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- PDB-3wp3: Xylanase 11C from Talaromyces cellulolyticus (formerly known as A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wp3
タイトルXylanase 11C from Talaromyces cellulolyticus (formerly known as Acremonium cellulolyticus)
要素Endo-1,4-beta-xylanase
キーワードHYDROLASE / Beta-jelly roll / Glycoside hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


endo-1,4-beta-xylanase activity / endo-1,4-beta-xylanase / xylan catabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase family 11/12, catalytic domain / Glycoside hydrolase family 11, active site 1 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 1. / Glycoside hydrolase family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain / Glycosyl hydrolases family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain profile. / Glycoside hydrolase family 11/12 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls ...Glycoside hydrolase family 11/12, catalytic domain / Glycoside hydrolase family 11, active site 1 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 1. / Glycoside hydrolase family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain / Glycosyl hydrolases family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain profile. / Glycoside hydrolase family 11/12 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Endo-1,4-beta-xylanase C
類似検索 - 構成要素
生物種Talaromyces funiculosus (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Ishikawa, K. / Inoue, H. / Kataoka, M.
引用ジャーナル: Appl Biochem Biotechnol. / 年: 2014
タイトル: Crystal structure of Talaromyces cellulolyticus (formerly known as Acremonium cellulolyticus) GH family 11 xylanase
著者: Kataoka, M. / Akita, F. / Maeno, Y. / Inoue, B. / Inoue, H. / Ishikawa, K.
履歴
登録2014年1月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年11月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endo-1,4-beta-xylanase
B: Endo-1,4-beta-xylanase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,9902
ポリマ－44,9902
非ポリマー00
水4,414245
1
A: Endo-1,4-beta-xylanase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4951
ポリマ－22,4951
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Endo-1,4-beta-xylanase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4951
ポリマ－22,4951
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.513, 60.108, 106.982
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.070, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Endo-1,4-beta-xylanase


分子量: 22495.115 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 28-207 / 変異: D59N, P85T, S121L, N141D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Talaromyces funiculosus (菌類) / 遺伝子: xynC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HFH0, endo-1,4-beta-xylanase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 245 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.98 % / Mosaicity: 0.599 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.8M Sodium dihydrogen phosphate, 0.8M Potassium dihydrogen phosphate, 0.1M Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月17日
放射モノクロメーター: double-crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→50 Å / Num. obs: 35412 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.108 / Χ2: 1.061 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.98-2.012.90.34717631.073197.6
2.01-2.053.10.3116911.072197.8
2.05-2.093.10.29917291.073198.7
2.09-2.133.30.28218031.081199
2.13-2.183.30.27217071.085199.4
2.18-2.233.40.23517891.063199.4
2.23-2.293.40.22717301.065199.6
2.29-2.353.50.21317761.077199.4
2.35-2.423.50.19217911.082199.8
2.42-2.493.50.17317551.065199.3
2.49-2.583.60.14917681.085199.6
2.58-2.693.60.13117821.082199.7
2.69-2.813.70.10917491.069199.5
2.81-2.963.80.09417661.028199.7
2.96-3.143.90.08818091.046199.9
3.14-3.3940.09117761.035199.7
3.39-3.7340.10617871.047199.9
3.73-4.264.10.11217861.03199.9
4.26-5.374.10.07718011.087199.8
5.37-5040.04118541.006199.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
HKL-2000データ収集
DENZOデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.98→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.907 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.87 / WRfactor Rfree: 0.2687 / WRfactor Rwork: 0.2288 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.801 / SU B: 3.804 / SU ML: 0.112 / SU R Cruickshank DPI: 0.1819 / SU Rfree: 0.1713 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.182 / ESU R Free: 0.171 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2767 1773 5 %RANDOM
Rwork0.2321 ---
obs0.2344 35407 99.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 62.71 Å2 / Biso mean: 25.7715 Å2 / Biso min: 6.28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.68 Å20 Å2-0.05 Å2
2---0.73 Å20 Å2
3---0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.98→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2922 0 0 245 3167
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0213000
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9531.9094108
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.7775378
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.78324.857140
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.36215406
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.118156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1560.2442
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.022368
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2121.51858
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.00722992
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.13531142
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.4694.51116
LS精密化 シェル解像度: 1.98→2.032 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.25 120 -
Rwork0.228 2458 -
all-2578 -
obs--98.66 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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