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- PDB-3wnw: Structure of Mouse H-chain modified ferritin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wnw
タイトルStructure of Mouse H-chain modified ferritin
要素Ferritin heavy chain
キーワードOXIDOREDUCTASE / Ferritin / Four Helix Boundle / Iron Storage / blood / cells
機能・相同性
機能・相同性情報


Iron uptake and transport / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / iron ion sequestering activity / negative regulation of ferroptosis / ferroxidase / autolysosome / ferroxidase activity / negative regulation of fibroblast proliferation / Neutrophil degranulation / endocytic vesicle lumen ...Iron uptake and transport / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / iron ion sequestering activity / negative regulation of ferroptosis / ferroxidase / autolysosome / ferroxidase activity / negative regulation of fibroblast proliferation / Neutrophil degranulation / endocytic vesicle lumen / ferric iron binding / autophagosome / ferrous iron binding / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / immune response / iron ion binding / negative regulation of cell population proliferation / mitochondrion / extracellular region / identical protein binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ferritin iron-binding regions signature 1. / Ferritin iron-binding regions signature 2. / Ferritin, conserved site / Ferritin / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain ...Ferritin iron-binding regions signature 1. / Ferritin iron-binding regions signature 2. / Ferritin, conserved site / Ferritin / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / Ferritin heavy chain
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.24 Å
データ登録者Zarivach, R. / Lewin, L.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Studies of ferritin-M6A
著者: Zarivach, R. / Lewin, L.
履歴
登録2013年12月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年1月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferritin heavy chain
B: Ferritin heavy chain
C: Ferritin heavy chain
D: Ferritin heavy chain
E: Ferritin heavy chain
F: Ferritin heavy chain
G: Ferritin heavy chain
H: Ferritin heavy chain
I: Ferritin heavy chain
J: Ferritin heavy chain
K: Ferritin heavy chain
L: Ferritin heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)291,70350
ポリマ－289,81012
非ポリマー1,89338
水24,7531374
1
A: Ferritin heavy chain
B: Ferritin heavy chain
C: Ferritin heavy chain
D: Ferritin heavy chain
E: Ferritin heavy chain
F: Ferritin heavy chain
G: Ferritin heavy chain
H: Ferritin heavy chain
I: Ferritin heavy chain
J: Ferritin heavy chain
K: Ferritin heavy chain
L: Ferritin heavy chain
ヘテロ分子

A: Ferritin heavy chain
B: Ferritin heavy chain
C: Ferritin heavy chain
D: Ferritin heavy chain
E: Ferritin heavy chain
F: Ferritin heavy chain
G: Ferritin heavy chain
H: Ferritin heavy chain
I: Ferritin heavy chain
J: Ferritin heavy chain
K: Ferritin heavy chain
L: Ferritin heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)583,406100
ポリマ－579,62024
非ポリマー3,78676
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area103340 Å2
ΔGint-636 kcal/mol
Surface area143050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)218.145, 218.145, 147.690
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-202-

FE

21H-202-

FE

31L-302-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 12分子 ABCDEFGHIJKL

#1: タンパク質
Ferritin heavy chain / Ferritin H subunit / Ferritin heavy chain / N-terminally processed


分子量: 24150.836 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Fth1, Fth / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Rosetta / 参照: UniProt: P09528, ferroxidase

-
非ポリマー , 5種, 1412分子

#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1374 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.42 % / Mosaicity: 0.787 °
結晶化温度: 286 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M Na-cacodylate PH 6.5, 0.2 M Mg-Ac, 30% MPD, vapor diffusion, sitting drop, temperature 286K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.947 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.947 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.24→50 Å / Num. all: 169360 / Num. obs: 161908 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.143 / Χ2: 1.949 / Net I/σ(I): 5.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.25-2.293.70.56180081.546195.5
2.29-2.333.70.56179521.51195.1
2.33-2.383.70.46179361.537194.8
2.38-2.423.80.44879301.552194.7
2.42-2.483.80.41979131.511194.2
2.48-2.533.90.39178211.553193.6
2.53-2.640.37878121.669192.8
2.6-2.6740.31677331.649192.2
2.67-2.7540.27476941.645191.3
2.75-2.834.10.24675631.718190
2.83-2.9440.20776201.718190.6
2.94-3.0540.18178651.824193.5
3.05-3.193.90.15681371.844196.2
3.19-3.3640.1482991.979198
3.36-3.574.30.12184322.237199.4
3.57-3.855.30.1184782.489199.9
3.85-4.236.60.09885322.565199.9
4.23-4.857.30.08685412.564199.8
4.85-6.17.60.08586392.054199.8
6.1-508.10.05490031.85199.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.7.0032精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1IES

1ies


解像度: 2.24→49.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / WRfactor Rfree: 0.228 / WRfactor Rwork: 0.1866 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / FOM work R set: 0.6766 / SU B: 5.363 / SU ML: 0.133 / SU R Cruickshank DPI: 0.2511 / SU Rfree: 0.2158 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.251 / ESU R Free: 0.216 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2653 8052 5 %RANDOM
Rwork0.2204 ---
obs0.2227 160208 94.52 %-
all-169496 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 94.04 Å2 / Biso mean: 15.6891 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.14 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.14 Å2-0 Å2
3---0.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.24→49.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17020 0 98 1374 18492
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.01917611
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0216490
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9111.95223707
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.924338026
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.85552114
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.4224.832983
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.835153252
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.45815102
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.22476
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0220156
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.024238
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3121.3618363
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3121.3618362
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.1472.02910448
LS精密化 シェル解像度: 2.242→2.3 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.318 572 -
Rwork0.278 11041 -
all-11613 -
obs--93.45 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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