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- PDB-3wri: Crystal structure of P450cam -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wri
タイトルCrystal structure of P450cam
要素Camphor 5-monooxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Metal-binding / Heme
機能・相同性
機能・相同性情報


camphor 5-monooxygenase / camphor 5-monooxygenase activity / (+)-camphor catabolic process / iron ion binding / heme binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, B-class / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CAMPHOR / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Camphor 5-monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Kishimoto, A. / Takagi, K. / Amano, A. / Sakurai, K. / Mizushima, T. / Shimada, H.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of P450cam intermediate
著者: Kishimoto, A. / Takagi, K. / Amano, A. / Sakurai, K. / Katayama, Y. / Aminaka, R. / Ito, M. / Mizushima, T. / Shimada, H.
履歴
登録2014年2月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Camphor 5-monooxygenase
B: Camphor 5-monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,6356
ポリマ－95,0982
非ポリマー1,5374
水1629
1
A: Camphor 5-monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3183
ポリマ－47,5491
非ポリマー7692
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Camphor 5-monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3183
ポリマ－47,5491
非ポリマー7692
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.440, 74.227, 92.636
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 89.98, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Camphor 5-monooxygenase / Cytochrome P450-cam / Cytochrome P450cam


分子量: 47548.945 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 遺伝子: camC, cyp101 / プラスミド: PUC18 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P00183, camphor 5-monooxygenase
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-CAM / CAMPHOR / (+)-カンファ-


分子量: 152.233 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16O
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.62 %
結晶化温度: 279 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 50mM Tris-HCl, 200mM KCl,20-30% PEG 4000, 0.001mM Camphor, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 279K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 18663 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 2.9→2.95 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.426 / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.7_650精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3L62

3l62


解像度: 2.9→46.318 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.915 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.819 / SU ML: 0.4 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.35 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2675 953 5.11 %
Rwork0.1896 --
obs0.1935 18640 99.82 %
溶媒の処理減衰半径: 1.06 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 11.727 Å2 / ksol: 0.278 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.5718 Å20 Å20.0104 Å2
2--0.5084 Å2-0 Å2
3---0.0634 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→46.318 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6395 0 108 9 6512
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0156758
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.8389236
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.3582542
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.116992
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0121211
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8998-3.05270.38761430.28292486X-RAY DIFFRACTION99
3.0527-3.24390.33361200.25082513X-RAY DIFFRACTION100
3.2439-3.49430.32141440.21652530X-RAY DIFFRACTION100
3.4943-3.84580.2571540.17692507X-RAY DIFFRACTION100
3.8458-4.40190.22661410.15262515X-RAY DIFFRACTION100
4.4019-5.54450.23811220.16132545X-RAY DIFFRACTION100
5.5445-46.32390.22491290.17832591X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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