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万見
- PDB-3wtg: Crystal structure of Emu (dromaius novaehollandiae) hemoglobin at... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wtg
タイトルCrystal structure of Emu (dromaius novaehollandiae) hemoglobin at 2.3 angstrom resolution
要素
  • Hemoglobin
  • Hemoglobin subunit alpha-A
キーワードOXYGEN TRANSPORT / HEMOGLOBIN / OXYGEN AFFINITY / AVIAN / OXYGEN
機能・相同性
機能・相同性情報


hemoglobin complex / oxygen carrier activity / oxygen binding / iron ion binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily ...Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / OXYGEN MOLECULE / Hemoglobin / Hemoglobin subunit alpha-A
類似検索 - 構成要素
生物種Dromaius novaehollandiae (エミュー)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Abubakkar, M.M. / Maheshwaran, V. / Ponnuswamy, M.N. / Saraboji, K.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Purification and preliminary structural studies of hemoglobin from high oxygen affinity species Emu (Dromaius novaehollandiae) at neutral pH
著者: Abubakkar, M.M. / Saraboji, K. / Ponnuswamy, M.N.
履歴
登録2014年4月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年7月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemoglobin subunit alpha-A
B: Hemoglobin
C: Hemoglobin subunit alpha-A
D: Hemoglobin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,40212
ポリマ－63,8084
非ポリマー2,5948
水6,485360
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)66.271, 80.010, 103.559
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Hemoglobin subunit alpha-A


分子量: 15581.942 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dromaius novaehollandiae (エミュー) / 参照: UniProt: C6L8R0
#2: タンパク質 Hemoglobin


分子量: 16321.864 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dromaius novaehollandiae (エミュー) / 参照: UniProt: A0A075B5G0*PLUS
#3: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 化合物
ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE / ペルオキシド


分子量: 31.999 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 360 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細A SEQUENCE REFERENCE FOR THE CHAINS B AND D DOES NOT CURRENTLY EXIST.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.83 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 30% PEG 3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR-H / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年9月8日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→30 Å / Num. obs: 25129 / % possible obs: 99 % / Biso Wilson estimate: 26.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Mean I/σ(I) obs: 6.4 / Rsym value: 0.061 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
AUTOMARデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3FS4

3fs4


解像度: 2.3→29.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / SU B: 15.922 / SU ML: 0.179 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.505 / ESU R Free: 0.275 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.257 1259 5 %RANDOM
Rwork0.192 ---
obs0.196 23787 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.25 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.13 Å20 Å20 Å2
2--0.06 Å20 Å2
3---0.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→29.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4419 0 180 360 4959
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0224727
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023038
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5792.0536472
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.99137430
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7265564
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.8124.105190
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.60315752
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4381516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2716
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.025166
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02902
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7891.52833
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1881.51136
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.48324552
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.34731894
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5154.51920
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.338 92 -
Rwork0.218 1717 -
obs--99.45 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.28870.3389-0.10342.01880.18961.8311-0.07230.10130.0574-0.23570.09560.0461-0.12820.0408-0.02330.0814-0.0171-0.02950.02250.01520.024-3.68166.452.4989
22.55240.0138-0.1021.1985-0.14731.5338-0.0498-0.41320.00570.071-0.0423-0.00060.00170.01340.09210.02440.0007-0.00040.101-0.02430.0227-7.25667.015426.5259
31.83930.60710.52872.00960.67021.80460.0659-0.11120.2552-0.0398-0.08410.0991-0.0715-0.08230.01830.0180.0066-0.00550.0143-0.02760.0705-35.0472-0.4110.3389
41.6712-0.2111-0.48350.8571-0.16291.3141-0.0679-0.23-0.21180.0106-0.0189-0.01760.0560.02010.08680.03630.00860.00120.03770.03110.0334-20.0377-19.135614.2114
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 138
2X-RAY DIFFRACTION1A201 - 202
3X-RAY DIFFRACTION2B1 - 146
4X-RAY DIFFRACTION2B201 - 202
5X-RAY DIFFRACTION3C1 - 138
6X-RAY DIFFRACTION3C201 - 202
7X-RAY DIFFRACTION4D1 - 146
8X-RAY DIFFRACTION4D201 - 202

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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