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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3wln | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of barley beta-D-glucan glucohydrolase isoenzyme EXO1 in complex with octyl-S-glucoside | |||||||||
![]() | Beta-D-glucan exohydrolase isoenzyme ExoI | |||||||||
![]() | HYDROLASE / BETA BARREL / GRAIN DEVELOPMENT / Tim Barrel/Beta sheet / N-glycosylation / plant apoplast | |||||||||
機能・相同性 | ![]() glucan catabolic process / beta-glucosidase / beta-glucosidase activity / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Streltsov, V.A. / Hrmova, M. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Discovery of processive catalysis by an exo-hydrolase with a pocket-shaped active site. 著者: Streltsov, V.A. / Luang, S. / Peisley, A. / Varghese, J.N. / Ketudat Cairns, J.R. / Fort, S. / Hijnen, M. / Tvaroska, I. / Arda, A. / Jimenez-Barbero, J. / Alfonso-Prieto, M. / Rovira, C. / ...著者: Streltsov, V.A. / Luang, S. / Peisley, A. / Varghese, J.N. / Ketudat Cairns, J.R. / Fort, S. / Hijnen, M. / Tvaroska, I. / Arda, A. / Jimenez-Barbero, J. / Alfonso-Prieto, M. / Rovira, C. / Mendoza, F. / Tiessler-Sala, L. / Sanchez-Aparicio, J.E. / Rodriguez-Guerra, J. / Lluch, J.M. / Marechal, J.D. / Masgrau, L. / Hrmova, M. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 264 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 209.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 34 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 53.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3wlhC ![]() 3wliC ![]() 3wljC ![]() 3wlkC ![]() 3wllC ![]() 3wlmC ![]() 3wloC ![]() 3wlpC ![]() 3wlqC ![]() 3wlrC ![]() 6md6C ![]() 6mi1C ![]() 1ieqS ![]() 3wlt S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 902分子 A![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#1: タンパク質 | 分子量: 65475.617 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 26-630 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9XEI3, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 |
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#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-糖 , 4種, 4分子 ![](data/chem/img/SOG.gif)
#2: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
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#3: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4) ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
#4: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
#5: 糖 | ChemComp-SOG / |
-詳細
配列の詳細 | THE AUTHORS STATE THERE IS AN ERROR IN THE CDNA SEQUENCING OF AF102868 (GENBANK ACCESSION NUMBER). ...THE AUTHORS STATE THERE IS AN ERROR IN THE CDNA SEQUENCING |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.29 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 75mM HEPES-NaOH pH7.0 buffer, 1.2% PEG 400, 1.7M ammonium sulphate , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月12日 詳細: collimating mirror, double-crystal Si(111) monochromator |
放射 | モノクロメーター: double-crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→88.05 Å / Num. all: 60745 / Num. obs: 60745 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 1 |
反射 シェル | 解像度: 1.998→2.05 Å / Rmerge(I) obs: 0.99 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 98.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1IEQ 解像度: 2→41.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 6.404 / SU ML: 0.096 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.133 / ESU R Free: 0.127 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.212 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→41.44 Å
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拘束条件 |
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