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- PDB-3wsx: SorLA Vps10p domain in ligand-free form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wsx
タイトルSorLA Vps10p domain in ligand-free form
要素Sortilin-related receptor
キーワードPROTEIN BINDING / Beta-Propeller / Receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of early endosome to recycling endosome transport / negative regulation of neurofibrillary tangle assembly / positive regulation of glial cell-derived neurotrophic factor production / perinucleolar compartment / positive regulation of endocytic recycling / Golgi cisterna / positive regulation of ER to Golgi vesicle-mediated transport / adaptive thermogenesis / post-Golgi vesicle-mediated transport / protein retention in Golgi apparatus ...positive regulation of early endosome to recycling endosome transport / negative regulation of neurofibrillary tangle assembly / positive regulation of glial cell-derived neurotrophic factor production / perinucleolar compartment / positive regulation of endocytic recycling / Golgi cisterna / positive regulation of ER to Golgi vesicle-mediated transport / adaptive thermogenesis / post-Golgi vesicle-mediated transport / protein retention in Golgi apparatus / protein transporter activity / negative regulation of triglyceride catabolic process / positive regulation of protein exit from endoplasmic reticulum / protein localization to Golgi apparatus / positive regulation of protein localization to early endosome / low-density lipoprotein particle receptor activity / negative regulation of amyloid precursor protein catabolic process / endosome to plasma membrane protein transport / low-density lipoprotein particle binding / aspartic-type endopeptidase inhibitor activity / protein targeting to lysosome / multivesicular body membrane / regulation of smooth muscle cell migration / neuropeptide binding / retrograde transport, endosome to Golgi / insulin receptor recycling / transport vesicle membrane / diet induced thermogenesis / nuclear envelope lumen / negative regulation of amyloid-beta formation / negative regulation of BMP signaling pathway / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / neuropeptide signaling pathway / negative regulation of protein-containing complex assembly / protein targeting / positive regulation of adipose tissue development / multivesicular body / receptor-mediated endocytosis / trans-Golgi network / recycling endosome / negative regulation of neurogenesis / small GTPase binding / recycling endosome membrane / positive regulation of protein catabolic process / transmembrane signaling receptor activity / cell migration / amyloid-beta binding / early endosome membrane / early endosome / endosome membrane / endosome / Amyloid fiber formation / Golgi membrane / neuronal cell body / endoplasmic reticulum membrane / cell surface / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / extracellular space / extracellular exosome / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 - #270 / VPS10 / Sortilin, C-terminal / Sortilin, N-terminal / : / Sortilin, neurotensin receptor 3, C-terminal / Sortilin, neurotensin receptor 3, / VPS10 / Low-density lipoprotein receptor repeat class B / LDL-receptor class B (LDLRB) repeat profile. ...Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 - #270 / VPS10 / Sortilin, C-terminal / Sortilin, N-terminal / : / Sortilin, neurotensin receptor 3, C-terminal / Sortilin, neurotensin receptor 3, / VPS10 / Low-density lipoprotein receptor repeat class B / LDL-receptor class B (LDLRB) repeat profile. / LDLR class B repeat / Low-density lipoprotein-receptor YWTD domain / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. / LDL-receptor class A (LDLRA) domain profile. / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / LDL receptor-like superfamily / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / Fibronectin type III domain / EGF-like domain signature 2. / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Sortilin-related receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Kitago, Y. / Nakata, Z. / Nagae, M. / Nogi, T. / Takagi, J.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2015
タイトル: Structural basis for amyloidogenic peptide recognition by sorLA.
著者: Kitago, Y. / Nagae, M. / Nakata, Z. / Yagi-Utsumi, M. / Takagi-Niidome, S. / Mihara, E. / Nogi, T. / Kato, K. / Takagi, J.
履歴
登録2014年3月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年2月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sortilin-related receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,25614
ポリマ－82,8401
非ポリマー1,41613
水2,702150
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.371, 126.371, 290.282
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 Sortilin-related receptor / Neuronal extracellular receptor


分子量: 82839.961 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal domain, UNP residues 29-753 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SORL1 / プラスミド: pEF / 細胞株 (発現宿主): CHO Cells
発現宿主: Cricetulus Griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
Variant (発現宿主): lec 3.2.8.1 / 参照: UniProt: Q92673
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.1M Sodium Acetate, 1.2M Sodium dihydrogen phosphate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月8日
詳細: The double crystal monochromator and the K-B mirror system
放射モノクロメーター: Double Si 111 crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→50 Å / Num. all: 57640 / Num. obs: 56199 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): -1 / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 11.4 % / Biso Wilson estimate: 56.6 Å2 / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 34
反射 シェル解像度: 2.35→2.43 Å / 冗長度: 8.9 % / Mean I/σ(I) obs: 4.37 / Num. unique all: 5658 / Rsym value: 0.486 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
UGUISデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3F6K

3f6k


解像度: 2.35→47.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 4.525 / SU ML: 0.109 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): -1 / ESU R: 0.196 / ESU R Free: 0.177 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23757 2849 5.1 %RANDOM
Rwork0.20759 ---
obs0.20912 53349 97.6 %-
all-54661 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 48.109 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20.01 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→47.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4830 0 86 150 5066
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0195037
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6541.9496812
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6955597
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.7623.745243
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.02215798
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.5491529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.2721
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0213849
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.354→2.415 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.384 195 -
Rwork0.318 3910 -
obs--98.87 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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