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- PDB-3wqa: Acinetobacter sp. Tol 5 AtaA YDD-DALL3 domains in C-terminal stal... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wqa
タイトルAcinetobacter sp. Tol 5 AtaA YDD-DALL3 domains in C-terminal stalk fused to GCN4 adaptors (CstalkC1ii)
要素Trimeric autotransporter adhesin
キーワードCELL ADHESION / adhesin / trimeric autotransporter adhesin / TAA / nanofiber
機能・相同性
機能・相同性情報


cell outer membrane / protein transport / cell adhesion / cell surface
類似検索 - 分子機能
Trimeric autotransporter adhesin YadA-like, head domain / YadA head domain repeat (2 copies) / Trimeric autotransporter adhesin YadA-like, stalk domain / Coiled stalk of trimeric autotransporter adhesin / ESPR domain / Extended Signal Peptide of Type V secretion system / Trimeric autotransporter adhesin YadA-like, C-terminal membrane anchor domain / YadA-like membrane anchor domain / Pilin-like / Serralysin-like metalloprotease, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / PHOSPHATE ION / Trimeric autotransporter adhesin AtaA
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.401 Å
データ登録者Koiwai, K. / Hartmann, M.D. / Yoshimoto, S. / Nur 'Izzah, N. / Suzuki, A. / Linke, D. / Lupas, A.N. / Hori, K.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Structural Basis for Toughness and Flexibility in the C-terminal Passenger Domain of an Acinetobacter Trimeric Autotransporter Adhesin.
著者: Koiwai, K. / Hartmann, M.D. / Linke, D. / Lupas, A.N. / Hori, K.
履歴
登録2014年1月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月30日Group: Database references
改定 1.22019年11月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Trimeric autotransporter adhesin
B: Trimeric autotransporter adhesin
C: Trimeric autotransporter adhesin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,5087
ポリマ－67,2243
非ポリマー2844
水4,900272
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area27970 Å2
ΔGint-226 kcal/mol
Surface area29310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.110, 43.680, 95.564
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.97, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Trimeric autotransporter adhesin


分子量: 22408.002 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 3334-3474 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Acinetobacter (バクテリア) / 株: Tol 5 / 遺伝子: ataA / プラスミド: pIBA-GCN4tri / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) STAR / 参照: UniProt: K7ZP88
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 272 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.39 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 67mM MES, 0.67M Ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月20日
放射モノクロメーター: Fixed exit Si (111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→88.56 Å / Num. all: 26029 / Num. obs: 26029 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 29.39 Å2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
2.4-2.540.7730.6411.8313461418340490.76596.8
2.54-2.720.9060.4212.8113427393439280.599.8
2.72-2.930.930.3014.212328369436760.35999.5
2.93-3.210.950.2076.3110796339333790.24999.6
3.21-3.590.9790.139.9710788309930880.15499.6
3.59-4.140.9880.09412.589001272927020.11399
4.14-5.050.9960.06514.847270234923190.07898.7
5.05-7.080.9970.06514.896095183318130.07898.9
7.080.9950.04818.533249110210750.05897.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2YO2

2yo2


解像度: 2.401→38.322 Å / FOM work R set: 0.7472 / SU ML: 0.41 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 31.98 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.307 1199 4.94 %RANDOM
Rwork0.2133 ---
obs0.2179 24248 92.39 %-
all-24248 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 99.1 Å2 / Biso mean: 26.68 Å2 / Biso min: 2.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.401→38.322 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4545 0 12 272 4829
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084629
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0896262
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075752
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004827
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.1411730
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4006-2.49670.39621300.2842451258190
2.4967-2.61030.34461370.25292634277196
2.6103-2.74790.3571360.24162621275795
2.7479-2.920.30281340.21982624275895
2.92-3.14540.38061270.22682507263492
3.1454-3.46170.28681350.20272576271193
3.4617-3.96220.30151420.19192606274893
3.9622-4.99020.25921260.18192473259989
4.9902-38.32690.27651320.21612557268988

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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