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万見
- PDB-3wit: Crystal structure of the C-terminal region of VgrG1 from E. coli ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wit
タイトルCrystal structure of the C-terminal region of VgrG1 from E. coli O157 EDL933
要素Putative Vgr protein
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Triple-stranded beta-helix / All beta proteins / Type 6 secretion system component
機能・相同性
機能・相同性情報


Glycosyl hydrolase fold - #20 / Glycosyl hydrolase fold / Bacteriophage T4 gp5 C-terminal trimerisation domain / Type VI secretion system, RhsGE-associated Vgr family subset / Type VI secretion system, RhsGE-associated Vgr protein / Phage tail baseplate hub (GPD) / Gp5/Type VI secretion system Vgr protein, OB-fold domain / Type VI secretion system/phage-baseplate injector OB domain / Vgr protein, OB-fold domain superfamily / : ...Glycosyl hydrolase fold - #20 / Glycosyl hydrolase fold / Bacteriophage T4 gp5 C-terminal trimerisation domain / Type VI secretion system, RhsGE-associated Vgr family subset / Type VI secretion system, RhsGE-associated Vgr protein / Phage tail baseplate hub (GPD) / Gp5/Type VI secretion system Vgr protein, OB-fold domain / Type VI secretion system/phage-baseplate injector OB domain / Vgr protein, OB-fold domain superfamily / : / Single Sheet / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Type VI secretion system Vgr family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Uchida, K. / Leiman, P.G. / Arisaka, F. / Kanamaru, S.
引用ジャーナル: J.Biochem. / 年: 2014
タイトル: Structure and properties of the C-terminal beta-helical domain of VgrG protein from Escherichia coli O157
著者: Uchida, K. / Leiman, P.G. / Arisaka, F. / Kanamaru, S.
履歴
登録2013年9月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月19日Group: Database references
改定 1.22014年3月26日Group: Database references
改定 1.32017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative Vgr protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,6181
ポリマ－8,6181
非ポリマー00
水23413
1
A: Putative Vgr protein

A: Putative Vgr protein

A: Putative Vgr protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8553
ポリマ－25,8553
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area6670 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area9440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.417, 49.417, 199.143
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 Putative Vgr protein / Uncharacterized protein


分子量: 8618.481 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 561-633 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: O157:H7 EDL933 / 遺伝子: ECs0607, VgrG1, Z0707 / プラスミド: pET29a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B384(DE3) / 参照: UniProt: Q8XBY5
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.69 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 35%(v/v) ethanol, 100mM Tris pH8.5, 50mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月9日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→41.84 Å / Num. all: 7237 / Num. obs: 7223 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 18.3 % / Biso Wilson estimate: 32.45 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.036 / Net I/σ(I): 43.1
反射 シェル解像度: 1.95→2.05 Å / 冗長度: 15.2 % / Rmerge(I) obs: 0.347 / Mean I/σ(I) obs: 7.5 / Num. unique all: 1026 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SERGUIデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.95→33.191 Å / SU ML: 0.15 / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 0.08 / 位相誤差: 26.2 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.233 326 4.64 %RANDOM
Rwork0.1961 ---
obs0.1978 7023 97.18 %-
all-7228 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 46.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→33.191 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数477 0 0 13 490
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012483
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.654651
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.841170
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1281
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00681
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.4547 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2452 151 -
Rwork0.1826 3213 -
obs-3213 95 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 20.2795 Å / Origin y: 20.1684 Å / Origin z: 85.2587 Å
111213212223313233
T0.2357 Å20.0423 Å20.0047 Å2-0.2017 Å2-0.0265 Å2--0.3322 Å2
L2.583 °20.0288 °2-0.8271 °2-1.6787 °2-0.3416 °2--6.5166 °2
S-0.049 Å °-0.025 Å °0.224 Å °0.0661 Å °0.0194 Å °0.1568 Å °-0.5238 Å °-0.1961 Å °-0.0058 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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