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- PDB-3wr2: RNase Po1 complexed with 3'GMP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wr2
タイトルRNase Po1 complexed with 3'GMP
要素Guanyl-specific ribonuclease Po1
キーワードHYDROLASE / RNase
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonuclease T1 / ribonuclease T1 activity / RNA endonuclease activity / lyase activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能
: / Microbial ribonucleases / Guanine-specific ribonuclease N1/T1/U2 / Ribonuclease/ribotoxin / ribonuclease / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-3'-MONOPHOSPHATE / Guanyl-specific ribonuclease Po1
類似検索 - 構成要素
生物種Pleurotus ostreatus (ヒラタケ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Hara, Y. / Katsutani, T. / Kobayashi, H. / Suzuki, M.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: to be published
タイトル: RNase Po1 complexed with 3'GMP
著者: Hara, Y. / Katsutani, T. / Kobayashi, H. / Suzuki, M.
履歴
登録2014年2月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年2月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02022年7月20日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Polymer sequence / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / database_2 / diffrn / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_contact_author / pdbx_database_status / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entry_details / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_refine_tls / pdbx_refine_tls_group / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_restr_ncs / refine_ls_shell / software / struct / struct_conf / struct_conn / struct_mon_prot_cis / struct_ncs_dom / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range / struct_site / struct_site_gen
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn.pdbx_serial_crystal_experiment / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_ec / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_poly_seq.mon_id / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _pdbx_contact_author.id / _pdbx_contact_author.identifier_ORCID / _pdbx_contact_author.name_salutation / _pdbx_database_status.SG_entry / _pdbx_database_status.deposit_site / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id / _refine.B_iso_max / _refine.B_iso_mean / _refine.B_iso_min / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_d_res_low / _refine.ls_number_reflns_R_work / _refine.ls_number_reflns_obs / _refine.overall_FOM_work_R_set / _refine.pdbx_ls_cross_valid_method / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii / _refine_hist.cycle_id / _refine_hist.d_res_low / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_ligand / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_solvent / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _refine_hist.pdbx_number_residues_total / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _refine_ls_shell.d_res_high / _refine_ls_shell.d_res_low / _refine_ls_shell.number_reflns_R_work / _refine_ls_shell.number_reflns_all / _software.classification / _software.name / _software.version / _struct.pdbx_CASP_flag / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id / _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle / _struct_sheet.id / _struct_sheet_order.sheet_id / _struct_sheet_range.sheet_id
解説: Sequence discrepancy / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12022年10月12日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.deposit_site
改定 2.22023年11月8日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 2.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Guanyl-specific ribonuclease Po1
B: Guanyl-specific ribonuclease Po1
C: Guanyl-specific ribonuclease Po1
D: Guanyl-specific ribonuclease Po1
E: Guanyl-specific ribonuclease Po1
F: Guanyl-specific ribonuclease Po1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,55212
ポリマ－64,3726
非ポリマー2,1796
水11,926662
1
A: Guanyl-specific ribonuclease Po1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0922
ポリマ－10,7291
非ポリマー3631
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Guanyl-specific ribonuclease Po1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0922
ポリマ－10,7291
非ポリマー3631
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Guanyl-specific ribonuclease Po1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0922
ポリマ－10,7291
非ポリマー3631
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Guanyl-specific ribonuclease Po1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0922
ポリマ－10,7291
非ポリマー3631
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Guanyl-specific ribonuclease Po1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0922
ポリマ－10,7291
非ポリマー3631
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: Guanyl-specific ribonuclease Po1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0922
ポリマ－10,7291
非ポリマー3631
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.072, 95.866, 106.225
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 1 through 30 or resid 32...
21(chain B and (resid 1 through 30 or resid 32...
31(chain C and (resid 1 through 30 or resid 32...
41(chain D and (resid 1 through 30 or resid 32...
51(chain E and (resid 1 through 30 or resid 32...
61(chain F and (resid 1 through 30 or resid 32...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLNGLNGLYGLY(chain A and (resid 1 through 30 or resid 32...AA1 - 301 - 30
12GLYGLYSERSER(chain A and (resid 1 through 30 or resid 32...AA32 - 4732 - 47
13THRTHRGLNGLN(chain A and (resid 1 through 30 or resid 32...AA49 - 7749 - 77
14GLYGLYPHEPHE(chain A and (resid 1 through 30 or resid 32...AA79 - 10179 - 101
153GP3GP3GP3GP(chain A and (resid 1 through 30 or resid 32...AG201
21GLNGLNGLYGLY(chain B and (resid 1 through 30 or resid 32...BB1 - 301 - 30
22GLYGLYSERSER(chain B and (resid 1 through 30 or resid 32...BB32 - 4732 - 47
23THRTHRGLNGLN(chain B and (resid 1 through 30 or resid 32...BB49 - 7749 - 77
24GLYGLYPHEPHE(chain B and (resid 1 through 30 or resid 32...BB79 - 10179 - 101
253GP3GP3GP3GP(chain B and (resid 1 through 30 or resid 32...BH201
31GLNGLNGLYGLY(chain C and (resid 1 through 30 or resid 32...CC1 - 301 - 30
32GLYGLYSERSER(chain C and (resid 1 through 30 or resid 32...CC32 - 4732 - 47
33THRTHRGLNGLN(chain C and (resid 1 through 30 or resid 32...CC49 - 7749 - 77
34GLYGLYPHEPHE(chain C and (resid 1 through 30 or resid 32...CC79 - 10179 - 101
353GP3GP3GP3GP(chain C and (resid 1 through 30 or resid 32...CI201
41GLNGLNGLYGLY(chain D and (resid 1 through 30 or resid 32...DD1 - 301 - 30
42GLYGLYSERSER(chain D and (resid 1 through 30 or resid 32...DD32 - 4732 - 47
43THRTHRGLNGLN(chain D and (resid 1 through 30 or resid 32...DD49 - 7749 - 77
44GLYGLYPHEPHE(chain D and (resid 1 through 30 or resid 32...DD79 - 10179 - 101
453GP3GP3GP3GP(chain D and (resid 1 through 30 or resid 32...DJ201
51GLNGLNGLYGLY(chain E and (resid 1 through 30 or resid 32...EE1 - 301 - 30
52GLYGLYSERSER(chain E and (resid 1 through 30 or resid 32...EE32 - 4732 - 47
53THRTHRGLNGLN(chain E and (resid 1 through 30 or resid 32...EE49 - 7749 - 77
54GLYGLYPHEPHE(chain E and (resid 1 through 30 or resid 32...EE79 - 10179 - 101
553GP3GP3GP3GP(chain E and (resid 1 through 30 or resid 32...EK201
61GLNGLNGLYGLY(chain F and (resid 1 through 30 or resid 32...FF1 - 301 - 30
62GLYGLYSERSER(chain F and (resid 1 through 30 or resid 32...FF32 - 4732 - 47
63THRTHRGLNGLN(chain F and (resid 1 through 30 or resid 32...FF49 - 7749 - 77
64GLYGLYPHEPHE(chain F and (resid 1 through 30 or resid 32...FF79 - 10179 - 101
653GP3GP3GP3GP(chain F and (resid 1 through 30 or resid 32...FL201

-
要素

#1: タンパク質
Guanyl-specific ribonuclease Po1 / RNase Po1


分子量: 10728.710 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pleurotus ostreatus (ヒラタケ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P81762, ribonuclease T1
#2: 化合物
ChemComp-3GP / GUANOSINE-3'-MONOPHOSPHATE / 3′-GMP


分子量: 363.221 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 662 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.16 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 50% Tacsimate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年11月18日
放射モノクロメーター: Cryo-cooled channel-cut Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 58393 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 12.21 Å2
反射 シェル解像度: 1.75→1.78 Å / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3WHO

3who


解像度: 1.75→48.89 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 19.75 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2107 2875 5.06 %
Rwork0.169 53938 -
obs0.1711 56813 98.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 77.8 Å2 / Biso mean: 14.8596 Å2 / Biso min: 2.87 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.75→48.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4524 0 144 662 5330
Biso mean--15.18 25.47 -
残基数----606
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2666X-RAY DIFFRACTION9.121TORSIONAL
12B2666X-RAY DIFFRACTION9.121TORSIONAL
13C2666X-RAY DIFFRACTION9.121TORSIONAL
14D2666X-RAY DIFFRACTION9.121TORSIONAL
15E2666X-RAY DIFFRACTION9.121TORSIONAL
16F2666X-RAY DIFFRACTION9.121TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 21

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.75-1.780.2271200.196926052725100
1.78-1.810.26211260.197125432669100
1.81-1.840.24961430.199425892732100
1.84-1.880.27141390.196925092648100
1.88-1.920.23631310.190525742705100
1.92-1.960.24041370.18262536267399
1.96-20.22581340.17432551268599
2-2.050.20231380.16382516265497
2.05-2.110.18661480.16352485263398
2.11-2.170.22541320.155725852717100
2.17-2.240.19141370.157825562693100
2.24-2.320.21821490.166425812730100
2.32-2.410.21571600.170325442704100
2.41-2.520.26051310.18132600273199
2.52-2.660.24631130.18282605271899
2.66-2.820.21391150.17352579269499
2.82-3.040.24411300.17452511264196
3.04-3.350.18821600.16692586274699
3.35-3.830.17121360.14742623275999
3.83-4.820.16491510.13592607275898
4.83-48.890.2161450.18672653279895

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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