosomal protein of 55 kDa
L: TEX-14


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9493
ポリマ－15,9493
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3640 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area8220 Å2
手法PISA
4
I: TEX-14
J: Centrosomal protein of 55 kDa
K: Centrosomal protein of 55 kDa


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9493
ポリマ－15,9493
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3500 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area9170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.252, 104.795, 131.803
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11I-904-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Centrosomal protein of 55 kDa / Cep55 / Up-regulated in colon cancer 6


分子量: 7243.210 Da / 分子数: 8 / 断片: UNP residues 160-217 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CEP55 / プラスミド: pGST2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q53EZ4
#2: タンパク質・ペプチド
TEX-14


分子量: 1462.603 Da / 分子数: 4 / Mutation: P791D/I802P/P803G/P804Y / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic peptide / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8IWB6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.33 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20%(w/v) polyacrylic acid 5100, 0.2M magnesium chloride, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9781 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月23日
放射モノクロメーター: si 111 DCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9781 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. all: 17398 / Num. obs: 17000 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 62.34 Å2
反射 シェル最高解像度: 2.9 Å / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.904→49.374 Å / FOM work R set: 0.7863 / SU ML: 0.35 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.18 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2596 1686 10 %RANDOM
Rwork0.2244 ---
obs0.228 16857 99.52 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 116.08 Å2 / Biso mean: 48.88 Å2 / Biso min: 12.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.904→49.374 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3713 0 0 74 3787
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053773
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8935068
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062549
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004646
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.9241452
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.9041-2.98960.35671370.27121227136498
2.9896-3.08610.27061370.259912441381100
3.0861-3.19630.33721380.263412361374100
3.1963-3.32430.38161410.256512601401100
3.3243-3.47550.29631370.241412361373100
3.4755-3.65870.24831390.226512521391100
3.6587-3.88790.25881400.217612601400100
3.8879-4.18790.22961400.216812611401100
4.1879-4.60910.25911410.19712661407100
4.6091-5.27540.24581430.198812941437100
5.2754-6.64390.2771450.26512921437100
6.6439-49.38150.20531480.20691343149197

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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