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- PDB-3wsf: Oxidized HcgD from Methanocaldococcus jannaschii with citrate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wsf
タイトルOxidized HcgD from Methanocaldococcus jannaschii with citrate
要素Putative GTP cyclohydrolase 1 type 2
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / NIF3-related protein
機能・相同性NIF3 (NGG1p interacting factor 3)-like / Udp-n-acetylmuramoylalanyl-d-glutamate--2,6- Diaminopimelate Ligase; Chain: A, domain 1 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / CITRIC ACID / :
機能・相同性情報
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Fujishiro, T. / Ermler, U. / Shima, S.
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2014
タイトル: A possible iron delivery function of the dinuclear iron center of HcgD in [Fe]-hydrogenase cofactor biosynthesis
著者: Fujishiro, T. / Ermler, U. / Shima, S.
履歴
登録2014年3月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年8月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative GTP cyclohydrolase 1 type 2
B: Putative GTP cyclohydrolase 1 type 2
C: Putative GTP cyclohydrolase 1 type 2
D: Putative GTP cyclohydrolase 1 type 2
E: Putative GTP cyclohydrolase 1 type 2
F: Putative GTP cyclohydrolase 1 type 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,01518
ポリマ－169,5276
非ポリマー1,48812
水22,7711264
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15420 Å2
ΔGint-135 kcal/mol
Surface area60410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.190, 137.250, 160.910
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質
Putative GTP cyclohydrolase 1 type 2 / HcgD / GTP cyclohydrolase I


分子量: 28254.553 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
株: DSM 2661 / 遺伝子: MJ0927 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Star
#2: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物
ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1264 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE SEQUENCE HAS ALREADY BEEN DEPOSITED GENBANK, NP_247922. N-TERMINAL RESIDUE, GLY (-2), SER (-1), ...THE SEQUENCE HAS ALREADY BEEN DEPOSITED GENBANK, NP_247922. N-TERMINAL RESIDUE, GLY (-2), SER (-1), HIS(0), ARE THE EXPRESSION TAGS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.29 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 10%(w/v) PEG4000, 10%(v/v) 2-propanol, 0.1M Sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年8月16日
放射モノクロメーター: Si(111) monochrometer / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 141911 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.11 % / Biso Wilson estimate: 24.37 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Χ2: 1.034 / Net I/σ(I): 11.08
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
2-2.10.8330.7352.677706419201191460.84499.7
2.1-2.30.4310.4274.7212387429160290620.48599.7
2.3-2.80.2090.2078.4217273241564414240.23699.7
2.8-3.30.0860.09314.458258020214201380.10799.6
3.3-4.30.0440.05620.687093317556174440.06499.4
4.3-5.90.0330.04424.6534123898188490.05198.5
5.9-80.0310.04126.2913761347834420.04799
8-120.0230.03130.35926168816550.03798
120.0190.02932.6628747837510.03495.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.8.4_1496精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2FYW

2fyw


解像度: 2→45.778 Å / FOM work R set: 0.8549 / SU ML: 0.24 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.72 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2145 7111 5.01 %RANDOM
Rwork0.1777 ---
obs0.1796 141838 99.5 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 80.62 Å2 / Biso mean: 29.73 Å2 / Biso min: 11.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→45.778 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11689 0 84 1264 13037
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00811987
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.10516172
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051856
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052050
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1384492
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2-2.02270.33922460.303444524698100
2.0227-2.04650.32792250.281144554680100
2.0465-2.07140.33022270.263144774704100
2.0714-2.09770.26552680.246543754643100
2.0977-2.12530.26612410.222644724713100
2.1253-2.15440.27052160.21454466468299
2.1544-2.18520.24722330.211844344667100
2.1852-2.21780.2222600.197744554715100
2.2178-2.25240.23552380.199744734711100
2.2524-2.28940.25162520.189844484700100
2.2894-2.32880.23162050.195444874692100
2.3288-2.37120.26122250.193644864711100
2.3712-2.41680.21462290.190244514680100
2.4168-2.46610.22832450.184644654710100
2.4661-2.51970.22312240.178145204744100
2.5197-2.57830.23472260.177744764702100
2.5783-2.64280.23292120.18644492470499
2.6428-2.71430.22012270.180444634690100
2.7143-2.79410.22892520.184844924744100
2.7941-2.88430.23812320.190544784710100
2.8843-2.98740.21672310.173445074738100
2.9874-3.10690.22482420.177644674709100
3.1069-3.24830.2092180.177145204738100
3.2483-3.41950.22552420.17664535477799
3.4195-3.63370.19832810.177244674748100
3.6337-3.91410.19912300.15854533476399
3.9141-4.30770.16462310.1414544477599
4.3077-4.93040.14732420.12664496473898
4.9304-6.20940.20482730.1594569484299
6.2094-45.78970.18022380.16274772501098
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.9297-0.49090.40282.7075-0.26061.80830.0713-0.0471-0.3444-0.0250.04420.16820.2682-0.2733-0.10040.1471-0.0352-0.010.1661-0.00620.157-11.8493-113.7966-72.3971
21.1247-1.2691-0.60543.52560.26911.29670.0397-0.17170.10480.05190.0284-0.05160.0537-0.1277-0.08350.1578-0.0055-0.00240.2094-0.01540.1794-11.8436-101.6121-67.9555
33.2190.14550.15981.27360.59661.79370.09980.0647-0.69150.00630.1804-0.22670.44640.1466-0.22390.25870.0681-0.08080.1267-0.07530.350613.4236-120.6775-69.3395
43.54760.69111.75470.62370.40941.60840.13930.136-0.29170.05660.0022-0.10310.17480.0954-0.09610.18570.0251-0.01260.1198-0.04590.200712.912-112.1599-69.5747
51.4225-0.2779-0.18562.82290.91062.81260.01110.0390.335-0.0130.1058-0.2374-0.34880.3518-0.11860.2259-0.08860.03620.2166-0.03970.2463-19.1948-79.7074-57.9921
63.38690.2016-0.80672.6281-0.65831.72740.16940.3040.218-0.1893-0.0186-0.1043-0.37250.1697-0.09180.2508-0.03510.01330.199-0.02320.1579-26.014-85.0849-66.2857
73.03950.46640.35524.1071-1.62573.5117-0.07680.1722-0.0786-0.15290.1510.12850.0077-0.249-0.01070.14820.00150.01140.1956-0.05110.1622-31.5522-90.9932-64.7483
81.9139-1.2125-0.88393.45311.20341.1281-0.0048-0.00470.05530.06420.0693-0.03720.06650.2376-0.06340.1606-0.02350.00920.2084-0.01240.1332-21.3718-95.9311-61.4404
92.5758-0.3638-0.6881.2822-0.66172.9755-0.0072-0.2720.38680.21550.15470.1384-0.5932-0.0341-0.12360.31290.03930.02120.1499-0.04980.2233-32.1688-77.193-38.1344
101.556-0.17140.31362.4751-0.92671.9198-0.0846-0.27160.08980.31960.1640.1791-0.1722-0.1382-0.04270.28720.03570.0250.2547-0.01040.1839-35.511-85.1713-31.9297
112.98850.0472-0.68884.98181.17632.69730.0489-0.33990.01680.11880.0268-0.2745-0.13510.1586-0.03820.22480.02590.00310.2212-0.01060.1413-26.7663-87.4803-31.1015
121.1282-0.16010.60641.6072-0.4492.6564-0.0292-0.3038-0.18410.18360.14180.02770.0459-0.0075-0.03140.21160.02820.01070.24230.02340.1669-31.132-93.2174-28.7301
131.24470.3865-0.22282.0928-0.21151.65830.01910.0270.0902-0.1154-0.05180.1281-0.16260.02010.04150.20920.02520.0210.1651-0.01230.1682-34.2836-80.7143-55.8372
142.59770.96620.63732.770.23471.4729-0.07450.00030.26520.02810.0140.1628-0.1349-0.26270.05570.1490.02810.00610.26710.04730.1894-7.9438-88.7156-9.4055
153.57770.05711.27650.93540.43512.4837-0.05190.21850.3702-0.16780.05-0.0572-0.2992-0.0096-0.01150.28360.0207-0.00750.18520.08160.281712.5119-77.3325-16.6837
161.9356-0.9772-0.07812.21381.24292.7996-0.02510.17970.06620.0593-0.0083-0.1227-0.14270.12490.03280.1698-0.0172-0.00070.1670.0490.189723.5872-87.1283-15.8254
172.0378-0.1542-0.51022.3606-0.14270.98690.00090.01660.17650.1759-0.04540.0354-0.2095-0.06340.060.15930.0136-0.02430.14560.01470.1463.1573-81.5647-2.8591
181.3573-0.5530.1292.16250.27952.5697-0.0663-0.2545-0.21120.15050.03250.01090.2630.04840.00870.1676-0.02460.00420.26290.0480.168-23.4298-113.2331-15.1185
191.55461.30850.43283.1851.47670.3542-0.0693-0.0795-0.0071-0.04590.036-0.00760.060.09970.06130.188-0.00940.0090.32720.05640.1746-19.3104-101.411-16.7562
203.6160.01441.38861.363-0.3322.57540.19640.0727-0.2691-0.28730.07270.06020.6165-0.1185-0.20320.3994-0.07430.01470.25770.0060.2815-28.1718-120.6335-36.4532
212.0297-0.2532-0.23512.6593-1.53223.6691-0.14380.1011-0.264-0.21690.10190.0480.317-0.43140.040.1965-0.07960.02310.2249-0.03150.1838-35.1408-110.8328-45.1607
221.0391-0.85720.81.703-0.58342.10640.0875-0.2046-0.25060.1267-0.01280.10890.2727-0.348-0.06680.2293-0.09190.01140.35540.03150.2677-33.7835-115.6872-20.8458
232.1380.8409-0.92592.7411-0.40212.9246-0.24820.0568-0.443-0.15830.1075-0.18620.48570.13560.10790.26660.01660.02180.21320.01470.25230.3274-115.1143-33.8697
241.0554-0.07240.24363.2506-0.82412.3938-0.02790.0036-0.06590.04660.0639-0.06560.05120.1263-0.02910.1564-0.0133-0.00650.22450.00650.169729.6051-104.5147-35.0565
253.0248-0.8137-1.36861.39470.80672.6927-0.2475-0.4232-0.52240.22220.02120.11510.43530.19750.16630.29220.01910.04020.22910.15340.275913.5583-116.1564-10.975
261.71110.3825-1.29360.05230.25871.5422-0.1476-0.2059-0.2640.03980.0573-0.05040.23160.19820.06380.27270.04280.00220.25330.10240.255323.1618-112.6662-16.9278
271.4644-0.79890.07083.5836-0.30292.67840.0009-0.2210.24940.4118-0.0968-0.356-0.49220.14790.08370.23-0.0443-0.04520.1697-0.01720.206128.8667-82.8707-48.3162
284.33230.68560.02155.1471.69362.85990.0850.0331-0.0011-0.1188-0.0185-0.4277-0.04640.3984-0.07440.1393-0.0132-0.00520.20950.03640.164335.8917-92.997-54.8352
290.5192-0.3024-0.27282.909-1.94751.48110.0293-0.1961-0.0085-0.084-0.01890.00660.11630.0007-0.01570.1908-0.0154-0.02650.1865-0.00110.167827.4926-97.3486-47.7994
301.61030.11890.15910.6943-0.81014.27210.0016-0.03870.36240.0651-0.03040.035-0.3675-0.1254-0.00360.23230.0296-0.00120.1142-0.04330.316113.6638-77.4268-63.196
313.10371.1861-0.32042.3173-0.23171.65220.0640.1270.1399-0.0787-0.03680.07-0.0037-0.1178-0.02310.14550.0395-0.00560.1139-0.02420.17068.6713-86.736-73.6444
321.04020.2021.14042.04340.40321.22760.0413-0.03640.141-0.0467-0.1541-0.1591-0.17880.15180.07590.1979-0.03080.00480.17580.02880.230130.0836-82.4279-61.9201
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESSEQ 2:69 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESSEQ 70:103 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESSEQ 104:154 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESSEQ 155:249 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN B AND (RESSEQ 6:34 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN B AND (RESSEQ 35:52 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN B AND (RESSEQ 53:69 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN B AND (RESSEQ 70:103 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN B AND (RESSEQ 104:154 )
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN B AND (RESSEQ 155:182 )
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN B AND (RESSEQ 183:202 )
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN B AND (RESSEQ 203:220 )
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN B AND (RESSEQ 221:249 )
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN C AND (RESSEQ 5:103 )
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN C AND (RESSEQ 104:135 )
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN C AND (RESSEQ 136:220 )
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN C AND (RESSEQ 221:249 )
18X-RAY DIFFRACTION18CHAIN D AND (RESSEQ 3:69 )
19X-RAY DIFFRACTION19CHAIN D AND (RESSEQ 70:103 )
20X-RAY DIFFRACTION20CHAIN D AND (RESSEQ 104:135 )
21X-RAY DIFFRACTION21CHAIN D AND (RESSEQ 136:220 )
22X-RAY DIFFRACTION22CHAIN D AND (RESSEQ 221:249 )
23X-RAY DIFFRACTION23CHAIN E AND (RESSEQ 4:61 )
24X-RAY DIFFRACTION24CHAIN E AND (RESSEQ 62:103 )
25X-RAY DIFFRACTION25CHAIN E AND (RESSEQ 104:202 )
26X-RAY DIFFRACTION26CHAIN E AND (RESSEQ 203:249 )
27X-RAY DIFFRACTION27CHAIN F AND (RESSEQ 4:52 )
28X-RAY DIFFRACTION28CHAIN F AND (RESSEQ 53:69 )
29X-RAY DIFFRACTION29CHAIN F AND (RESSEQ 70:103 )
30X-RAY DIFFRACTION30CHAIN F AND (RESSEQ 104:135 )
31X-RAY DIFFRACTION31CHAIN F AND (RESSEQ 136:220 )
32X-RAY DIFFRACTION32CHAIN F AND (RESSEQ 221:249 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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