PDB-3wsg: Reduced HcgD from Methanocaldococcus jannaschii with citrate

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3wsg

タイトル

Reduced HcgD from Methanocaldococcus jannaschii with citrate

要素

Putative GTP cyclohydrolase 1 type 2

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / NIF3-related protein

機能・相同性

NIF3 (NGG1p interacting factor 3)-like / Udp-n-acetylmuramoylalanyl-d-glutamate--2,6- Diaminopimelate Ligase; Chain: A, domain 1 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / CITRIC ACID / :

機能・相同性情報

生物種

Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.996 Å

データ登録者

Fujishiro, T. / Ermler, U. / Shima, S.

引用

ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2014
タイトル: A possible iron delivery function of the dinuclear iron center of HcgD in [Fe]-hydrogenase cofactor biosynthesis
著者: Fujishiro, T. / Ermler, U. / Shima, S.

履歴

登録	2014年3月13日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2014年8月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3wsg.cif.gz	602.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3wsg.ent.gz	500.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3wsg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3wsg_validation.pdf.gz	468.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3wsg_full_validation.pdf.gz	475 KB	表示
XML形式データ	3wsg_validation.xml.gz	59.7 KB	表示
CIF形式データ	3wsg_validation.cif.gz	85 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ws/3wsg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ws/3wsg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3wsdC 3wseC 3wsfC 3wshC 3wsiC 2fywS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3wsh-1 3wsh-4 3wse-d 3wsd-d 3wsi-d 3wsf-d 3wsh-6 3wsh-5 3wsh-2 3wsh-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (1) #244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (1) #147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (1) #61 - 2005年1月フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (1)
#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (1)
#244 - 2020年4月
光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes)
類似性 (1)
#147 - 2012年3月
ロドプシン (Rhodopsin)
類似性 (1)
#61 - 2005年1月
フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative GTP cyclohydrolase 1 type 2

B: Putative GTP cyclohydrolase 1 type 2

C: Putative GTP cyclohydrolase 1 type 2

D: Putative GTP cyclohydrolase 1 type 2

E: Putative GTP cyclohydrolase 1 type 2

F: Putative GTP cyclohydrolase 1 type 2

ヘテロ分子

171 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.270, 136.450, 160.780
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Putative GTP cyclohydrolase 1 type 2 / HcgD / GTP cyclohydrolase I 分子量: 28254.553 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌) 株: DSM 2661 / 遺伝子: MJ0927 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Star
#2: 化合物	ChemComp-FE2 / FE (II) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 880 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THE SEQUENCE HAS ALREADY BEEN DEPOSITED GENBANK, NP_247922. N-TERMINAL RESIDUE, GLY (-2), SER (-1), ...THE SEQUENCE HAS ALREADY BEEN DEPOSITED GENBANK, NP_247922. N-TERMINAL RESIDUE, GLY (-2), SER (-1), HIS(0), ARE THE EXPRESSION TAGS.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.05 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 10%(w/v) PEG4000, 10%(v/v) 2-propanol, 0.1M sodium citrate, 5mM sodium dithionite, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年8月16日

放射

モノクロメーター: Si(111) monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.996→50 Å / Num. obs: 141960 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.86 % / B_iso Wilson estimate: 28.53 Å² / R_merge(I) obs: 0.082 / Χ²: 1.007 / Net I/σ(I): 14

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
2-2.1		0.773	0.851	2.67	93665	19165	19087	0.953	99.6
2.1-2.3		0.462	0.465	4.47	136480	29163	29007	0.524	99.5
2.3-2.7		0.197	0.201	9	179554	35554	35461	0.225	99.7
2.7-3.2		0.087	0.087	16.17	112377	23134	23049	0.097	99.6
3.2-4.1		0.037	0.046	25.75	87384	18362	18279	0.052	99.5
4.1-5.9		0.022	0.032	35.8	54003	11241	11186	0.036	99.5
5.9-8		0.022	0.03	37.06	15510	3477	3464	0.034	99.6
8-12		0.014	0.023	47.85	7882	1687	1675	0.026	99.3
	12	0.014	0.023	47.6	3412	781	752	0.026	96.3

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定
PHENIX	1.8.4_1496	精密化
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2FYW

2fyw

解像度: 1.996→45.655 Å / FOM work R set: 0.8561 / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.51 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.208	7115	5.01 %	RANDOM
R_work	0.1761	-	-	-
obs	0.1777	141879	99.53 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 91.78 Å² / B_iso mean: 34.32 Å² / B_iso min: 15.85 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.996→45.655 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11675	0	84	880	12639

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	11957
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.181	16127
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	1850
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2044
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.798	4545

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.996-2.0186	0.2921	215	0.2638	4373	4588	98
2.0186-2.0424	0.283	256	0.2511	4428	4684	100
2.0424-2.0673	0.2764	237	0.2588	4484	4721	99
2.0673-2.0935	0.2864	242	0.2453	4410	4652	99
2.0935-2.121	0.256	216	0.2268	4474	4690	100
2.121-2.1501	0.2602	226	0.2154	4451	4677	100
2.1501-2.1808	0.2466	222	0.2156	4464	4686	100
2.1808-2.2133	0.2371	221	0.211	4488	4709	100
2.2133-2.2479	0.2881	234	0.2247	4437	4671	99
2.2479-2.2848	0.2464	228	0.2093	4407	4635	99
2.2848-2.3242	0.23	236	0.1944	4483	4719	100
2.3242-2.3664	0.2653	255	0.1958	4450	4705	100
2.3664-2.4119	0.2409	238	0.1967	4449	4687	100
2.4119-2.4612	0.2307	243	0.1953	4458	4701	100
2.4612-2.5147	0.2222	250	0.1801	4492	4742	100
2.5147-2.5732	0.213	255	0.1779	4457	4712	100
2.5732-2.6375	0.2257	235	0.1911	4494	4729	100
2.6375-2.7088	0.2161	235	0.1907	4475	4710	100
2.7088-2.7885	0.2434	236	0.1953	4495	4731	100
2.7885-2.8785	0.2379	230	0.1881	4474	4704	100
2.8785-2.9814	0.2351	212	0.1807	4529	4741	99
2.9814-3.1007	0.2121	231	0.1876	4482	4713	100
3.1007-3.2418	0.2427	257	0.1818	4493	4750	100
3.2418-3.4127	0.1992	268	0.1841	4515	4783	100
3.4127-3.6264	0.2113	259	0.1792	4477	4736	100
3.6264-3.9063	0.2009	221	0.1631	4564	4785	99
3.9063-4.2991	0.1719	232	0.1407	4556	4788	100
4.2991-4.9206	0.1386	240	0.1248	4562	4802	99
4.9206-6.1969	0.1635	231	0.1438	4642	4873	100
6.1969-45.6672	0.156	254	0.1421	4801	5055	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.7901	-0.2898	0.4303	5.0527	0.4799	2.9938	0.0835	-0.056	-0.4616	0.0742	0.0914	-0.1182	0.383	0.345	-0.1661	0.1901	0.0214	-0.0083	0.2	0.0253	0.1783	11.8452	-45.0733	-7.9868
2	3.5713	3.2551	-2.045	7.9735	-2.0223	2.3562	0.0133	0.2696	0.1709	-0.0836	0.0946	0.1103	0.0908	0.1836	-0.1001	0.1373	0.0252	0.0113	0.1899	-0.0002	0.1304	11.8568	-32.9273	-12.5458
3	6.0108	1.0478	-1.1569	1.8656	-0.3448	2.5578	0.0257	-0.1783	-0.8409	-0.0187	0.2116	0.3609	0.5441	-0.2035	-0.2013	0.3343	-0.0497	-0.0839	0.197	0.1209	0.4373	-13.4641	-51.9606	-11.0883
4	4.8898	-1.0566	2.2555	0.4773	-0.4121	2.0426	0.1454	-0.2785	-0.507	-0.0119	0.0394	0.1529	0.232	-0.144	-0.1985	0.2329	-0.0378	-0.0035	0.1499	0.0524	0.2356	-12.9249	-43.4136	-10.8846
5	3.1565	0.5631	-1.3023	8.0985	0.6913	7.6497	-0.0237	-0.0954	0.454	0.0011	0.1521	0.183	-0.6773	-0.5273	-0.0925	0.1768	0.1072	0.0315	0.2336	0.0326	0.289	19.5494	-10.8576	-21.9772
6	4.0758	2.741	-0.412	5.6809	-0.2921	1.6327	0.0534	-0.2095	0.0669	0.1948	-0.0662	-0.0187	-0.082	-0.1489	0.0163	0.1618	0.0469	0.0134	0.2015	0.0223	0.1193	24.9923	-23.4358	-17.0701
7	8.1429	0.9092	-1.9444	4.3866	-1.8989	6.1389	-0.0375	0.1644	0.7316	-0.3366	0.179	0.1308	-0.6922	-0.2208	-0.1541	0.3598	0.0297	-0.0007	0.1472	0.0317	0.2229	27.0131	-7.6848	-39.6403
8	3.4238	0.2419	0.6382	4.8726	1.5822	3.8887	-0.0942	0.3737	0.1567	-0.3485	0.1545	-0.257	-0.3068	0.0889	-0.0473	0.2274	-0.0288	0.0354	0.1928	0.0168	0.1479	33.7146	-17.103	-48.8866
9	2.2336	-0.0704	0.4193	6.1975	1.7946	4.3768	0.0569	-0.0455	0.2131	-0.0794	0.0017	-0.1568	-0.3483	0.0309	-0.0911	0.2065	-0.0135	0.0279	0.1933	0.0178	0.2085	34.351	-12.0922	-24.6836
10	6.2543	-1.3812	-1.2377	6.4524	-0.1531	3.6494	-0.0048	-0.4637	0.7468	0.1198	0.0626	-0.3145	-0.4707	0.5219	-0.0857	0.21	-0.0721	-0.0639	0.2816	-0.0888	0.2717	6.6294	-11.1301	-66.1326
11	2.4954	-1.8147	1.4852	5.0475	-1.1782	3.6746	-0.0208	0.1636	0.0499	-0.2246	-0.0788	-0.3378	-0.1101	0.4516	0.0847	0.1315	-0.0199	0.0168	0.2849	-0.0442	0.1888	8.5003	-23.7749	-73.028
12	8.3397	-1.089	1.8386	2.2479	0.0764	5.0258	-0.1252	-0.4937	0.8028	0.299	-0.0001	0.0515	-0.4716	0.0107	0.07	0.2992	-0.0199	-0.0196	0.1635	-0.0982	0.2923	-12.5256	-8.6213	-63.5489
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15	1.9661	0.8846	0.4172	5.1721	-0.3862	4.623	-0.0521	0.3729	-0.3021	-0.244	0.0532	-0.0453	0.3926	0.0342	-0.0023	0.1593	0.0271	-0.0007	0.2903	-0.0577	0.2048	23.4414	-44.5189	-65.3981
16	3.805	-3.4928	2.2285	7.8031	-2.9288	1.4873	-0.1267	0.0101	-0.0329	0.0102	0.1268	0.0219	-0.0524	-0.0884	0.028	0.1467	-0.0148	0.0107	0.3007	-0.0579	0.1837	19.3122	-32.7056	-63.6621
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24	5.3215	0.838	-3.4215	0.3099	-0.9766	3.252	-0.2621	0.3826	-0.4922	-0.0894	0.0942	-0.0373	0.4187	-0.3575	0.1806	0.2907	-0.034	-0.0168	0.2228	-0.0914	0.2518	-23.1856	-43.9597	-63.4631
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27	2.8678	0.4388	0.5694	2.0993	0.6106	7.0955	0.0728	0.0374	0.4832	0.0094	0.0077	-0.1047	-0.5896	0.1656	-0.0531	0.2022	-0.0185	0.0173	0.1116	0.0075	0.3044	-13.827	-9.5871	-11.5505
28	4.5188	-1.7925	0.5775	4.3885	0.933	3.6065	0.012	-0.0546	0.0732	0.0122	-0.0459	-0.0654	0.0323	0.2567	0.0236	0.1473	-0.0307	-0.001	0.1386	0.0421	0.1512	-6.8507	-20.2646	-8.4711
29	3.755	-1.0054	1.4528	4.7757	-0.4997	3.0379	-0.0161	-0.0122	0.2003	0.0962	-0.1105	0.2403	-0.2851	-0.2982	0.1479	0.2098	0.0115	0.0182	0.1837	-0.0324	0.2175	-30.1197	-13.7103	-18.6018

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESSEQ 2:69 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESSEQ 70:103 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESSEQ 104:154 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESSEQ 155:249 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN B AND (RESSEQ 5:34 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN B AND (RESSEQ 35:103 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN B AND (RESSEQ 104:135 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN B AND (RESSEQ 136:220 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN B AND (RESSEQ 221:249 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN C AND (RESSEQ 5:34 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN C AND (RESSEQ 35:103 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN C AND (RESSEQ 104:135 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN C AND (RESSEQ 136:202 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN C AND (RESSEQ 203:249 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN D AND (RESSEQ 3:69 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	CHAIN D AND (RESSEQ 70:103 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	CHAIN D AND (RESSEQ 104:135 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	CHAIN D AND (RESSEQ 136:202 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	CHAIN D AND (RESSEQ 203:249 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	CHAIN E AND (RESSEQ 6:61 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	CHAIN E AND (RESSEQ 62:103 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	CHAIN E AND (RESSEQ 104:135 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	CHAIN E AND (RESSEQ 136:202 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	CHAIN E AND (RESSEQ 203:249 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	CHAIN F AND (RESSEQ 5:34 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	CHAIN F AND (RESSEQ 35:103 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	CHAIN F AND (RESSEQ 104:154 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	CHAIN F AND (RESSEQ 155:220 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	CHAIN F AND (RESSEQ 221:249 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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