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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3wit | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the C-terminal region of VgrG1 from E. coli O157 EDL933 | ||||||
要素 | Putative Vgr protein | ||||||
キーワード | STRUCTURAL PROTEIN / Triple-stranded beta-helix / All beta proteins / Type 6 secretion system component | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Glycosyl hydrolase fold - #20 / Glycosyl hydrolase fold / Type VI secretion system, RhsGE-associated Vgr family subset / Type VI secretion system, RhsGE-associated Vgr protein / Gp5/Type VI secretion system Vgr protein, OB-fold domain / Type VI secretion system/phage-baseplate injector OB domain / Vgr protein, OB-fold domain superfamily / Single Sheet / Mainly Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å | ||||||
データ登録者 | Uchida, K. / Leiman, P.G. / Arisaka, F. / Kanamaru, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biochem. / 年: 2014 タイトル: Structure and properties of the C-terminal beta-helical domain of VgrG protein from Escherichia coli O157 著者: Uchida, K. / Leiman, P.G. / Arisaka, F. / Kanamaru, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3wit.cif.gz | 33.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3wit.ent.gz | 26 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3wit.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wi/3wit ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wi/3wit | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 8618.481 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 561-633 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: O157:H7 EDL933 / 遺伝子: ECs0607, VgrG1, Z0707 / プラスミド: pET29a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B384(DE3) / 参照: UniProt: Q8XBY5 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.69 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 35%(v/v) ethanol, 100mM Tris pH8.5, 50mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 0.9789 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月9日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9789 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→41.84 Å / Num. all: 7237 / Num. obs: 7223 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 18.3 % / Biso Wilson estimate: 32.45 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.036 / Net I/σ(I): 43.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2.05 Å / 冗長度: 15.2 % / Rmerge(I) obs: 0.347 / Mean I/σ(I) obs: 7.5 / Num. unique all: 1026 / % possible all: 99.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.95→33.191 Å / SU ML: 0.15 / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 0.08 / 位相誤差: 26.2 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 46.9 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→33.191 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.95→2.4547 Å
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 20.2795 Å / Origin y: 20.1684 Å / Origin z: 85.2587 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |