+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3wlr | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal Structure Analysis of Plant Exohydrolase | ||||||
![]() | Beta-D-glucan exohydrolase isoenzyme ExoI | ||||||
![]() | HYDROLASE / BETA BARREL / GRAIN DEVELOPMENT / Enzyme Function Initiative / Tim Barrel/Beta sheet / N-glycosylation | ||||||
機能・相同性 | ![]() glucan catabolic process / beta-glucosidase / beta-glucosidase activity / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Streltsov, V.A. / Hrmova, M. / Luang, S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Discovery of processive catalysis by an exo-hydrolase with a pocket-shaped active site. 著者: Streltsov, V.A. / Luang, S. / Peisley, A. / Varghese, J.N. / Ketudat Cairns, J.R. / Fort, S. / Hijnen, M. / Tvaroska, I. / Arda, A. / Jimenez-Barbero, J. / Alfonso-Prieto, M. / Rovira, C. / ...著者: Streltsov, V.A. / Luang, S. / Peisley, A. / Varghese, J.N. / Ketudat Cairns, J.R. / Fort, S. / Hijnen, M. / Tvaroska, I. / Arda, A. / Jimenez-Barbero, J. / Alfonso-Prieto, M. / Rovira, C. / Mendoza, F. / Tiessler-Sala, L. / Sanchez-Aparicio, J.E. / Rodriguez-Guerra, J. / Lluch, J.M. / Marechal, J.D. / Masgrau, L. / Hrmova, M. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 145 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 110.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 463.4 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 472.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 30.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 46.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3wlhC ![]() 3wliC ![]() 3wljC ![]() 3wlkC ![]() 3wllC ![]() 3wlmC ![]() 3wlnC ![]() 3wloC ![]() 3wlpC ![]() 3wlqC ![]() 6md6C ![]() 6mi1C ![]() 1ieqS ![]() 3wlt S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 65749.914 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 26-630 / 変異: R158A, E161A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: pPICZalphaBNH8/DEST / 発現宿主: ![]() 参照: UniProt: Q9XEI3, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
#2: 糖 | #3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THE AUTHORS STATE THERE IS AN ERROR IN THE CDNA SEQUENCING OF AF102868 (GENBANK ACCESSION NUMBER). ...THE AUTHORS STATE THERE IS AN ERROR IN THE CDNA SEQUENCING | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.34 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 75mM HEPES-NaOH pH7.0, 1.2% PEG 400, 1.7M ammonium sulphate , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 詳細: collimating mirror |
放射 | モノクロメーター: double-crystal Si(111) monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9615 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.21→46.37 Å / Num. all: 45206 / Num. obs: 45206 / % possible obs: 98.8 % |
反射 シェル | 解像度: 2.21→2.26 Å / Rmerge(I) obs: 0.99 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 88.1 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1IEQ 解像度: 2.21→46.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 4.903 / SU ML: 0.122 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.178 / ESU R Free: 0.168 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 50.827 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.21→46.37 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|