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- PDB-3wkx: Crystal structure of GH127 beta-L-arabinofuranosidase HypBA1 from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wkx
タイトルCrystal structure of GH127 beta-L-arabinofuranosidase HypBA1 from Bifidobacterium longum arabinose complex form
要素Non-reducing end beta-L-arabinofuranosidase
キーワードHYDROLASE / (alpha/alpha)6 barrel / Intracellular
機能・相同性
機能・相同性情報


non-reducing end beta-L-arabinofuranosidase / beta-L-arabinofuranosidase activity / polysaccharide catabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / : / : / Beta-L-arabinofuranosidase, GH127 middle domain / Glycoside hydrolase family 127 C-terminal domain / Beta-L-arabinofuranosidase, GH127 / Beta-L-arabinofuranosidase, GH127 catalytic domain / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-L-arabinofuranose / Non-reducing end beta-L-arabinofuranosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Bifidobacterium longum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2 Å
データ登録者Ito, T. / Saikawa, K. / Arakawa, T. / Wakagi, T. / Fujita, K.
引用
ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2014
タイトル: Crystal structure of glycoside hydrolase family 127 beta-l-arabinofuranosidase from Bifidobacterium longum.
著者: Ito, T. / Saikawa, K. / Kim, S. / Fujita, K. / Ishiwata, A. / Kaeothip, S. / Arakawa, T. / Wakagi, T. / Beckham, G.T. / Ito, Y. / Fushinobu, S.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Characterization of a novel beta-L-arabinofuranosidase in Bifidobacterium longum: functional elucidation of a DUF1680 protein family member
著者: Fujita, K. / Takashi, Y. / Obuchi, E. / Kitahara, K. / Suganuma, T.
履歴
登録2013年11月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年4月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12022年8月24日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / citation / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Non-reducing end beta-L-arabinofuranosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,6733
ポリマ－74,4581
非ポリマー2162
水4,720262
1
A: Non-reducing end beta-L-arabinofuranosidase
ヘテロ分子

A: Non-reducing end beta-L-arabinofuranosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,3476
ポリマ－148,9162
非ポリマー4314
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area5880 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area43900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.726, 77.726, 252.668
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-958-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Non-reducing end beta-L-arabinofuranosidase / Beta-L-arabinofuranosidase HypBA1


分子量: 74457.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bifidobacterium longum (バクテリア)
株: JCM 1217 / 遺伝子: hypBA1 / プラスミド: pET-23b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43 (DE3)
参照: UniProt: E8MGH8, non-reducing end beta-L-arabinofuranosidase
#2: 糖 ChemComp-FUB / beta-L-arabinofuranose / beta-L-arabinose / L-arabinose / arabinose / β-L-アラビノフラノ-ス


タイプ: L-saccharide, beta linking / 分子量: 150.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C5H10O5
識別子タイププログラム
LArafbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-L-arabinofuranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-L-ArafIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
AraSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 262 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.43 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.7M sodium citrate, 0.1M MES, 10mM DTT, 20% L-arabinose, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月26日
放射モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 68980 / Num. obs: 59588 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.7 % / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 43
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 10.8 % / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique all: 2994 / Rsym value: 0.693 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIXモデル構築
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2→29.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 6.006 / SU ML: 0.155 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.191 / ESU R Free: 0.183 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27871 2892 5 %RANDOM
Rwork0.22635 ---
obs0.22902 54418 93.87 %-
all-57972 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 41.465 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20.01 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.03 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.183 Å0.191 Å
Luzzati sigma a-0.155 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→29.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5140 0 11 262 5413
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0195271
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024825
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8461.9467169
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9193.00111079
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8125655
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.9924.135266
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.72615819
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.9351536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.110.2773
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0216112
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021248
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.999→2.051 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.424 206 -
Rwork0.355 4063 -
obs--96.54 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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