PDB-3wsd: Oxidized HcgD from Methanocaldococcus jannaschii

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3wsd

タイトル

Oxidized HcgD from Methanocaldococcus jannaschii

要素

Putative GTP cyclohydrolase 1 type 2

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / NIF3-related protein

機能・相同性

NIF3 (NGG1p interacting factor 3)-like / Udp-n-acetylmuramoylalanyl-d-glutamate--2,6- Diaminopimelate Ligase; Chain: A, domain 1 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / :

機能・相同性情報

生物種

Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Fujishiro, T. / Ermler, U. / Shima, S.

引用

ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2014
タイトル: A possible iron delivery function of the dinuclear iron center of HcgD in [Fe]-hydrogenase cofactor biosynthesis
著者: Fujishiro, T. / Ermler, U. / Shima, S.

履歴

登録	2014年3月13日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2014年8月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3wsd.cif.gz	586.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3wsd.ent.gz	489.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3wsd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3wsd_validation.pdf.gz	449.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3wsd_full_validation.pdf.gz	454.6 KB	表示
XML形式データ	3wsd_validation.xml.gz	50.1 KB	表示
CIF形式データ	3wsd_validation.cif.gz	69.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ws/3wsd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ws/3wsd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3wseC 3wsfC 3wsgC 3wshC 3wsiC 2fywS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3wsi-d 3wsh-4 3wsh-1 3wse-d 3wsg-d 3wsf-d 3wsh-6 3wsh-5 3wsh-2 3wsh-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative GTP cyclohydrolase 1 type 2

B: Putative GTP cyclohydrolase 1 type 2

C: Putative GTP cyclohydrolase 1 type 2

D: Putative GTP cyclohydrolase 1 type 2

E: Putative GTP cyclohydrolase 1 type 2

F: Putative GTP cyclohydrolase 1 type 2

ヘテロ分子

170 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.260, 136.150, 160.850
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Putative GTP cyclohydrolase 1 type 2 / HcgD / GTP cyclohydrolase I 分子量: 28254.553 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌) 株: DSM 2661 / 遺伝子: MJ0927 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Star
#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 241 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THE SEQUENCE HAS ALREADY BEEN DEPOSITED GENBANK, NP_247922. N-TERMINAL RESIDUE, GLY (-2), SER (-1), ...THE SEQUENCE HAS ALREADY BEEN DEPOSITED GENBANK, NP_247922. N-TERMINAL RESIDUE, GLY (-2), SER (-1), HIS(0), ARE THE EXPRESSION TAGS.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.98 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 35%(v/v) MPD, 0.2M NaCl, 0.1M Tris-HCl, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年11月13日

放射

モノクロメーター: Si(111) monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 72765 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.82 % / B_iso Wilson estimate: 40.05 Å² / R_merge(I) obs: 0.099 / Χ²: 1.006 / Net I/σ(I): 13.07

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
2.5-2.6		0.602	0.629	3.42	37298	8043	7999	0.707	99.5
2.6-2.8		0.408	0.455	4.8	64764	12774	12742	0.506	99.7
2.8-3.2		0.198	0.229	8.26	84255	17011	16978	0.255	99.8
3.2-3.8		0.087	0.101	14.58	67757	14001	13938	0.113	99.6
3.8-4.5		0.044	0.058	21.81	39182	8317	8284	0.065	99.6
4.5-5.9		0.039	0.051	23.66	31667	7074	7002	0.058	99
5.9-8		0.033	0.045	26.36	15967	3453	3435	0.05	99.5
8-12		0.024	0.031	32.8	6810	1673	1643	0.036	98.2
	12	0.017	0.026	37.92	3304	776	744	0.029	95.9

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定
PHENIX	1.8.4_1496	精密化
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2FYW

2fyw

解像度: 2.5→45.67 Å / FOM work R set: 0.8477 / SU ML: 0.32 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.09 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2139	3664	5.04 %	RANDOM
R_work	0.1744	-	-	-
obs	0.1764	72721	99.53 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 104.15 Å² / B_iso mean: 44.3 Å² / B_iso min: 18.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→45.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11642	0	18	241	11901

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	11852
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.029	15980
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	1846
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2018
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.159	4436

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 26

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.5-2.5328	0.3443	140	0.2505	2614	2754	100
2.5328-2.5675	0.2949	122	0.242	2683	2805	100
2.5675-2.6042	0.2802	142	0.2348	2591	2733	99
2.6042-2.6431	0.2571	150	0.2316	2590	2740	99
2.6431-2.6844	0.2844	150	0.2277	2645	2795	100
2.6844-2.7284	0.3108	138	0.2383	2635	2773	100
2.7284-2.7754	0.3007	155	0.2329	2612	2767	100
2.7754-2.8259	0.2709	143	0.2193	2639	2782	100
2.8259-2.8802	0.2546	135	0.215	2642	2777	100
2.8802-2.939	0.2849	124	0.2028	2616	2740	100
2.939-3.0029	0.266	147	0.2005	2663	2810	100
3.0029-3.0727	0.2616	140	0.2112	2657	2797	100
3.0727-3.1496	0.2328	133	0.2	2618	2751	100
3.1496-3.2347	0.2345	143	0.1966	2646	2789	99
3.2347-3.3299	0.232	141	0.1992	2637	2778	99
3.3299-3.4373	0.2593	134	0.1917	2614	2748	99
3.4373-3.5601	0.23	142	0.1858	2663	2805	100
3.5601-3.7026	0.2213	138	0.1804	2653	2791	100
3.7026-3.871	0.2189	138	0.1579	2672	2810	100
3.871-4.075	0.1832	139	0.1449	2683	2822	100
4.075-4.3301	0.1527	125	0.1373	2684	2809	100
4.3301-4.6642	0.164	133	0.126	2675	2808	99
4.6642-5.133	0.162	150	0.1366	2642	2792	98
5.133-5.8744	0.211	155	0.1696	2707	2862	100
5.8744-7.396	0.1908	159	0.1698	2724	2883	100
7.396-45.6774	0.1396	148	0.1298	2852	3000	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.3738	0.3857	-0.3656	7.127	1.181	2.8524	-0.0147	-0.1409	0.3314	-0.1742	0.1118	-0.2894	-0.2487	0.4457	-0.1346	0.2176	-0.0166	-0.0258	0.3	-0.0014	0.2239	11.9293	44.7451	8.2143
2	3.312	-2.9863	3.1165	3.5379	-2.4369	2.9415	-0.0592	-0.3033	-0.1781	0.0816	0.1178	0.2471	-0.1226	0.143	-0.0062	0.2428	-0.0055	0.0454	0.2681	-0.0142	0.2798	12.0016	32.8145	12.4752
3	5.7387	1.3623	-0.0269	2.0604	-0.5794	3.012	0.1355	0.0395	0.8233	0.0104	0.1155	0.5293	-0.3848	-0.2133	-0.2415	0.3345	0.0321	0.0358	0.2008	0.0372	0.4129	-16.1342	47.8039	12.7337
4	7.266	1.56	-3.26	0.6411	-0.9047	3.061	0.1043	0.2778	0.429	0.0372	0.0434	0.093	-0.1344	0.0254	-0.1471	0.3093	0.0038	-0.0422	0.2061	0.0118	0.2799	-6.5076	43.584	7.3168
5	1.136	-0.2925	0.5102	4.5277	-0.2769	2.2929	0.082	0.1108	-0.2804	0.0491	-0.1323	0.4389	0.5358	-1.0206	0.1691	0.3316	-0.0564	-0.0137	0.3786	-0.0344	0.434	19.2826	10.7867	22.4138
6	6.7614	0.0348	1.6104	7.6451	3.2597	8.3171	0.1244	0.1825	-0.4489	-0.208	-0.0845	0.1945	0.5751	-0.244	-0.0031	0.25	-0.059	0.0628	0.2175	0.0897	0.2244	25.9927	16.1438	14.1176
7	4.2075	1.078	-0.6939	9.169	2.5056	6.0439	-0.0999	0.0291	-0.145	-0.3767	-0.0256	-0.6903	-0.0565	0.6507	0.1777	0.1465	0.0618	-0.0232	0.3089	0.05	0.2896	31.6888	22.0784	15.5283
8	4.5436	-2.4125	2.9112	3.6107	-3.6858	2.3078	-0.1432	-0.1478	0.1053	0.2164	0.1375	0.0246	-0.1166	-0.183	0.0268	0.2808	-0.0067	0.0079	0.2621	-0.0042	0.221	21.61	27.0532	18.9104
9	6.6266	-0.607	1.6884	3.4255	0.0856	6.0506	0.111	-0.3664	-0.7865	0.5232	0.0979	-0.1829	0.9972	0.1481	-0.2019	0.5104	0.0266	-0.0425	0.2311	0.0262	0.3644	32.2991	8.1625	42.2672
10	3.8803	0.3447	-1.478	5.3924	2.591	4.5451	-0.0191	-0.4559	-0.0453	0.4898	-0.0261	-0.1823	0.2448	-0.0174	0.044	0.3084	0.0087	-0.0866	0.2948	0.0207	0.2271	31.936	19.1601	49.4983
11	3.2881	0.6556	0.4735	8.2942	1.801	4.4836	-0.0299	0.2326	-0.219	-0.2035	0.0725	-0.5731	0.5186	0.4229	-0.0535	0.2641	0.0309	-0.0037	0.2802	0.0405	0.2906	34.5019	11.7513	24.4069
12	8.5901	2.027	2.9906	4.9854	0.2167	3.0343	0.1007	0.9265	-0.8642	-0.2959	-0.0102	-0.1145	0.6962	0.4547	-0.1083	0.4248	0.0689	0.0941	0.4059	-0.1222	0.3342	6.5392	11.0818	65.4315
13	5.6585	-2.703	1.5049	9.7745	0.342	3.5885	-0.2324	-0.5836	0.0101	0.4968	0.3868	-0.6819	0.0926	0.1288	-0.2021	0.3676	-0.0282	-0.0251	0.4079	-0.0288	0.2203	8.6124	19.5231	77.3878
14	4.4982	5.0404	-3.1147	9.2573	-2.7151	2.5515	-0.1534	0.0342	0.2106	0.0334	0.2116	-0.0781	0.0743	0.0787	-0.038	0.2791	0.0629	-0.0278	0.3854	-0.0614	0.2336	9.1376	27.4337	68.8388
15	9.1942	-0.687	-3.8347	2.1901	-1.7232	7.3647	-0.2388	0.3187	-0.7686	-0.2692	0.0649	0.2748	0.877	0.1777	0.2181	0.4177	0.0377	0.0294	0.3182	-0.095	0.3409	-12.2738	8.5091	63.5214
16	4.7156	-0.7944	0.5539	5.3502	-2.2071	4.3849	0.0284	0.0484	0.0392	0.1346	0.0283	0.4588	0.1537	-0.3644	-0.0569	0.2638	-0.0345	0.0406	0.2593	-0.0682	0.2624	-23.1429	16.4898	65.502
17	2.0752	-0.3608	0.7269	0.9289	-0.0337	1.0968	-0.0907	-0.2501	0.0494	0.247	0.0337	-0.0438	0.0003	-0.0395	0.0282	0.3251	-0.0149	0.0317	0.2959	-0.0317	0.2074	-10.4405	17.4674	71.5958
18	3.4049	0.3426	-3.1223	6.8434	-0.9974	8.5455	-0.1141	-0.2695	0.4676	0.0089	0.0418	-0.0847	-0.8928	-0.5787	0.0475	0.3382	0.0634	-0.0676	0.3393	-0.0359	0.3595	20.1373	49.4419	61.7633
19	2.9504	-0.9135	-1.241	8.7024	2.3271	6.4988	-0.0971	-0.5171	0.347	0.8484	0.0918	-0.3829	-0.1501	0.3399	-0.0006	0.2808	-0.0141	-0.0909	0.4397	-0.0566	0.3005	27.2211	39.7896	68.4785
20	4.2143	3.8182	-2.3897	9.4289	-2.965	1.5604	-0.2426	-0.0595	0.3532	-0.0359	0.1179	0.292	0.0385	0.0274	0.1063	0.27	-0.0207	-0.0812	0.3794	-0.0411	0.2795	19.7521	32.6486	63.6175
21	6.2314	-0.5102	-3.9071	3.021	-0.1599	6.022	0.1219	-0.1535	0.6558	-0.2027	0.0456	-0.3463	-1.1618	0.6001	-0.1856	0.5952	-0.1882	-0.1182	0.3807	-0.0029	0.46	33.7509	50.6359	41.4999
22	5.7138	1.0006	-1.867	8.2371	2.1287	7.7909	-0.1693	0.2733	0.1513	-0.1869	0.2017	-0.5692	-0.3021	0.6777	0.0026	0.2254	-0.0616	-0.0729	0.3292	0.0178	0.284	37.1246	42.369	35.6148
23	1.3688	0.238	-0.2019	0.6248	0.2403	4.8669	-0.0531	-0.208	0.1498	0.0203	-0.0179	-0.0823	-0.4926	0.194	0.0304	0.3251	-0.0296	-0.0901	0.3367	0.0129	0.4229	32.1617	41.8879	45.1626
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25	0.121	0.4438	0.0695	3.8791	2.9628	6.5834	0.0559	-0.0024	0.1475	0.0297	0.0703	0.1173	-0.1533	-0.3051	-0.1697	0.229	-0.0352	0.0296	0.3428	-0.0141	0.3711	-29.5345	36.1358	45.5983
26	3.2599	-1.9136	0.9718	3.7039	-0.6267	5.2399	-0.275	-0.6277	0.6523	0.519	0.0696	-0.1918	-0.8182	-0.1993	0.162	0.4388	0.0087	-0.0367	0.3895	-0.165	0.442	-14.6106	48.9274	70.1909
27	5.0645	-0.8451	2.7194	0.5361	-0.7542	3.3351	-0.2083	-0.3058	0.5706	0.1289	0.058	-0.0688	-0.3309	-0.2133	0.1493	0.3825	-0.0194	0.0223	0.2696	-0.0847	0.3573	-18.2279	43.3739	64.7279
28	6.2922	-1.1993	-3.1326	6.834	1.0871	4.9479	-0.0604	-0.6467	-0.592	0.5031	-0.2079	-0.1973	0.6709	0.4729	0.2897	0.4178	0.0076	-0.065	0.3066	0.1115	0.2504	-24.4612	12.4044	32.9443
29	5.9023	1.3877	-0.5692	8.4418	-2.3209	6.6484	-0.0601	0.0475	-0.2849	0.443	0.0791	0.6474	0.2885	-0.7811	-0.0311	0.2089	-0.03	0.0183	0.3221	-0.0438	0.3072	-35.3727	21.3341	28.5996
30	0.7965	-0.5153	0.599	5.6516	5.8425	6.9167	-0.0559	-0.0073	-0.0192	0.0555	0.241	-0.1081	-0.0276	0.2006	-0.1424	0.2281	-0.0265	-0.024	0.2563	0.0336	0.3071	-27.7795	28.9236	32.9569
31	4.0956	0.8414	0.6736	2.677	-0.0767	2.3964	-0.0059	-0.1418	-0.7366	0.324	-0.1686	-0.5849	0.6079	0.3558	0.1251	0.3726	0.0352	-0.0232	0.2472	0.0837	0.4498	-13.6435	8.6879	17.6896
32	5.8388	1.4509	0.2724	3.7327	0.0448	3.3821	-0.0009	0.1175	-0.2371	-0.107	-0.0518	-0.2259	0.055	0.2691	0.0721	0.239	0.0272	-0.0009	0.1575	0.0335	0.2818	-8.5835	17.9435	7.2344
33	3.3453	0.0054	-1.5176	4.434	-0.2809	4.6283	0.0795	0.0949	-0.0845	-0.0927	-0.0708	0.3927	0.4835	-0.4205	-0.0104	0.3472	-0.0079	-0.049	0.2577	0.014	0.3763	-30.2635	13.8169	18.8367

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESSEQ 3:69 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESSEQ 70:103 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESSEQ 104:202 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESSEQ 203:249 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN B AND (RESSEQ 6:34 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN B AND (RESSEQ 35:52 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN B AND (RESSEQ 53:69 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN B AND (RESSEQ 70:103 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN B AND (RESSEQ 104:154 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN B AND (RESSEQ 155:220 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN B AND (RESSEQ 221:249 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN C AND (RESSEQ 6:34 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN C AND (RESSEQ 35:69 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN C AND (RESSEQ 70:103 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN C AND (RESSEQ 104:135 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	CHAIN C AND (RESSEQ 136:202 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	CHAIN C AND (RESSEQ 203:249 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	CHAIN D AND (RESSEQ 3:34 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	CHAIN D AND (RESSEQ 35:69 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	CHAIN D AND (RESSEQ 70:103 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	CHAIN D AND (RESSEQ 104:154 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	CHAIN D AND (RESSEQ 155:182 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	CHAIN D AND (RESSEQ 183:249 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	CHAIN E AND (RESSEQ 6:61 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	CHAIN E AND (RESSEQ 62:103 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	CHAIN E AND (RESSEQ 104:182 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	CHAIN E AND (RESSEQ 183:249 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	CHAIN F AND (RESSEQ 6:34 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	CHAIN F AND (RESSEQ 35:69 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	CHAIN F AND (RESSEQ 70:103 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	CHAIN F AND (RESSEQ 104:135 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	CHAIN F AND (RESSEQ 136:220 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	CHAIN F AND (RESSEQ 221:249 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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