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万見
- PDB-3wur: Structure of DMP19 Complex with 18-crown-6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wur
タイトルStructure of DMP19 Complex with 18-crown-6
要素Uncharacterized protein
キーワードGENE REGULATION / helix bundle / DNA mimic
機能・相同性A middle domain of Talin 1 - #60 / Domain of unknown function DUF4375 / DMP19-like protein / A middle domain of Talin 1 / Up-down Bundle / Mainly Alpha / 1,4,7,10,13,16-HEXAOXACYCLOOCTADECANE / L(+)-TARTARIC ACID / DNA mimic protein DMP19
機能・相同性情報
生物種Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Lee, C.C. / Wang, H.C. / Wang, A.H.J.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2014
タイトル: Crowning proteins: modulating the protein surface properties using crown ethers.
著者: Lee, C.C. / Maestre-Reyna, M. / Hsu, K.C. / Wang, H.C. / Liu, C.I. / Jeng, W.Y. / Lin, L.L. / Wood, R. / Chou, C.C. / Yang, J.M. / Wang, A.H.
履歴
登録2014年5月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月24日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / database_2 ...citation / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
B: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,76713
ポリマ－38,7152
非ポリマー2,05211
水8,791488
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0445
ポリマ－19,3571
非ポリマー6874
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7238
ポリマ－19,3571
非ポリマー1,3657
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.100, 67.100, 176.910
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-462-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 19357.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)
株: MC58 / 遺伝子: NMB0541 / プラスミド: pET16b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9K0P4

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非ポリマー , 5種, 499分子

#2: 化合物
ChemComp-O4B / 1,4,7,10,13,16-HEXAOXACYCLOOCTADECANE


分子量: 264.315 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H24O6
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID


分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 488 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.17 %
結晶化温度: 298 K / pH: 5.6
詳細: 0.2M Potassium sodium tartrate, 0.1M Na citrate, 1.6M Ammonium sulfate , pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13C1 / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→30 Å / Num. obs: 71243 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 9.7 % / Rmerge(I) obs: 0.041 / Rsym value: 0.041 / Net I/σ(I): 58.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIXモデル構築
REFMAC5.7.0032精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.45→29.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 0.894 / SU ML: 0.035 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.061 / ESU R Free: 0.066 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.204 3570 5 %RANDOM
Rwork0.169 ---
obs0.17 67437 97.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.09 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.32 Å2-0 Å20 Å2
2--0.32 Å2-0 Å2
3----0.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→29.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2594 0 136 488 3218
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0330.022787
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.0212586
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg3.0251.9963747
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.233.0446002
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5435325
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.50225.224134
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.29315432
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.9391510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2820.2396
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.0213051
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02603
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7351.6061306
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7221.6031305
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.4222.4031629
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.4222.4071630
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.5692.0161479
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.5712.0151476
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.12.8852114
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.04516.3523759
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.04616.3493758
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.45→1.49 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.24 234 -
Rwork0.232 4961 -
obs--97.98 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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