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- PDB-3wlc: Crystal structure of dimeric GCaMP6m -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wlc
タイトルCrystal structure of dimeric GCaMP6m
要素Myosin light chain kinase, Green fluorescent protein, Calmodulin
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / CALCIUM SENSOR
機能・相同性
機能・相同性情報


tonic smooth muscle contraction / myosin-light-chain kinase / myosin light chain kinase activity / positive regulation of sarcomere organization / positive regulation of striated muscle contraction / transporter inhibitor activity / : / type 3 metabotropic glutamate receptor binding / establishment of protein localization to membrane / cardiac muscle cell development ...tonic smooth muscle contraction / myosin-light-chain kinase / myosin light chain kinase activity / positive regulation of sarcomere organization / positive regulation of striated muscle contraction / transporter inhibitor activity / : / type 3 metabotropic glutamate receptor binding / establishment of protein localization to membrane / cardiac muscle cell development / negative regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / organelle localization by membrane tethering / response to corticosterone / mitochondrion-endoplasmic reticulum membrane tethering / autophagosome membrane docking / regulation of synaptic vesicle exocytosis / negative regulation of calcium ion export across plasma membrane / regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / regulation of cardiac muscle cell action potential / presynaptic endocytosis / cleavage furrow / calcineurin-mediated signaling / nitric-oxide synthase binding / regulation of cell communication by electrical coupling involved in cardiac conduction / adenylate cyclase binding / protein phosphatase activator activity / regulation of synaptic vesicle endocytosis / detection of calcium ion / regulation of cardiac muscle contraction / postsynaptic cytosol / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / catalytic complex / phosphatidylinositol 3-kinase binding / heart morphogenesis / calcium channel inhibitor activity / presynaptic cytosol / cellular response to interferon-beta / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / stress fiber / titin binding / regulation of calcium-mediated signaling / regulation of cardiac muscle contraction by regulation of the release of sequestered calcium ion / voltage-gated potassium channel complex / calcium channel complex / regulation of heart rate / calyx of Held / nitric-oxide synthase regulator activity / bioluminescence / adenylate cyclase activator activity / response to amphetamine / regulation of cytokinesis / sarcomere / protein serine/threonine kinase activator activity / spindle microtubule / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / calcium channel regulator activity / generation of precursor metabolites and energy / response to calcium ion / cellular response to type II interferon / G2/M transition of mitotic cell cycle / Schaffer collateral - CA1 synapse / spindle pole / calcium-dependent protein binding / kinase activity / myelin sheath / lamellipodium / synaptic vesicle membrane / growth cone / sperm midpiece / vesicle / transmembrane transporter binding / calmodulin binding / protein domain specific binding / calcium ion binding / centrosome / protein kinase binding / chromatin / protein-containing complex / mitochondrion / nucleoplasm / ATP binding / membrane / metal ion binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Myosin Light Chain Kinase 1, Kinase domain / Unstructured linker between I-set domains 2 and 3 on MYLCK / Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / : / Green fluorescent protein, GFP / Fibronectin type III domain / Green fluorescent protein-related ...Myosin Light Chain Kinase 1, Kinase domain / Unstructured linker between I-set domains 2 and 3 on MYLCK / Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / : / Green fluorescent protein, GFP / Fibronectin type III domain / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / EF-hand domain pair / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Calmodulin-1 / Myosin light chain kinase, smooth muscle / Green fluorescent protein / Myosin light chain kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
Aequorea victoria (オワンクラゲ)
Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.49 Å
データ登録者Ding, J. / Luo, A.F. / Hu, L.Y. / Wang, D.C. / Shao, F.
引用ジャーナル: Sci China Life Sci / 年: 2014
タイトル: Structural basis of the ultrasensitive calcium indicator GCaMP6.
著者: Ding, J. / Luo, A.F. / Hu, L. / Wang, D. / Shao, F.
履歴
登録2013年11月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月21日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_src_gen ...entity / entity_src_gen / pdbx_entry_details / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.details / _pdbx_entry_details.sequence_details ..._entity.details / _pdbx_entry_details.sequence_details / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq_dif.align_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code
改定 1.22018年11月21日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.source
改定 1.32022年8月24日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / database_2 ...citation / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年11月8日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.62024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 2.02026年3月18日Group: Polymer sequence / カテゴリ: entity_poly / Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Myosin light chain kinase, Green fluorescent protein, Calmodulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,5585
ポリマ－50,3981
非ポリマー1604
水2,864159
1
A: Myosin light chain kinase, Green fluorescent protein, Calmodulin
ヘテロ分子

A: Myosin light chain kinase, Green fluorescent protein, Calmodulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,11710
ポリマ－100,7962
非ポリマー3218
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area7750 Å2
ΔGint-125 kcal/mol
Surface area34850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.440, 46.860, 68.340
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.36, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Myosin light chain kinase, Green fluorescent protein, Calmodulin / CaM


分子量: 50398.176 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 37-55, 149-238, 2-144, 3-149
変異: M153K, V163A, S175G, D180Y, T203V, A206K, H231L, F64L, V93I, N61D, D79Y, M77G, K78S, T80R, S82T, R91G
由来タイプ: 組換発現
詳細: THIS TRIPLE CHIMERA COMPRISES (FROM THE N-TERMINUS) AN ENGINEERED EXPRESSION TAG, RESIDUES 37-55 OF UNP Q6LDG3, AN ENGINEERED LE LINKER, RESIDUES 149-239 OF UNP P42212, AN ENGINEERED GGTGGSMV ...詳細: THIS TRIPLE CHIMERA COMPRISES (FROM THE N-TERMINUS) AN ENGINEERED EXPRESSION TAG, RESIDUES 37-55 OF UNP Q6LDG3, AN ENGINEERED LE LINKER, RESIDUES 149-239 OF UNP P42212, AN ENGINEERED GGTGGSMV LINKER, RESIDUES 2-144 OF UNP P42212, AN ENGINEERED LP LINKER, AND RESIDUES 3-149 OF UNP P0DP29. UNP P42212 RESIDUES S65, Y66, AND G67 ARE THE CHROMOPHORE CRO.
由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ), (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ), (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ)
プラスミド: pSUMO / 遺伝子: GFP, Calm, Cam / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q6LDG3, UniProt: P42212, UniProt: P0DP29, UniProt: P11799*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細(1)THIS TRIPLE CHIMERA COMPRISES (FROM THE N-TERMINUS) AN ENGINEERED EXPRESSION TAG, RESIDUES 37-55 ...(1)THIS TRIPLE CHIMERA COMPRISES (FROM THE N-TERMINUS) AN ENGINEERED EXPRESSION TAG, RESIDUES 37-55 OF UNP Q6LDG3, AN ENGINEERED LE LINKER, RESIDUES 149-238 OF UNP P42212, AN ENGINEERED GGTGGSMV LINKER, RESIDUES 2-144 OF UNP P42212, AN ENGINEERED LP LINKER, AND RESIDUES 3-149 OF UNP P0DP29. (2)RESIDUE SER 65 HAS BEEN MUTATED TO GLY 65. RESIDUES GLY 65, TYR 66 AND GLY 67 CONSTITUTE THE CHROMOPHORE CRO 66.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.94 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1M HEPES, 20% w/v PEG 3350, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.49→20.08 Å / Num. all: 13854 / Num. obs: 13660 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 21.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル解像度: 2.49→2.62 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.251 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / Num. unique all: 1826 / Rsym value: 0.251 / % possible all: 91.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3SG4

3sg4


解像度: 2.49→20.079 Å / SU ML: 0.27 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.1 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2248 673 4.93 %RANDOM
Rwork0.177 ---
all0.1794 13834 --
obs0.1794 13659 98.73 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.27 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.49→20.079 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3125 0 4 159 3288
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.871
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.91
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.4902-2.6820.25681250.197243894
2.682-2.95120.25951410.19552604100
2.9512-3.37650.23261370.18412608100
3.3765-4.24740.19971360.15462640100
4.2474-20.07920.21251340.17892696100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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