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- PDB-3wsz: SorLA Vps10p domain in complex with Abeta-derived peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wsz
タイトルSorLA Vps10p domain in complex with Abeta-derived peptide
要素
  • 10-mer peptide
  • Sortilin-related receptor
キーワードPROTEIN BINDING / Beta-Propeller / Receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of early endosome to recycling endosome transport / negative regulation of neurofibrillary tangle assembly / positive regulation of glial cell-derived neurotrophic factor production / perinucleolar compartment / positive regulation of endocytic recycling / Golgi cisterna / positive regulation of ER to Golgi vesicle-mediated transport / adaptive thermogenesis / post-Golgi vesicle-mediated transport / protein retention in Golgi apparatus ...positive regulation of early endosome to recycling endosome transport / negative regulation of neurofibrillary tangle assembly / positive regulation of glial cell-derived neurotrophic factor production / perinucleolar compartment / positive regulation of endocytic recycling / Golgi cisterna / positive regulation of ER to Golgi vesicle-mediated transport / adaptive thermogenesis / post-Golgi vesicle-mediated transport / protein retention in Golgi apparatus / protein transporter activity / negative regulation of triglyceride catabolic process / positive regulation of protein exit from endoplasmic reticulum / protein localization to Golgi apparatus / positive regulation of protein localization to early endosome / low-density lipoprotein particle receptor activity / negative regulation of amyloid precursor protein catabolic process / endosome to plasma membrane protein transport / low-density lipoprotein particle binding / aspartic-type endopeptidase inhibitor activity / protein targeting to lysosome / multivesicular body membrane / regulation of smooth muscle cell migration / neuropeptide binding / retrograde transport, endosome to Golgi / insulin receptor recycling / transport vesicle membrane / diet induced thermogenesis / nuclear envelope lumen / negative regulation of amyloid-beta formation / negative regulation of BMP signaling pathway / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / neuropeptide signaling pathway / negative regulation of protein-containing complex assembly / protein targeting / positive regulation of adipose tissue development / multivesicular body / receptor-mediated endocytosis / trans-Golgi network / recycling endosome / negative regulation of neurogenesis / small GTPase binding / recycling endosome membrane / positive regulation of protein catabolic process / transmembrane signaling receptor activity / cell migration / amyloid-beta binding / early endosome membrane / early endosome / endosome membrane / endosome / Amyloid fiber formation / Golgi membrane / neuronal cell body / endoplasmic reticulum membrane / cell surface / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / extracellular space / extracellular exosome / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
VPS10 / Sortilin, C-terminal / Sortilin, N-terminal / : / Sortilin, neurotensin receptor 3, C-terminal / Sortilin, neurotensin receptor 3, / VPS10 / Low-density lipoprotein receptor repeat class B / LDL-receptor class B (LDLRB) repeat profile. / LDLR class B repeat ...VPS10 / Sortilin, C-terminal / Sortilin, N-terminal / : / Sortilin, neurotensin receptor 3, C-terminal / Sortilin, neurotensin receptor 3, / VPS10 / Low-density lipoprotein receptor repeat class B / LDL-receptor class B (LDLRB) repeat profile. / LDLR class B repeat / Low-density lipoprotein-receptor YWTD domain / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. / LDL-receptor class A (LDLRA) domain profile. / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / LDL receptor-like superfamily / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / Fibronectin type III domain / EGF-like domain signature 2. / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Sortilin-related receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.201 Å
データ登録者Kitago, Y. / Nakata, Z. / Nagae, M. / Nogi, T. / Takagi, J.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2015
タイトル: Structural basis for amyloidogenic peptide recognition by sorLA.
著者: Kitago, Y. / Nagae, M. / Nakata, Z. / Yagi-Utsumi, M. / Takagi-Niidome, S. / Mihara, E. / Nogi, T. / Kato, K. / Takagi, J.
履歴
登録2014年3月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年2月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sortilin-related receptor
C: 10-mer peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,1826
ポリマ－77,2982
非ポリマー8854
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1790 Å2
ΔGint9 kcal/mol
Surface area27100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)163.735, 163.735, 121.093
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number180
Space group name H-MP6222

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要素

#1: タンパク質 Sortilin-related receptor / Neuronal extracellular receptor


分子量: 76568.766 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal domain, UNP residues 86-753 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SORL1 / プラスミド: pEF / 細胞株 (発現宿主): CHO Cells
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
Variant (発現宿主): lec 3.2.8.1 / 参照: UniProt: Q92673
#2: タンパク質・ペプチド 10-mer peptide


分子量: 728.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in humans / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
Has protein modificationY
配列の詳細THIS RESIDUE BELONGS TO PROTEIN SEQUENCE, 29TH GLU OF Q92673.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.49 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 0.1M Tris, 1.41M Sodium Acetate, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月18日
詳細: The double crystal monochromator and the K-B mirror system
放射モノクロメーター: Double Si 111 crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. all: 16303 / Num. obs: 16271 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): -1 / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 99.1 Å2 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 29.1
反射 シェル解像度: 3.2→3.31 Å / 冗長度: 7.8 % / Mean I/σ(I) obs: 4.77 / Num. unique all: 1580 / Rsym value: 0.48 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
UGUISデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3WSY

3wsy


解像度: 3.201→49.009 Å / FOM work R set: 0.7513 / SU ML: 0.38 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2963 816 5.02 %RANDOM
Rwork0.2729 ---
obs0.274 16244 99.7 %-
all-16293 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 207.77 Å2 / Biso mean: 129.93 Å2 / Biso min: 88.55 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.201→49.009 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4525 0 56 0 4581
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0064702
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0496367
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068689
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004812
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2791688
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.2015-3.4020.34771360.331425032639100
3.402-3.66460.3791410.323925122653100
3.6646-4.03320.33671570.30525092666100
4.0332-4.61650.29521260.263725622688100
4.6165-5.81480.25711320.247926112743100
5.8148-49.01490.26671240.25892731285599

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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