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- PDB-3wn6: Crystal structure of alpha-amylase AmyI-1 from Oryza sativa -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wn6
タイトルCrystal structure of alpha-amylase AmyI-1 from Oryza sativa
要素Alpha-amylase
キーワードHYDROLASE / (alpha/beta)8-barrel / Carbohydrate/Sugar Binding / Glycosylation
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-amylase activity => GO:0004556 / starch catabolic process / sucrose catabolic process / alpha-amylase / alpha-amylase activity / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
Alpha-amylase, C-terminal beta-sheet / Alpha-amylase, plant / Alpha-amylase C-terminal beta-sheet domain / Alpha-amylase C-terminal beta-sheet domain / Alpha amylase / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta ...Alpha-amylase, C-terminal beta-sheet / Alpha-amylase, plant / Alpha-amylase C-terminal beta-sheet domain / Alpha-amylase C-terminal beta-sheet domain / Alpha amylase / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / D(-)-TARTARIC ACID / Alpha-amylase
類似検索 - 構成要素
生物種Oryza sativa Japonica Group (イネ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.16 Å
データ登録者Ochiai, A. / Sugai, H. / Harada, K. / Tanaka, S. / Ishiyama, Y. / Ito, K. / Tanaka, T. / Uchiumi, T. / Taniguchi, M. / Mitsui, T.
引用ジャーナル: Biosci.Biotechnol.Biochem. / 年: 2014
タイトル: Crystal structure of alpha-amylase from Oryza sativa: molecular insights into enzyme activity and thermostability
著者: Ochiai, A. / Sugai, H. / Harada, K. / Tanaka, S. / Ishiyama, Y. / Ito, K. / Tanaka, T. / Uchiumi, T. / Taniguchi, M. / Mitsui, T.
履歴
登録2013年12月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年9月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-amylase
B: Alpha-amylase
C: Alpha-amylase
D: Alpha-amylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)184,32338
ポリマ－181,3704
非ポリマー2,95334
水29,3641630
1
A: Alpha-amylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,15910
ポリマ－45,3431
非ポリマー8179
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Alpha-amylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,9959
ポリマ－45,3431
非ポリマー6538
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Alpha-amylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,9478
ポリマ－45,3431
非ポリマー6057
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Alpha-amylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,22211
ポリマ－45,3431
非ポリマー87910
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.917, 125.277, 96.642
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.20, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Refine code: _ / Auth seq-ID: 25 - 428 / Label seq-ID: 1 - 404

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13AA
23DD
14BB
24CC
15BB
25DD
16CC
26DD

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Alpha-amylase / 1 / 4-alpha-D-glucan glucanohydrolase / Alpha-amylase isozyme 1B


分子量: 45342.574 Da / 分子数: 4 / 変異: G25M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryza sativa Japonica Group (イネ) / 遺伝子: AMY1.1, AMY1A / プラスミド: PET21B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HMS174(DE3) / 参照: UniProt: P17654, alpha-amylase

-
非ポリマー , 5種, 1664分子

#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-TAR / D(-)-TARTARIC ACID / D-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#5: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1630 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.03 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20% PEG3350, 2% tacsimate, 0.1M Bis-Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月23日
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.551
11h,-k,-l20.449
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 97842 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 22.6
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 5.9 / % possible all: 89

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1BG9

1bg9


解像度: 2.16→48.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 5.644 / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.072 / ESU R Free: 0.048 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24323 4418 5 %RANDOM
Rwork0.19937 ---
obs0.20161 83885 98.03 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.099 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--15.91 Å20 Å2-2.2 Å2
2---22.2 Å2-0 Å2
3---38.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.16→48.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12812 0 175 1630 14617
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.01913518
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.0212228
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4691.93118365
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.044328165
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.15751651
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.93424.21677
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.214152063
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.2431570
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.21848
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02115647
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.023287
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A248510.07
12B248510.07
21A248460.06
22C248460.06
31A248360.07
32D248360.07
41B249340.07
42C249340.07
51B249310.06
52D249310.06
61C246540.07
62D246540.07
LS精密化 シェル解像度: 2.162→2.219 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.294 283 -
Rwork0.21 5194 -
obs-5194 82.08 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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