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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3wli | ||||||
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タイトル | Crystal Structure Analysis of Plant Exohydrolase | ||||||
![]() | Beta-D-glucan exohydrolase isoenzyme ExoI | ||||||
![]() | HYDROLASE / BETA BARREL / GRAIN DEVELOPMENT / Enzyme Function Initiative / Tim Barrel/Beta sheet / N-glycosylation / plant apoplast | ||||||
機能・相同性 | ![]() glucan catabolic process / beta-glucosidase / beta-glucosidase activity / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Streltsov, V.A. / Hrmova, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Discovery of processive catalysis by an exo-hydrolase with a pocket-shaped active site. 著者: Streltsov, V.A. / Luang, S. / Peisley, A. / Varghese, J.N. / Ketudat Cairns, J.R. / Fort, S. / Hijnen, M. / Tvaroska, I. / Arda, A. / Jimenez-Barbero, J. / Alfonso-Prieto, M. / Rovira, C. / ...著者: Streltsov, V.A. / Luang, S. / Peisley, A. / Varghese, J.N. / Ketudat Cairns, J.R. / Fort, S. / Hijnen, M. / Tvaroska, I. / Arda, A. / Jimenez-Barbero, J. / Alfonso-Prieto, M. / Rovira, C. / Mendoza, F. / Tiessler-Sala, L. / Sanchez-Aparicio, J.E. / Rodriguez-Guerra, J. / Lluch, J.M. / Marechal, J.D. / Masgrau, L. / Hrmova, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 261.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 208.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 481.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 491.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 34.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 55.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3wlhC ![]() 3wljC ![]() 3wlkC ![]() 3wllC ![]() 3wlmC ![]() 3wlnC ![]() 3wloC ![]() 3wlpC ![]() 3wlqC ![]() 3wlrC ![]() 6md6C ![]() 6mi1C ![]() 1ex1S ![]() 3wlt S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 65894.070 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 26-630 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: pPICZalphaBNH8/DEST / 発現宿主: ![]() 参照: UniProt: Q9XEI3, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 | ||||||||
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#2: 糖 | #3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THE AUTHORS STATE THERE IS AN ERROR IN THE CDNA SEQUENCING OF AF102868 (GENBANK ACCESSION NUMBER). ...THE AUTHORS STATE THERE IS AN ERROR IN THE CDNA SEQUENCING | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.33 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 75mM HEPES-NaOH pH7.0 buffer, 1.2% PEG 400, 1.7M ammonium sulphate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: double-crystal Si(111) monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.45→87.27 Å / Num. all: 152633 / Num. obs: 152633 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 100 / Observed criterion σ(I): 1 |
反射 シェル | 最高解像度: 1.45 Å / Rmerge(I) obs: 0.769 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique all: 152633 / % possible all: 99.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1EX1 解像度: 1.45→87.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.972 / SU B: 1.586 / SU ML: 0.028 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.045 / ESU R Free: 0.046 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.41 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.45→87.27 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.45→1.487 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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